PDB-2pf6: Lutheran glycoprotein, N-terminal domains 1 and 2

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2pf6

タイトル

Lutheran glycoprotein, N-terminal domains 1 and 2

要素

Lutheran blood group glycoprotein

キーワード

CELL ADHESION / Immunoglobulin superfamily. Cell adhesion.

機能・相同性

機能・相同性情報

laminin receptor activity / laminin binding / cell-matrix adhesion / transmembrane signaling receptor activity / collagen-containing extracellular matrix / cell adhesion / external side of plasma membrane / signal transduction / extracellular exosome / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Burton, N. / Brady, R.L.

引用

ジャーナル: Blood / 年: 2007
タイトル: The Laminin 511/521-binding site on the Lutheran blood group glycoprotein is located at the flexible junction of Ig domains 2 and 3.
著者: Mankelow, T.J. / Burton, N. / Stefansdottir, F.O. / Spring, F.A. / Parsons, S.F. / Pedersen, J.S. / Oliveira, C.L. / Lammie, D. / Wess, T. / Mohandas, N. / Chasis, J.A. / Brady, R.L. / Anstee, D.J.

履歴

登録	2007年4月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年12月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2017年10月18日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2023年8月30日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2pf6.cif.gz	106.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2pf6.ent.gz	83.6 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	2pf6_validation.pdf.gz	432.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2pf6_full_validation.pdf.gz	437.3 KB	表示
XML形式データ	2pf6_validation.xml.gz	18.4 KB	表示
CIF形式データ	2pf6_validation.cif.gz	25.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pf/2pf6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pf/2pf6	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	2petSC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2pet-d 6bbt-1 5a2f-d 4of5-1 5qu4-d 4ofv-1 4fs0-d 3zrx-d 1iam-d 3zcc-d 1d3l-d 2ill-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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類似性 (2)
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血管内皮増殖因子と血管新生 (Vascular Endothelial Growth Factor (VegF)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Lutheran blood group glycoprotein

B: Lutheran blood group glycoprotein

51.3 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Lutheran blood group glycoprotein

登録者が定義した集合体
25.6 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Lutheran blood group glycoprotein

登録者が定義した集合体
25.6 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	52.248, 52.248, 256.842
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	A
4	1	B
5	1	A
6	1	B
7	1	A
8	1	B
9	1	A
10	1	B
11	1	A
12	1	B
13	1	A
14	1	B

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Refine code: 5

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	PRO	PRO	PHE	PHE	A	A	8 - 36	8 - 36
2	1	PRO	PRO	PHE	PHE	B	B	8 - 36	8 - 36
3	2	ARG	ARG	GLN	GLN	A	A	46 - 53	46 - 53
4	2	ARG	ARG	GLN	GLN	B	B	46 - 53	46 - 53
5	3	LEU	LEU	VAL	VAL	A	A	57 - 112	57 - 112
6	3	LEU	LEU	VAL	VAL	B	B	57 - 112	57 - 112
7	4	ALA	ALA	TRP	TRP	A	A	114 - 154	114 - 154
8	4	ALA	ALA	TRP	TRP	B	B	114 - 154	114 - 154
9	5	GLY	GLY	ARG	ARG	A	A	171 - 194	171 - 194
10	5	GLY	GLY	ARG	ARG	B	B	171 - 194	171 - 194
11	6	SER	SER	ALA	ALA	A	A	203 - 208	203 - 208
12	6	SER	SER	ALA	ALA	B	B	203 - 208	203 - 208
13	7	LEU	LEU	TYR	TYR	A	A	220 - 231	220 - 231
14	7	LEU	LEU	TYR	TYR	B	B	220 - 231	220 - 231

詳細

Asymmetic unit conatins two copies of biological unit

#1: 抗体	Lutheran blood group glycoprotein / B-CAM cell surface glycoprotein / Auberger B antigen / F8/G253 antigen / CD239 antigen 分子量: 25647.830 Da / 分子数: 2 / 断片: N-terminal domains 1 and 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BCAM, LU, MSK19 / プラスミド: pEE / 参照: UniProt: P50895
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 51 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.97 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.62 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 18% PEG4000, 0.2M ammonium acetate, 0.1M sodium citrate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX14.1 / 波長: 1.488 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2006年9月28日
放射	モノクロメーター: ASYMMETRIC CUT Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.488 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→100 Å / Num. all: 19830 / Num. obs: 19830 / % possible obs: 90.1 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.6 % / B_iso Wilson estimate: 45.6 Å² / R_merge(I) obs: 0.102 / Χ²: 1.165 / Net I/σ(I): 10
反射シェル	解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 1.8 % / R_merge(I) obs: 0.482 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique all: 891 / Χ²: 0.633 / % possible all: 41.3

