+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4wfc | ||||||||||||
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Title | Structure of the Rrp6-Rrp47 interaction | ||||||||||||
Components |
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Keywords | HYDROLASE / Rrp6-Rrp47 complex / nuclear exosome / RNA degradation / RNA processing | ||||||||||||
Function / homology | Function and homology information nuclear polyadenylation-dependent antisense transcript catabolic process / nuclear polyadenylation-dependent snoRNA catabolic process / nuclear polyadenylation-dependent snRNA catabolic process / U1 snRNA 3'-end processing / nuclear polyadenylation-dependent CUT catabolic process / nuclear polyadenylation-dependent mRNA catabolic process / U5 snRNA 3'-end processing / TRAMP-dependent tRNA surveillance pathway / U4 snRNA 3'-end processing / nuclear polyadenylation-dependent rRNA catabolic process ...nuclear polyadenylation-dependent antisense transcript catabolic process / nuclear polyadenylation-dependent snoRNA catabolic process / nuclear polyadenylation-dependent snRNA catabolic process / U1 snRNA 3'-end processing / nuclear polyadenylation-dependent CUT catabolic process / nuclear polyadenylation-dependent mRNA catabolic process / U5 snRNA 3'-end processing / TRAMP-dependent tRNA surveillance pathway / U4 snRNA 3'-end processing / nuclear polyadenylation-dependent rRNA catabolic process / poly(A)-dependent snoRNA 3'-end processing / exosome (RNase complex) / nuclear exosome (RNase complex) / exonucleolytic trimming to generate mature 3'-end of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / post-transcriptional tethering of RNA polymerase II gene DNA at nuclear periphery / histone mRNA catabolic process / nuclear mRNA surveillance / rRNA primary transcript binding / RNA catabolic process / maturation of 5.8S rRNA / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / RNA processing / enzyme regulator activity / double-stranded RNA binding / Hydrolases; Acting on ester bonds; Exoribonucleases producing 5'-phosphomonoesters / 3'-5'-RNA exonuclease activity / double-stranded DNA binding / regulation of gene expression / single-stranded RNA binding / nucleotide binding / protein-containing complex binding / nucleolus / DNA binding / RNA binding / nucleus Similarity search - Function | ||||||||||||
Biological species | Saccharomyces cerevisiae (brewer's yeast) | ||||||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 2.35 Å | ||||||||||||
Authors | Schuch, B. / Conti, E. | ||||||||||||
Funding support | Germany, 3items
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Citation | Journal: Embo J. / Year: 2014 Title: The exosome-binding factors Rrp6 and Rrp47 form a composite surface for recruiting the Mtr4 helicase. Authors: Schuch, B. / Feigenbutz, M. / Makino, D.L. / Falk, S. / Basquin, C. / Mitchell, P. / Conti, E. | ||||||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4wfc.cif.gz | 243.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4wfc.ent.gz | 204.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4wfc.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wf/4wfc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wf/4wfc | HTTPS FTP |
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-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
NCS ensembles :
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-Components
#1: Protein | Mass: 12862.192 Da / Num. of mol.: 3 / Fragment: UNP residues 1-111 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Saccharomyces cerevisiae (brewer's yeast) Gene: RRP6, UNC733, YOR001W / Production host: Escherichia coli (E. coli) References: UniProt: Q12149, Hydrolases; Acting on ester bonds; Exoribonucleases producing 5'-phosphomonoesters #2: Protein | Mass: 15341.698 Da / Num. of mol.: 3 / Fragment: UNP residues 1-133 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Saccharomyces cerevisiae (brewer's yeast) Gene: LRP1, RRP47, YC1D, YHR081W / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: P38801 #3: Chemical | ChemComp-SO4 / #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.98 Å3/Da / Density % sol: 58.66 % |
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Crystal grow | Temperature: 293.15 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 5.8 Details: 1.8 M ammonium sulfate, 125 mM sodium chloride, 100 mM sodium cacodylate pH 5.8 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: ID23-2 / Wavelength: 0.873 Å | |||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: MARMOSAIC 225 mm CCD / Detector: CCD / Date: Sep 28, 2011 | |||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.873 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.35→88.95 Å / Num. obs: 43613 / % possible obs: 99.8 % / Redundancy: 12.9 % / Biso Wilson estimate: 41.65 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rpim(I) all: 0.043 / Net I/σ(I): 16.6 / Num. measured all: 562480 | |||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: 0
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD Starting model: The structure was solved with data from a Ta6Br14 soaked crystal at low resolution (5.2A) by SAD with SHELX and HKL2MAP using the anomalous Ta signal. Identifiable alpha-helices were ...Starting model: The structure was solved with data from a Ta6Br14 soaked crystal at low resolution (5.2A) by SAD with SHELX and HKL2MAP using the anomalous Ta signal. Identifiable alpha-helices were manually placed and used as a starting model for SAD-MR by exploiting the anomalous Se signal from Se-Met derivatised crystal,using the program Phenix Autosol. The structure was finally modelled and refined using the natived data submitted. Resolution: 2.35→71.479 Å / SU ML: 0.26 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 0.09 / Phase error: 22.7 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 155.95 Å2 / Biso mean: 65.5484 Å2 / Biso min: 25.34 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.35→71.479 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 29
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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