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Yorodumi- PDB-5c88: Crystal structure of Ard1 N-terminal acetyltransferase from Sulfo... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5c88 | ||||||
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Title | Crystal structure of Ard1 N-terminal acetyltransferase from Sulfolobus solfataricus in monoclinic form | ||||||
Components | Uncharacterized N-acetyltransferase SSO0209 | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / Acetyltransferase | ||||||
Function / homology | Function and homology information N-terminal methionine Nalpha-acetyltransferase NatE / N-terminal amino-acid Nalpha-acetyltransferase NatA / peptide-glutamate-alpha-N-acetyltransferase activity / NatA complex / peptide-serine-alpha-N-acetyltransferase activity / peptide alpha-N-acetyltransferase activity / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Sulfolobus solfataricus strain P2 (archaea) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.49 Å | ||||||
Authors | Chang, Y.Y. / Hsu, C.H. | ||||||
Funding support | Taiwan, 1items
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Citation | Journal: Chembiochem / Year: 2016 Title: Multiple Conformations of the Loop Region Confers Heat-Resistance on SsArd1, a Thermophilic NatA. Authors: Chang, Y.Y. / Hsu, C.H. #1: Journal: SCI REP / Year: 2015 Title: Structural Basis for Substrate-specific Acetylation of Nalpha-acetyltransferase Ard1 from Sulfolobus solfataricus Authors: Chang, Y.Y. / Hsu, C.H. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5c88.cif.gz | 145.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5c88.ent.gz | 114.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5c88.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5c88_validation.pdf.gz | 1018.4 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 5c88_full_validation.pdf.gz | 1 MB | Display | |
Data in XML | 5c88_validation.xml.gz | 16.3 KB | Display | |
Data in CIF | 5c88_validation.cif.gz | 20.1 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c8/5c88 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c8/5c88 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 4r3kS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 20302.441 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Sulfolobus solfataricus strain P2 (archaea) Strain: P2 / Gene: SSO0209 Production host: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (bacteria) Strain (production host): BL21-Gold(DE3)pLysS AG / References: UniProt: Q980R9, EC: 2.3.1.88 #2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.74 Å3/Da / Density % sol: 29.39 % |
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Crystal grow | Temperature: 283 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 4.2 Details: 0.6 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium acetate trihydrate, pH 4.2, 0.1 M lithium sulfate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: NSRRC / Beamline: BL13B1 / Wavelength: 1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Jan 20, 2010 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.49→30 Å / Num. obs: 9431 / % possible obs: 95.5 % / Redundancy: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.087 / Χ2: 1.077 / Net I/av σ(I): 11.436 / Net I/σ(I): 10.3 / Num. measured all: 31094 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 4R3K Resolution: 2.49→26.637 Å / SU ML: 0.42 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / Phase error: 31.99 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 110.76 Å2 / Biso mean: 48.8739 Å2 / Biso min: 25.04 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.49→26.637 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 6
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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