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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2pfs | ||||||
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タイトル | Crystal structure of universal stress protein from Nitrosomonas europaea | ||||||
![]() | Universal stress protein | ||||||
![]() | STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / stress protein / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Chruszcz, M. / Evdokimova, E. / Cymborowski, M. / Kagan, O. / Savchenko, A. / Edwards, A. / Joachimiak, A. / Minor, W. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural and functional insight into the universal stress protein family. 著者: Tkaczuk, K.L. / Shumilin, I.A. / Chruszcz, M. / Evdokimova, E. / Savchenko, A. / Minor, W. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 35.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 26.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 428.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 429.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 7.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 9.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16756.553 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 生物種: Nitrosomonas europaea / 株: IFO 14298 / 遺伝子: NE1028 / プラスミド: p15TV-L / 発現宿主: ![]() ![]() | ||
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#2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.47 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5 詳細: 0.2M Sodium chloride, 0.1M HEPES pH 7.5, 25% PEG3350, 2% Isopropanol, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年2月8日 / 詳細: Mirrors |
放射 | モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97918 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.25→50 Å / Num. all: 6882 / Num. obs: 6882 / % possible obs: 97.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 11.1 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Rsym value: 0.06 / Net I/σ(I): 58.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.25→2.29 Å / 冗長度: 7.7 % / Rmerge(I) obs: 0.486 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique all: 277 / Rsym value: 0.486 / % possible all: 81.5 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 52.42 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.25→50 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.25→2.309 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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