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万見
- PDB-2pi7: Structure of the catalytic domain of the chick retinal neurite in... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2pi7
タイトルStructure of the catalytic domain of the chick retinal neurite inhibitor-Receptor Protein Tyrosine Phosphatase CRYP-2/cPTPRO
要素Protein tyrosine phosphatase CRYP-2
キーワードHYDROLASE / Protein Tyrosine Phosphatase
機能・相同性
機能・相同性情報


slit diaphragm assembly / negative regulation of retinal ganglion cell axon guidance / regulation of glomerular filtration / podocyte differentiation / Wnt-protein binding / glomerulus development / motor neuron axon guidance / lamellipodium assembly / negative regulation of glomerular filtration / monocyte chemotaxis ...slit diaphragm assembly / negative regulation of retinal ganglion cell axon guidance / regulation of glomerular filtration / podocyte differentiation / Wnt-protein binding / glomerulus development / motor neuron axon guidance / lamellipodium assembly / negative regulation of glomerular filtration / monocyte chemotaxis / peptidyl-tyrosine dephosphorylation / negative regulation of cell-substrate adhesion / lateral plasma membrane / protein tyrosine phosphatase activity / protein tyrosine phosphatase activity, metal-dependent / histone H2AXY142 phosphatase activity / non-membrane spanning protein tyrosine phosphatase activity / axon guidance / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / cell morphogenesis / lamellipodium / negative regulation of neuron projection development / growth cone / dendritic spine / neuron projection / apical plasma membrane / axon / protein homodimerization activity / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Receptor-type tyrosine-protein phosphatase O / Protein tyrosine phosphatase superfamily / Protein-Tyrosine Phosphatase; Chain A / Protein tyrosine phosphatase, catalytic domain / PTP type protein phosphatase domain profile. / Protein-tyrosine phosphatase / Tyrosine-specific protein phosphatase, PTPase domain / Protein-tyrosine phosphatase, catalytic / Protein tyrosine phosphatase, catalytic domain motif / Tyrosine specific protein phosphatases active site. ...Receptor-type tyrosine-protein phosphatase O / Protein tyrosine phosphatase superfamily / Protein-Tyrosine Phosphatase; Chain A / Protein tyrosine phosphatase, catalytic domain / PTP type protein phosphatase domain profile. / Protein-tyrosine phosphatase / Tyrosine-specific protein phosphatase, PTPase domain / Protein-tyrosine phosphatase, catalytic / Protein tyrosine phosphatase, catalytic domain motif / Tyrosine specific protein phosphatases active site. / Protein-tyrosine phosphatase, active site / Tyrosine-specific protein phosphatases domain / Tyrosine specific protein phosphatases domain profile. / Protein-tyrosine phosphatase-like / Fibronectin type III domain / Fibronectin type 3 domain / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulin-like fold / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NITRATE ION / Protein tyrosine phosphatase CRYP-2
類似検索 - 構成要素
生物種Gallus gallus (ニワトリ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.59 Å
データ登録者Girish, T.S. / Gopal, B.
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2007
タイトル: The crystal structure of the catalytic domain of the chick retinal neurite inhibitor-receptor protein tyrosine phosphatase CRYP-2/cPTPRO
著者: Girish, T.S. / Gopal, B.
履歴
登録2007年4月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02007年5月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42023年10月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein tyrosine phosphatase CRYP-2
B: Protein tyrosine phosphatase CRYP-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,3674
ポリマ－73,2432
非ポリマー1242
水3,279182
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)68.316, 68.316, 245.018
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 Protein tyrosine phosphatase CRYP-2


分子量: 36621.637 Da / 分子数: 2 / 断片: Catalytic Domain, Residues 956-1267 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: CRYP2 / プラスミド: pET-22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): T7 Polymerase / 参照: UniProt: Q98945
#2: 化合物 ChemComp-NO3 / NITRATE ION


分子量: 62.005 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 182 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.4 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 15% PEG 10000, 0.6M Ammonium Nitrate, 125mM NaCl, 25mM Tris-HCl, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年9月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.59→42.56 Å / Num. obs: 21113 / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 32.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1161 / Net I/σ(I): 10
反射 シェル解像度: 2.59→2.73 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.345 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Num. unique all: 2531

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
CNS精密化
MAR345345DTBデータ収集
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1RPM

1rpm


解像度: 2.59→42.56 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2869 1063 -RANDOM
Rwork0.2268 ---
all-21575 --
obs-21002 97.3 %-
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.879 Å2-1.367 Å20 Å2
2---0.879 Å20 Å2
3---1.757 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.59→42.56 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4730 0 8 182 4920
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.014
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.8
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24.6
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.14

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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