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- PDB-3skq: Mdm38 is a 14-3-3-like receptor and associates with the protein s... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3skq
タイトルMdm38 is a 14-3-3-like receptor and associates with the protein synthesis machinery at the inner mitochondrial membrane
要素Mitochondrial distribution and morphology protein 38
キーワードMETAL TRANSPORT / 14-3-3-like membrane protein / mitochondrial ribosome / respiratory chain biogenesis / Letm1 homolog / 14-3-3 like fold / Ribosome binding receptor / Ribosomes / Mitochondrial inner membrane
機能・相同性
機能・相同性情報


protein insertion into mitochondrial inner membrane from matrix / mitochondrial ribosome binding / positive regulation of mitochondrial translation / intracellular potassium ion homeostasis / proton transmembrane transport / potassium ion transport / mitochondrial inner membrane / mitochondrion
類似検索 - 分子機能
LETM1-like, ribosome-binding domain / LETM1/MDM38-like / LETM1-like, RBD / Letm1 ribosome-binding (RBD) domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
IODIDE ION / : / Mitochondrial distribution and morphology protein 38
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Lupo, D. / Tews, I. / Sinning, I.
引用ジャーナル: Traffic / 年: 2011
タイトル: Mdm38 is a 14-3-3-Like Receptor and Associates with the Protein Synthesis Machinery at the Inner Mitochondrial Membrane.
著者: Lupo, D. / Vollmer, C. / Deckers, M. / Mick, D.U. / Tews, I. / Sinning, I. / Rehling, P.
履歴
登録2011年6月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年7月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年9月28日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_special_symmetry / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mitochondrial distribution and morphology protein 38
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,92710
ポリマ－28,8731
非ポリマー1,0549
水2,684149
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)124.527, 52.033, 47.232
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 108.65, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-3-

IOD

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要素

#1: タンパク質 Mitochondrial distribution and morphology protein 38


分子量: 28873.141 Da / 分子数: 1 / 断片: C-terminal fragment, UNP residues 160-408 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: MDM38, YOL027C / プラスミド: pGEX4t3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Codon Plus R (DE3) -Ril / 参照: UniProt: Q08179
#2: 化合物
ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド


分子量: 126.904 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#3: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 149 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.01 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.25M KI and 21% PEG3350, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.9334 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2009年11月5日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9334 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→30 Å / Num. all: 44933 / Num. obs: 16561 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(F): 3 / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: 35.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.144 / Rsym value: 0.051 / Net I/σ(I): 15.8
反射 シェル解像度: 2.1→2.2 Å / Rmerge(I) obs: 0.762 / Mean I/σ(I) obs: 3.11 / Num. unique all: 2141 / Rsym value: 0.405 / % possible all: 97.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7_650)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.1→30 Å / SU ML: 0.31 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.55 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2266 831 5.02 %Random
Rwork0.1947 ---
all0.1964 44933 --
obs0.1964 16560 97.97 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 35.288 Å2 / ksol: 0.352 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.2477 Å20 Å2-4.9634 Å2
2--9.9026 Å20 Å2
3----7.6549 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1849 0 9 149 2007
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0081881
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9672526
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.263731
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.071279
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004321
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1-2.23160.33091330.26712599X-RAY DIFFRACTION98
2.2316-2.40390.28971350.22952628X-RAY DIFFRACTION98
2.4039-2.64580.27841400.23012613X-RAY DIFFRACTION99
2.6458-3.02850.26211230.19612638X-RAY DIFFRACTION98
3.0285-3.81520.2111460.17872629X-RAY DIFFRACTION99
3.8152-42.86860.1791540.17132622X-RAY DIFFRACTION96
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.639-0.5080.47311.4613-0.92681.7898-0.0931-0.22050.79490.2603-0.2923-0.3176-0.32130.4594-0.26550.2833-0.0077-0.05410.1668-0.10210.240247.200419.685120.1424
20.39-0.54180.3370.9451-0.17690.96090.1220.64370.0754-0-0.0947-0.24330.21970.6376-0.02910.23660.12520.03640.38130.00220.213653.33844.1719-0.1542
31.48020.07840.6791.4046-0.17831.36720.0147-0.17060.02430.1384-0.1554-0.10450.00880.08240.03320.16050.03130.00170.1486-0.01990.17945.746910.185311.1934
41.02850.04810.01961.3567-0.16121.24560.2133-0.3213-0.33870.21930.00230.33630.1252-0.3789-0.05360.2073-0.02970.03150.24320.01060.238932.26634.120717.9688
50.7021-0.00240.18450.4792-0.03080.2797-0.0879-0.15440.08640.32190.00320.5384-0.3091-0.35190.05030.21720.09150.0780.4099-0.0580.330624.109817.326515.3595
60.6101-0.15970.08020.4253-0.25740.7527-0.0701-0.06590.2121-0.14550.13750.0383-0.3076-0.23940.01090.22250.06430.00020.1912-0.01620.292329.568718.45219.5037
71.108-0.18650.43920.2649-0.4040.78090.04560.27270.0989-0.01470.09740.09850.0175-0.03210.01720.15920.00780.0130.13890.0070.181539.527511.33588.9213
81.25460.42530.11450.6581-0.6430.96720.07260.14570.26830.28090.2784-0.0075-0.47620.18980.11670.485-0.10540.09310.45120.08230.422649.810124.28317.5491
91.1858-0.09460.95970.9655-0.51221.38-0.05670.33910.1916-0.2143-0.21080.091-0.23510.21640.0730.1770.0485-0.02240.2298-0.01510.200435.5520.911-8.3317
100.3590.63940.00781.114-0.0931.4207-0.0191-0.18310.2992-0.1053-0.0469-0.1664-0.05530.15850.0520.19030.00450.02510.16320.00210.186245.364515.35933.6501
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resseq 182:200)
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resseq 201:227)
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resseq 228:276)
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resseq 277:301)
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resseq 302:318)
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resseq 319:342)
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resseq 343:358)
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resseq 359:367)
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resseq 368:382)
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resseq 383:408)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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