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万見
- PDB-7e6y: Time-resolved serial femtosecond crystallography reveals early st... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7e6y
タイトルTime-resolved serial femtosecond crystallography reveals early structural changes in channelrhodopsin: 1 microsecond structure
要素Archaeal-type opsin 1,Archaeal-type opsin 2
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Channelrhodopsin / Rhodopsin
機能・相同性
機能・相同性情報


photoreceptor activity / phototransduction / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Bacteriorhodopsin-like protein / Archaeal/bacterial/fungal rhodopsins / Bacteriorhodopsin-like protein
類似検索 - ドメイン・相同性
(2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / RETINAL / Archaeal-type opsin 2 / Archaeal-type opsin 1
類似検索 - 構成要素
生物種Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
手法X線回折 / 自由電子レーザー / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Oda, K. / Nomura, T. / Nakane, T. / Yamashita, K. / Inoue, K. / Ito, S. / Vierock, J. / Hirata, K. / Maturana, A.D. / Katayama, K. ...Oda, K. / Nomura, T. / Nakane, T. / Yamashita, K. / Inoue, K. / Ito, S. / Vierock, J. / Hirata, K. / Maturana, A.D. / Katayama, K. / Ikuta, T. / Ishigami, I. / Izume, T. / Umeda, R. / Eguma, R. / Oishi, S. / Kasuya, G. / Kato, T. / Kusakizako, T. / Shihoya, W. / Shimada, H. / Takatsuji, T. / Takemoto, M. / Taniguchi, R. / Tomita, A. / Nakamura, R. / Fukuda, M. / Miyauchi, H. / Lee, Y. / Nango, E. / Tanaka, R. / Tanaka, T. / Sugahara, M. / Kimura, T. / Shimamura, T. / Fujiwara, T. / Yamanaka, Y. / Owada, S. / Joti, Y. / Tono, K. / Ishitani, R. / Hayashi, S. / Kandori, H. / Hegemann, P. / Iwata, S. / Kubo, M. / Nishizawa, T. / Nureki, O.
引用ジャーナル: Elife / 年: 2021
タイトル: Time-resolved serial femtosecond crystallography reveals early structural changes in channelrhodopsin.
著者: Oda, K. / Nomura, T. / Nakane, T. / Yamashita, K. / Inoue, K. / Ito, S. / Vierock, J. / Hirata, K. / Maturana, A.D. / Katayama, K. / Ikuta, T. / Ishigami, I. / Izume, T. / Umeda, R. / Eguma, ...著者: Oda, K. / Nomura, T. / Nakane, T. / Yamashita, K. / Inoue, K. / Ito, S. / Vierock, J. / Hirata, K. / Maturana, A.D. / Katayama, K. / Ikuta, T. / Ishigami, I. / Izume, T. / Umeda, R. / Eguma, R. / Oishi, S. / Kasuya, G. / Kato, T. / Kusakizako, T. / Shihoya, W. / Shimada, H. / Takatsuji, T. / Takemoto, M. / Taniguchi, R. / Tomita, A. / Nakamura, R. / Fukuda, M. / Miyauchi, H. / Lee, Y. / Nango, E. / Tanaka, R. / Tanaka, T. / Sugahara, M. / Kimura, T. / Shimamura, T. / Fujiwara, T. / Yamanaka, Y. / Owada, S. / Joti, Y. / Tono, K. / Ishitani, R. / Hayashi, S. / Kandori, H. / Hegemann, P. / Iwata, S. / Kubo, M. / Nishizawa, T. / Nureki, O.
履歴
登録2021年2月24日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年4月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月6日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_related_exp_data_set
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22023年11月29日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Archaeal-type opsin 1,Archaeal-type opsin 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,61012
ポリマ－39,6931
非ポリマー3,91811
水68538
1
A: Archaeal-type opsin 1,Archaeal-type opsin 2
ヘテロ分子

A: Archaeal-type opsin 1,Archaeal-type opsin 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,22124
ポリマ－79,3852
非ポリマー7,83522
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z+1/21
Buried area8200 Å2
ΔGint-52 kcal/mol
Surface area26490 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.800, 142.200, 94.700
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 Archaeal-type opsin 1,Archaeal-type opsin 2 / Channelopsin-1 / Chlamyopsin 4 light-gated ion channel / Retinal binding protein / Sensory opsin B


分子量: 39692.688 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
遺伝子: acop1, cop4, acop2, COP4, CSOB, CHLRE_02g085257v5, CHLREDRAFT_182032
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q93WP2, UniProt: Q8RUT8
#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物 ChemComp-RET / RETINAL / 7-cis-レチナ-ル


分子量: 284.436 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H28O
#4: 化合物
ChemComp-OLC / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-Oleoyl-R-glycerol / L-グリセロ-ル3-オレア-ト


分子量: 356.540 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H40O4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 38 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.07 %
解説: This is a time-resolved study and two sets of structure factors are deposited: extrapolated and observed data. Data collection statistics is about the latter but we used the former for ...解説: This is a time-resolved study and two sets of structure factors are deposited: extrapolated and observed data. Data collection statistics is about the latter but we used the former for refinement, where some reflections were rejected.
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 6.9
詳細: 100 mM MES, pH 6.9, 100 mM Na formate, and 30% PEG500DM

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 自由電子レーザー / サイト: SACLA / ビームライン: BL3 / 波長: 1.77 Å
検出器タイプ: MPCCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年10月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.77 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→39.41 Å / Num. obs: 16730 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 131.1 % / CC1/2: 0.9873 / R split: 0.1 / Net I/σ(I): 6.15
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / % possible all: 100

解像度 (Å)冗長度 (%)Mean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2R split
6.506-39.526344.413.219160.97890.0864
5.168-6.506232.412.328650.98320.0815
4.515-5.16820213.868600.98710.0741
4.103-4.515184.313.68470.98020.0756
3.81-4.103168.912.198460.98770.0795
3.584-3.81145.510.668340.98320.0893
3.405-3.584126.88.188300.98180.1101
3.257-3.405126.26.788310.97430.1422
3.132-3.257122.85.718360.96960.1653
3.024-3.132120.14.888430.95870.1984
2.929-3.024116.13.858120.94350.2621
2.846-2.929111.53.088200.92220.3182
2.771-2.846106.42.668240.91390.3694
2.703-2.77198.62.228390.85790.4544
2.641-2.70390.21.878270.81550.5624
2.585-2.64180.21.558040.7840.6748
2.534-2.58568.31.348500.75170.7482
2.486-2.53457.11.238150.67660.882
2.441-2.48646.30.998230.54351.0745
2.4-2.44137.80.868080.43891.3251

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
CrystFEL0.6.3データ削減
CrystFEL0.6.3データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3ug9

3ug9


解像度: 2.5→14.96 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.775 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.696 / SU B: 84.554 / SU ML: 1.692 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 3.559 / ESU R Free: 0.712 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.5148 542 4.9 %RANDOM
Rwork0.4448 ---
obs0.4485 10428 74.06 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 227.76 Å2 / Biso mean: 68.707 Å2 / Biso min: 11.93 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.89 Å20 Å20 Å2
2---4.03 Å2-0 Å2
3---3.14 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.5→14.96 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2317 0 174 38 2529
Biso mean--73.57 45.06 -
残基数----296
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0132545
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0172439
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5951.6483426
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2361.5735598
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0494.993294
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.0221.579114
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.41515371
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.177157
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0660.2329
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.022754
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02586
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.565 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.77 35 -
Rwork0.687 679 -
all-714 -
obs--66.98 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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