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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2pl4 | ||||||
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タイトル | D-(GGTATACC) under 0.55 GPa hydrostatic pressure | ||||||
![]() | Synthetic DNA octamer | ||||||
![]() | DNA / A DNA / HIGH-PRESSURE / CRYSTAL STUCTURE | ||||||
機能・相同性 | DNA![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Prange, T. / Girard, E. / Kahn, R. / Fourme, R. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Adaptation of the base-paired double-helix molecular architecture to extreme pressure. 著者: Girard, E. / Prange, T. / Dhaussy, A.C. / Migianu-Griffoni, E. / Lecouvey, M. / Chervin, J.C. / Mezouar, M. / Kahn, R. / Fourme, R. #1: ジャーナル: Nature / 年: 1989 タイトル: Coexistence of A-and B-Form DNA in a Single Crystal Lattice 著者: Doucet, J. / Benoit, J.-P. / Cruse, W.B.T. / Prange, T. / Kennard, O. #2: ジャーナル: J.Synchrotron Radia. / 年: 2001 タイトル: High-pressure protein crystallography (HPPX): Instrumentation, methodology and results on lysozyme crystals 著者: Fourme, R. / Kahn, R. / Mezouar, M. / Girard, E. / Horentrup, C. / Prange, T. / Ascone, I. #3: ![]() タイトル: High pressure macromolecular crystallography: The 140 MPa crystal structure at 2.3 A resolution of urate oxidase, A 135 KD tetrameric assembly 著者: Colloc'h, N. / Girard, E. / Dhaussy, A.C. / Kahn, R. / Ascone, I. / Mezouar, M. / Fourme, R. #4: ![]() タイトル: Crystal structure of hen egg-white lysozyme at a hydrostatic pressure of 1000 atmospheres. 著者: Kundrot, C.E. / Richards, F.M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 20.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 12.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 369.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 370.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 3.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 4.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 2426.617 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: SYNTHETIC DNA #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.72 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 10 mg of octamer dissolved in cacodylate buffer (10-2 M, 15 % MPD) additives : 10-5 M sodium azide, 10-2 M MgCl2, 2.10-2 M spermine chloride. Reservoir: same solution but 50 % MPD, pH 7, ...詳細: 10 mg of octamer dissolved in cacodylate buffer (10-2 M, 15 % MPD) additives : 10-5 M sodium azide, 10-2 M MgCl2, 2.10-2 M spermine chloride. Reservoir: same solution but 50 % MPD, pH 7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 290K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 295 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年11月10日 / 詳細: Si(111) |
放射 | モノクロメーター: 2 crystals - parallel beam - no focusing プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.3738 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.65→18 Å / Num. all: 5057 / Num. obs: 5057 / % possible obs: 94.1 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 4 / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.043 / Net I/σ(I): 10.2 |
反射 シェル | 解像度: 1.65→1.75 Å / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.188 / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / Num. unique all: 741 / % possible all: 86.2 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 2PKV 解像度: 1.65→10 Å / Num. parameters: 1595 / Num. restraintsaints: 1594 / Isotropic thermal model: individual restrained B values / 交差検証法: FREE R / σ(F): 2 / σ(I): 4 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER
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Refine analyze | Num. disordered residues: 0 / Occupancy sum hydrogen: 184 / Occupancy sum non hydrogen: 397 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.65→10 Å
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拘束条件 |
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