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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2pjj | ||||||
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タイトル | E. coli lytic transglycosylase MltA-D308A in apo-1 form | ||||||
![]() | Membrane-bound lytic murein transglycosylase A | ||||||
![]() | HYDROLASE / double-psi beta-barrel / protein-sugar complex / lytic transglycosylase | ||||||
機能・相同性 | ![]() : / lytic transglycosylase activity / peptidoglycan turnover / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / peptidoglycan catabolic process / cell outer membrane / cell wall organization / outer membrane-bounded periplasmic space 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | van Straaten, K.E. / Dijkstra, B.W. / Thunnissen, A.M.W.H. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure of Escherichia coli Lytic transglycosylase MltA with bound chitohexaose: implications for peptidoglycan binding and cleavage 著者: van Straaten, K.E. / Barends, T.R. / Dijkstra, B.W. / Thunnissen, A.M.W.H. #1: ![]() タイトル: Escherichia coli MltA: MAD phasing and refinement of a tetartohedrally twinned protein crystal structure 著者: Barends, T.R.M. / de Jong, R.M. / van Straaten, K.E. / Thunnissen, A.M.W.H. / Dijkstra, B.W. #2: ![]() タイトル: Crystal structure of MltA from Escherichia coli reveals a unique lytic transglycosylase fold 著者: van Straaten, K.E. / Dijkstra, B.W. / Vollmer, W. / Thunnissen, A.M.W.H. #3: ![]() タイトル: Purification, crystallization and preliminary X-ray analysis of the lytic transglycosylase MltA from Escherichia coli 著者: van Straaten, K.E. / Dijkstra, B.W. / Thunnissen, A.M.W.H. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 84.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 61.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 38206.680 Da / 分子数: 1 / 変異: D308A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: P0A935, 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; 配糖体結合加水分解酵素または糖加水分解酵素 |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.06 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.2 詳細: 0.25-0.35M NaCl, 10mM magnesium chloride, 100mM sodium acetate buffer, pH 4.2, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.934 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.46→30 Å / Num. all: 25918 / Num. obs: 25840 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 4.5 % / Biso Wilson estimate: 46.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Χ2: 1.085 / Net I/σ(I): 20.8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: pdb entry 2AE0 解像度: 2.46→14.94 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / FOM work R set: 0.849 / Data cutoff high absF: 1353221.875 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 35.755 Å2 / ksol: 0.355 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 38.7 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.46→14.94 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 26
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Xplor file |
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