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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2pk0 | ||||||
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タイトル | Structure of the S. agalactiae serine/threonine phosphatase at 2.65 resolution | ||||||
![]() | Serine/threonine protein phosphatase Stp1 | ||||||
![]() | SIGNALING PROTEIN / Streptococcus agalactiae / serine / threonine / phosphatase / signaling motif | ||||||
機能・相同性 | ![]() protein serine/threonine phosphatase activity / protein-serine/threonine phosphatase / phosphatase activity / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Rantanen, M.K. / Lehtio, L. / Rajagopal, L. / Rubens, C.E. / Goldman, A. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure of Streptococcus agalactiae serine/threonine phosphatase. The subdomain conformation is coupled to the binding of a third metal ion 著者: Rantanen, M.K. / Lehtio, L. / Rajagopal, L. / Rubens, C.E. / Goldman, A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 202.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 161 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 464.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 471.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 37.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 52.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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4 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: 1 / Refine code: 4
NCSアンサンブル:
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詳細 | Biological monomer |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 27404.447 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: A909 / 遺伝子: stp / プラスミド: pGEX4T3 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q3K363, UniProt: Q8VQA1*PLUS, protein-serine/threonine phosphatase #2: 化合物 | ChemComp-MG / #3: 化合物 | ChemComp-GOL / | #4: 化合物 | ChemComp-CL / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.65 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.2 M Mg acetate, 18% PEG 8000, 0.1M Tris, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年5月20日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.933 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.65→20 Å / Num. all: 32931 / Num. obs: 32767 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 5.2 % / Biso Wilson estimate: 50 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.115 / Rsym value: 0.115 / Net I/σ(I): 11.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.65→2.7 Å / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.44 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / Num. unique all: 7442 / Rsym value: 0.44 / % possible all: 99 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: Manually built model from SAD phasing = S.a. STP with 70% of residues built 解像度: 2.65→19.65 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.929 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.87 / SU B: 12.859 / SU ML: 0.273 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / σ(I): 2 / ESU R: 3.077 / ESU R Free: 0.364 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 42.058 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.65→19.65 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.65→2.718 Å / Total num. of bins used: 20
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