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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2pkh | ||||||
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タイトル | Structural Genomics, the crystal structure of the C-terminal domain of histidine utilization repressor from Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000 | ||||||
要素 | Histidine utilization repressor | ||||||
キーワード | DNA BINDING PROTEIN / APC84836 / histidine utilization repressor / Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000 / structural genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 L-histidine metabolic process / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Pseudomonas syringae pv. tomato (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.95 Å | ||||||
データ登録者 | Tan, K. / Zhou, M. / Clancy, S. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: The crystal structure of the C-terminal domain of histidine utilization repressor from Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000. 著者: Tan, K. / Zhou, M. / Clancy, S. / Joachimiak, A. | ||||||
履歴 |
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Remark 300 | BIOMOLECULE: 1, 2 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 8 ... BIOMOLECULE: 1, 2 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 8 CHAINS. AUTHORS STATE THAT THE BIOLOGICAL UNIT OF THIS PROTEIN IS EXPERIMENTALLY UNKNOWN. THE ASSEMBLY SHOWN IN REMARK 350 IS PREDICTED BY THE ANALYSIS OF PROTEIN INTERFACES BASED ON THIS CRYSTAL STRUCTURE. |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2pkh.cif.gz | 257.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2pkh.ent.gz | 207.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2pkh.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2pkh_validation.pdf.gz | 519.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2pkh_full_validation.pdf.gz | 549.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2pkh_validation.xml.gz | 66.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2pkh_validation.cif.gz | 86.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pk/2pkh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pk/2pkh | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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詳細 | Experimentally unknown. It is predicted to form tetramer. The chains, A,B,C,D form one tetramer. The chains, E,F,G,H form another tetramer. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16843.869 Da / 分子数: 8 / 断片: Residues 105-249 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Pseudomonas syringae pv. tomato (バクテリア) 生物種: Pseudomonas syringae group genomosp. 3 / 株: DC3000 / 遺伝子: hutC, PSPTO5172 / プラスミド: pMCSG19 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q87UX0 #2: 化合物 | ChemComp-EDO / #3: 水 | ChemComp-HOH / | Has protein modification | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.96 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 100mM HEPES, 200mM Ammonium sulfate, 10% Isopropanol, 16% PEG3350, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97925 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年3月3日 / 詳細: mirror |
放射 | モノクロメーター: Si 111 crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97925 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.95→39.87 Å / Num. all: 97149 / Num. obs: 97149 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.6 % / Biso Wilson estimate: 23.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.095 / Net I/σ(I): 24.53 |
反射 シェル | 解像度: 1.95→2 Å / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.577 / Mean I/σ(I) obs: 2.83 / Num. unique all: 6388 / % possible all: 99.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.95→39.87 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.928 / SU B: 8.646 / SU ML: 0.128 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.193 / ESU R Free: 0.183 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 29.137 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.95→39.87 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.95→2 Å / Total num. of bins used: 20
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