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- PDB-2plb: D(GTATACC) under hydrostatic pressure of 1.39 GPa -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2plb
タイトルD(GTATACC) under hydrostatic pressure of 1.39 GPa
要素5'-D(*DGP*DGP*DTP*DAP*DTP*DAP*DCP*DC)-3'
キーワードDNA / HIGH-PRESSURE
機能・相同性SPERMINE / DNA
機能・相同性情報
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Prange, T. / Girard, E. / Kahn, R. / Fourme, R.
引用
ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2007
タイトル: Adaptation of the base-paired double-helix molecular architecture to extreme pressure.
著者: Girard, E. / Prange, T. / Dhaussy, A.C. / Migianu-Griffoni, E. / Lecouvey, M. / Chervin, J.C. / Mezouar, M. / Kahn, R. / Fourme, R.
#1: ジャーナル: Nature / 年: 1989
タイトル: Coexistence of A-and B-Form DNA in a Single Crystal Lattice
著者: Doucet, J. / Benoit, J.-P. / Cruse, W.B.T. / Prange, T. / Kennard, O.
#2: ジャーナル: J.Synchrotron Radia. / 年: 2001
タイトル: High-pressure protein crystallography (HPPX): Instrumentation, methodology and results on lysozyme crystals
著者: Fourme, R. / Kahn, R. / Mezouar, M. / Girard, E. / Horentrup, C. / Prange, T. / Ascone, I.
#3: ジャーナル: BIOCHEM.BIOPHYS.ACTA PROTEINS & PROTEOMICS / 年: 2006
タイトル: High pressure macromolecular crystallography: The 140 MPa crystal structure at 2.3 A resolution of urate oxidase, A 135 KD tetrameric assembly
著者: Colloc'h, N. / Girard, E. / Dhaussy, A.C. / Kahn, R. / Ascone, I. / Mezouar, M. / Fourme, R.
履歴
登録2007年4月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年7月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年1月17日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-D(*DGP*DGP*DTP*DAP*DTP*DAP*DCP*DC)-3'
B: 5'-D(*DGP*DGP*DTP*DAP*DTP*DAP*DCP*DC)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,0563
ポリマ－4,8532
非ポリマー2021
水1,36976
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)42.830, 42.830, 40.300
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number169
Space group name H-MP61

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要素

#1: DNA鎖 5'-D(*DGP*DGP*DTP*DAP*DTP*DAP*DCP*DC)-3'


分子量: 2426.617 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: synthetic DNA octamer
#2: 化合物 ChemComp-SPM / SPERMINE / スペルミン


分子量: 202.340 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H26N4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 76 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.84 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 20 mg of DNA dissolved in 0.2 ml of 15% MPD solution cacodylate buffer 10-2 M. Additives: 10-5 M sodium azide, 10-2 M MgCl2, 2.10-2 M spermine chloride. Reservoir: same solution but 50 % MPD, ...詳細: 20 mg of DNA dissolved in 0.2 ml of 15% MPD solution cacodylate buffer 10-2 M. Additives: 10-5 M sodium azide, 10-2 M MgCl2, 2.10-2 M spermine chloride. Reservoir: same solution but 50 % MPD, pH 7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 290K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
115% MPD11
2cacodylate buffer11
3sodium azide11
4MgCl211
5spermine chloride11
650% MPD12
7cacodylate buffer12
8sodium azide12
9MgCl212
10spermine chloride12

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データ収集

回折平均測定温度: 295 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID27 / 波長: 0.3738 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年11月10日 / 詳細: 2 crystals, parallel beam, no focusing
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.3738 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→10 Å / Num. all: 5582 / Num. obs: 5518 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 4 / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.047 / Net I/σ(I): 11.4
反射 シェル解像度: 1.6→1.65 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.331 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique all: 490 / % possible all: 99

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解析

ソフトウェア
名称分類
SHELXモデル構築
SHELXL-97精密化
AUTOMARデータ収集
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 2PL8

2pl8


解像度: 1.6→10 Å / Num. parameters: 1747 / Num. restraintsaints: 1776 / Isotropic thermal model: individual restrained B factors / 交差検証法: FREE R / σ(F): 2 / σ(I): 4 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER
詳細: One sugar and one phosphate group are disordered (two positions). The spermine molecule is also disordered
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.222 440 -RANDOM
Rwork0.1806 ---
all0.219 5582 --
obs0.1866 5518 99.9 %-
Refine analyzeNum. disordered residues: 2 / Occupancy sum hydrogen: 178 / Occupancy sum non hydrogen: 412
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 322 14 76 412
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.03
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist0
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.0011
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.008
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.02
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt0
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.063
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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