-
位相決定

Phasing MR

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.5 Å	44.56 Å
Translation	2.5 Å	44.56 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定
REFMAC	refmac_5.2.0019	精密化
PDB_EXTRACT	2	データ抽出
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2PET

2pet

解像度: 2.2→85.75 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.954 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.931 / WR_factor R_free: 0.241 / WR_factor R_work: 0.203 / SU B: 14.231 / SU ML: 0.185 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: TLS / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.442 / ESU R Free: 0.255 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.251	1014	5.1 %	RANDOM
R_work	0.205	-	-	-
all	0.207	19755	-	-
obs	0.207	19755	90.11 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 43.696 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.2 Å²	0.6 Å²	0 Å²
2-	-	1.2 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.8 Å²

Refine analyze

	Free	Obs
Luzzati coordinate error	0.255 Å	0.442 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→85.75 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3592	0	0	51	3643

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.018	0.021	3670
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.498	1.965	4986
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.801	5	460
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.585	22.558	172
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.558	15	604
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.113	15	42
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.085	0.2	552
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	2834
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.219	0.2	1327
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.306	0.2	2410
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.144	0.2	166
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.198	0.2	102
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.207	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.237	1.5	2364
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.561	2	3718
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.582	3	1451
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.884	4.5	1268

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
704	MEDIUM POSITIONAL	0.36	0.5
646	LOOSE POSITIONAL	0.64	5
704	MEDIUM THERMAL	3.07	2
646	LOOSE THERMAL	3.83	10

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.2-2.251	0.257	26	0.274	599	1564	39.962
2.251-2.313	0.456	54	0.278	830	1536	57.552
2.313-2.38	0.34	57	0.272	1094	1535	74.984
2.38-2.453	0.298	61	0.266	1250	1441	90.978
2.453-2.533	0.284	72	0.271	1286	1400	97
2.533-2.622	0.295	74	0.245	1324	1405	99.502
2.622-2.721	0.349	69	0.24	1255	1324	100
2.721-2.832	0.306	65	0.238	1207	1273	99.921
2.832-2.958	0.227	74	0.211	1146	1222	99.836
2.958-3.102	0.295	68	0.209	1123	1194	99.749
3.102-3.269	0.271	67	0.207	1080	1147	100
3.269-3.467	0.261	59	0.181	1019	1079	99.907
3.467-3.706	0.25	41	0.176	950	993	99.799
3.706-4.003	0.263	42	0.183	913	955	100
4.003-4.384	0.158	39	0.168	843	882	100
4.384-4.9	0.158	37	0.154	757	794	100
4.9-5.654	0.195	44	0.192	687	731	100
5.654-6.918	0.219	28	0.211	604	632	100
6.918-9.752	0.256	29	0.225	465	494	100
9.752-85.749	0.464	8	0.272	309	321	98.754

