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- PDB-2pfj: Crystal Structure of T7 Endo I resolvase in complex with a Hollid... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2pfj
タイトルCrystal Structure of T7 Endo I resolvase in complex with a Holliday Junction
要素
  • (27-MER) x 2
  • Endodeoxyribonuclease 1
キーワードHYDROLASE/DNA / hydrolase / Holliday junction resolvase / Homodimer / Domain Swapped / Composite active site / HYDROLASE-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


degradation of host chromosome by virus / deoxyribonuclease IV / deoxyribonuclease IV (phage-T4-induced) activity / crossover junction DNA endonuclease activity / double-stranded DNA endonuclease activity / DNA integration / symbiont-mediated suppression of host gene expression / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Bacteriophage T7, Gp3, endodeoxynuclease I / Phage endonuclease I / Restriction Endonuclease - #30 / Restriction Endonuclease / Restriction endonuclease type II-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Endonuclease I
類似検索 - 構成要素
生物種Enterobacteria phage T7 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Hadden, J.M. / Declais, A.C. / Carr, S.B. / Lilley, D.M. / Phillips, S.E.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2007
タイトル: The structural basis of Holliday junction resolution by T7 endonuclease I.
著者: Hadden, J.M. / Declais, A.C. / Carr, S.B. / Lilley, D.M. / Phillips, S.E.
履歴
登録2007年4月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年10月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22021年10月20日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_sheet
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_sheet.number_strands
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
Z: 27-MER
Y: 27-MER
A: Endodeoxyribonuclease 1
B: Endodeoxyribonuclease 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,2578
ポリマ－52,0974
非ポリマー1604
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)92.977, 92.977, 124.265
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDRefine codeAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11SERSERLYSLYS1AC17 - 7717 - 77
21SERSERLYSLYS1BD17 - 7717 - 77
12HISHISHISHIS3AC7878
22HISHISHISHIS3BD7878
13LEULEULYSLYS1AC79 - 14579 - 145
23LEULEULYSLYS1BD79 - 14579 - 145
14CACACACA1A - YG - F150 - 30
24CACACACA1B - ZH - E150 - 30
詳細The biological assembly is a protein homodimer bound to a four stranded DNA junction. This is represented by the contents of the asymmteric unit.

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要素

#1: DNA鎖 27-MER


分子量: 8829.697 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: DNA Holliday Junction
#2: DNA鎖 27-MER


分子量: 8971.766 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: DNA Holliday Junction
#3: タンパク質 Endodeoxyribonuclease 1 / E.C.3.1.21.2 / Endodeoxyribonuclease I / Endonuclease


分子量: 17147.787 Da / 分子数: 2 / Mutation: K67A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacteria phage T7 (ファージ)
属: T7-like viruses / 遺伝子: 3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 (pLysS) / 参照: UniProt: P00641, deoxyribonuclease IV
#4: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.06 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 20 mM CaCl2, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1CaCl211
2H2O11
3CaCl212
4H2O12

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8726
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年6月28日 / 詳細: Pt coated Si mirrors
放射モノクロメーター: Si (111) monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8726 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→30 Å / Num. all: 11646 / Num. obs: 11577 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.6 % / Rsym value: 0.052 / Net I/σ(I): 14.8
反射 シェル解像度: 3.1→3.175 Å / 冗長度: 3.6 % / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique all: 776 / Rsym value: 0.344 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
MxCuBEデータ収集
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Globular domain from pdb file 1FZR

1fzr


解像度: 3.1→11.93 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.909 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.895 / SU B: 41.864 / SU ML: 0.542 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R Free: 0.52 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.29776 538 4.7 %RANDOM
Rwork0.26704 ---
obs0.26848 10851 99.37 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 96.457 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.02 Å2-0.01 Å20 Å2
2---0.02 Å20 Å2
3---0.04 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.811 Å / Luzzati d res low obs: 11.9 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→11.93 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2139 1098 4 0 3241
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0223599
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8932.4085141
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7435257
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.71223.663101
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.53215411
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg10.9651513
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1160.2537
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.023489
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2290.21392
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3130.22132
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1770.285
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1930.22
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.190.219
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0940.22
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.641.51334
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.08522108
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.17234698
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.5984.53033
Refine LS restraints NCS

Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
11060tight positional0.050.05
16loose positional1.865
21060tight thermal0.090.5
26loose thermal1.6310
LS精密化 シェル解像度: 3.1→3.175 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.513 27 -
Rwork0.387 748 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.6229-0.5248-0.79934.7778-2.02484.6715-0.0619-0.49850.15660.6371-0.9775-1.0436-0.73362.28211.0394-0.224-0.4915-0.29930.58720.38-0.014432.0991.581-27.023
22.49861.1279-0.30422.5943-2.20755.2469-0.0914-0.8896-0.82230.1573-0.7089-0.67070.81131.70260.8003-0.16280.14010.10770.47810.50650.181926.587-17.326-19.231
35.35043.1942-1.12863.5595-3.74735.9545-0.3192-0.0973-0.3535-0.3026-0.1549-1.2923-0.57061.46230.474-0.30590.02810.08570.74620.62780.449944.478-10.866-22.245
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AC17 - 14517 - 145
2X-RAY DIFFRACTION2BD17 - 14517 - 145
3X-RAY DIFFRACTION3ZA1 - 81 - 8
4X-RAY DIFFRACTION3YB22 - 2922 - 29

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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