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万見
- PDB-2pis: Efforts toward Expansion of the Genetic Alphabet: Structure and R... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2pis
タイトルEfforts toward Expansion of the Genetic Alphabet: Structure and Replication of Unnatural Base Pairs
要素DNA (5'-D(*CP*GP*(CBR)P*GP*AP*AP*(FFD)P*TP*TP*CP*GP*CP*G)-3')
キーワードDNA / nucleic acid / duplex / replication / unnatural base
機能・相同性DNA / DNA (> 10)
機能・相同性情報
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Matsuda, S. / Fillo, J.D. / Henry, A.A. / Wilkins, S.J. / Rai, P. / Dwyer, T.J. / Geierstanger, B.H. / Wemmer, D.E. / Schultz, P.G. / Spraggon, G. / Romesberg, F.E.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2007
タイトル: Efforts toward expansion of the genetic alphabet: structure and replication of unnatural base pairs.
著者: Matsuda, S. / Fillo, J.D. / Henry, A.A. / Rai, P. / Wilkens, S.J. / Dwyer, T.J. / Geierstanger, B.H. / Wemmer, D.E. / Schultz, P.G. / Spraggon, G. / Romesberg, F.E.
履歴
登録2007年4月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年10月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_ref_seq
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(*CP*GP*(CBR)P*GP*AP*AP*(FFD)P*TP*TP*CP*GP*CP*G)-3')
B: DNA (5'-D(*CP*GP*(CBR)P*GP*AP*AP*(FFD)P*TP*TP*CP*GP*CP*G)-3')
C: DNA (5'-D(*CP*GP*(CBR)P*GP*AP*AP*(FFD)P*TP*TP*CP*GP*CP*G)-3')
D: DNA (5'-D(*CP*GP*(CBR)P*GP*AP*AP*(FFD)P*TP*TP*CP*GP*CP*G)-3')
E: DNA (5'-D(*CP*GP*(CBR)P*GP*AP*AP*(FFD)P*TP*TP*CP*GP*CP*G)-3')
F: DNA (5'-D(*CP*GP*(CBR)P*GP*AP*AP*(FFD)P*TP*TP*CP*GP*CP*G)-3')
G: DNA (5'-D(*CP*GP*(CBR)P*GP*AP*AP*(FFD)P*TP*TP*CP*GP*CP*G)-3')
H: DNA (5'-D(*CP*GP*(CBR)P*GP*AP*AP*(FFD)P*TP*TP*CP*GP*CP*G)-3')
I: DNA (5'-D(*CP*GP*(CBR)P*GP*AP*AP*(FFD)P*TP*TP*CP*GP*CP*G)-3')
J: DNA (5'-D(*CP*GP*(CBR)P*GP*AP*AP*(FFD)P*TP*TP*CP*GP*CP*G)-3')
K: DNA (5'-D(*CP*GP*(CBR)P*GP*AP*AP*(FFD)P*TP*TP*CP*GP*CP*G)-3')
L: DNA (5'-D(*CP*GP*(CBR)P*GP*AP*AP*(FFD)P*TP*TP*CP*GP*CP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,34318
ポリマ－48,19812
非ポリマー1466
水00
1
A: DNA (5'-D(*CP*GP*(CBR)P*GP*AP*AP*(FFD)P*TP*TP*CP*GP*CP*G)-3')
B: DNA (5'-D(*CP*GP*(CBR)P*GP*AP*AP*(FFD)P*TP*TP*CP*GP*CP*G)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,0332
ポリマ－8,0332
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: DNA (5'-D(*CP*GP*(CBR)P*GP*AP*AP*(FFD)P*TP*TP*CP*GP*CP*G)-3')
D: DNA (5'-D(*CP*GP*(CBR)P*GP*AP*AP*(FFD)P*TP*TP*CP*GP*CP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,0573
ポリマ－8,0332
非ポリマー241
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
E: DNA (5'-D(*CP*GP*(CBR)P*GP*AP*AP*(FFD)P*TP*TP*CP*GP*CP*G)-3')
F: DNA (5'-D(*CP*GP*(CBR)P*GP*AP*AP*(FFD)P*TP*TP*CP*GP*CP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,0824
ポリマ－8,0332
非ポリマー492
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
G: DNA (5'-D(*CP*GP*(CBR)P*GP*AP*AP*(FFD)P*TP*TP*CP*GP*CP*G)-3')
H: DNA (5'-D(*CP*GP*(CBR)P*GP*AP*AP*(FFD)P*TP*TP*CP*GP*CP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,1065
ポリマ－8,0332
非ポリマー733
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
I: DNA (5'-D(*CP*GP*(CBR)P*GP*AP*AP*(FFD)P*TP*TP*CP*GP*CP*G)-3')
J: DNA (5'-D(*CP*GP*(CBR)P*GP*AP*AP*(FFD)P*TP*TP*CP*GP*CP*G)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,0332
ポリマ－8,0332
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
K: DNA (5'-D(*CP*GP*(CBR)P*GP*AP*AP*(FFD)P*TP*TP*CP*GP*CP*G)-3')
L: DNA (5'-D(*CP*GP*(CBR)P*GP*AP*AP*(FFD)P*TP*TP*CP*GP*CP*G)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,0332
ポリマ－8,0332
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)146.025, 146.025, 93.140
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number98
Space group name H-MI4122

-
要素

#1: DNA鎖
DNA (5'-D(*CP*GP*(CBR)P*GP*AP*AP*(FFD)P*TP*TP*CP*GP*CP*G)-3')


分子量: 4016.470 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Synthesized DNA
#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.53 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 35% (v/v) MPD in 0.1M sodium cacodylate , pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1MPD11
2sodium cacodylate11
3MPD12
4sodium cacodylate12

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 0.92017, 0.9203, 0.9050
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年11月12日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.920171
20.92031
30.9051
反射解像度: 2.8→100 Å / Num. all: 12382 / Num. obs: 12382 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 15.3 % / Rmerge(I) obs: 0.054 / Rsym value: 0.054 / Net I/σ(I): 40.58
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 12.1 % / Rmerge(I) obs: 0.597 / Mean I/σ(I) obs: 3.73 / Num. unique all: 1103 / Rsym value: 0.388 / % possible all: 88.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
ADSCQuantumデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.8→100 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.902 / SU B: 15.642 / SU ML: 0.317 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R Free: 0.475 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. ELECTRON DENSITY FOR THE CHAINS I,J AND K,L WAS EXTREMELY WEAK. THE AUTHOR STATES THAT THESE CHAINS WERE MODELED TENTATIVELY INTO THE DENSITY.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3029 599 5.1 %RANDOM
Rwork0.2238 ---
all0.22771 11034 --
obs0.22771 11034 91.8 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 59.35 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.53 Å20 Å20 Å2
2---2.53 Å20 Å2
3---5.05 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→100 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 3144 6 0 3150
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0213552
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1312.9975468
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0530.2600
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.021608
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.3380.21740
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3420.21974
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.30.2119
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3450.2120
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1780.25
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.97224
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it12.619548
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it13.6285040
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it16.424115340
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.875 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.48 39 -
Rwork0.364 620 -
obs--72.1 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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