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	30.253	-4.4082	-9.2572	0.8168	2.0953	6.027	-0.8809	0.9975	0.2198	-0.1759	-0.099	-0.1359	-0.8522	0.6836	0.9799	0.0648	-0.0353	-0.081	0.0965	0.0553	0.2779	41.462	-4.4553	34.2832
2	10.0539	1.4424	0.5316	2.2759	1.5391	2.2035	-0.1557	0.4175	0.0135	-0.195	0.122	0.0185	-0.1175	0.0853	0.0338	0.161	-0.0145	0.0193	0.1888	0.0408	0.1126	29.9545	-7.0707	28.6012
3	15.2665	-1.466	-3.5181	3.3801	5.8772	10.2832	-0.3264	-0.6067	-0.8871	-0.1724	0.2893	-0.2614	0.5053	0.6763	0.0372	0.1549	-0.0048	-0.0039	0.0937	0.0014	0.1148	40.9086	-16.1563	34.7871
4	13.629	-10.0176	-13.5445	19.3363	16.2291	24.1016	-0.4912	-0.3986	0.7559	0.7669	0.3378	0.9101	-0.1044	-1.3298	0.1535	0.0325	0.0914	-0.0141	0.2801	0.0455	0.0972	25.1889	-9.5243	46.1871
5	1.2572	-0.493	1.9035	5.2699	1.5822	5.031	-0.1178	0.4615	-0.1223	-0.197	0.2941	-0.5734	0.1718	0.8479	-0.1763	0.0655	-0.0435	-0.0285	0.1544	-0.0458	0.1566	36.6934	-19.6458	35.0137
6	13.2784	0.3944	6.4227	0.2056	1.503	11.9878	0.0765	-0.8446	-0.1473	0.1989	-0.1709	0.3094	-0.0927	0.4069	0.0944	0.1782	-0.0566	-0.0382	0.0993	0.0216	0.1555	23.9251	-19.7604	39.0999
7	1.5374	0.5882	-0.9127	1.19	-1.8789	2.9668	-0.1775	0.0716	-0.1372	-0.0916	0.0847	0.1203	0.0481	-0.1486	0.0928	0.154	-0.0356	-0.0123	0.1207	-0.0049	0.1599	24.9986	-15.055	29.4935
8	6.7799	-1.1995	0.6946	2.4005	-0.9275	0.7025	0.0055	-0.1394	0.1178	-0.0216	0.0483	0.0223	-0.1541	-0.0428	-0.0537	0.187	0.0133	-0.011	0.2082	-0.0392	0.126	33.8263	-9.8224	38.3784
9	27.0574	-6.6589	9.5013	2.3061	-2.1112	3.4137	0.2831	-0.0356	0.4306	-0.0141	-0.2093	-0.0148	0.0678	-0.0224	-0.0738	0.1322	0.0276	0.0369	0.1963	0.0612	0.0951	20.0901	-3.2598	32.6317
10	10.3096	-1.0366	-4.9445	2.3999	4.241	8.4768	-0.0958	0.2266	0.1654	-0.0185	-0.2336	0.3472	-0.0924	-0.2678	0.3294	0.1259	-0.0249	-0.0225	0.148	0.0191	0.1362	-16.7074	9.6752	31.5958
11	10.3012	-1.286	-2.966	3.041	-0.5492	3.9084	-0.1709	0.309	-0.1379	0.3487	-0.1542	0.2677	-0.3765	-0.1432	0.325	0.1933	-0.0169	-0.0253	0.1981	-0.0169	0.1133	-10.5052	10.6208	34.5383
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22	21.5313	6.2426	5.0258	16.2874	8.4869	14.3761	-0.112	-0.8509	0.1781	-0.0625	-0.4745	0.6095	-0.1388	0.0973	0.5865	0.2502	-0.0214	0.008	0.0985	0.0414	0.0448	8.7858	7.8264	15.0113
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33	3.7514	-2.6014	2.143	20.5971	1.595	1.7293	-0.0297	0.0648	-0.2379	0.1334	0.1135	-0.0749	0.0865	0.0534	-0.0838	0.304	-0.063	0.0761	0.1488	-0.0242	0.0735	9.1154	23.3751	10.2665
34	5.6632	0.7176	2.0836	7.254	-3.0946	17.7768	0.056	0.2395	-0.1127	-0.2516	0.1981	0.0797	0.6467	-1.115	-0.2541	0.0049	-0.0023	-0.0301	0.1643	0.0198	0.1434	1.0342	38.4487	12.2774
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39	8.3476	12.398	5.0712	26.9892	7.4979	4.0585	0.4689	-0.4072	-0.0158	0.5135	-0.6132	0.6684	0.5775	-0.6414	0.1442	0.1102	-0.0738	0.0973	0.1326	-0.0104	0.0996	4.2532	20.9236	18.0297
40	6.828	1.5374	-4.5498	8.9125	-4.6852	11.0561	-0.1786	0.3732	0.6436	0.2862	0.3971	-1.0676	-1.0758	-0.2831	-0.2185	0.1925	-0.0273	0.012	0.1804	-0.0374	0.2	14.6359	48.3662	16.7862

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL

ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	A	A	1 - 7	1 - 7
2	2	A	A	8 - 28	8 - 28
3	3	A	A	29 - 35	29 - 35
4	4	A	A	36 - 42	36 - 42
5	5	A	A	43 - 60	43 - 60
6	6	A	A	61 - 67	61 - 67
7	7	A	A	68 - 87	68 - 87
8	8	A	A	88 - 102	88 - 102
9	9	A	A	103 - 119	103 - 119
10	10	A	A	120 - 132	120 - 132
11	11	A	A	133 - 143	133 - 143
12	12	A	A	144 - 155	144 - 155
13	13	A	A	156 - 164	156 - 164
14	14	A	A	165 - 171	165 - 171
15	15	A	A	172 - 183	172 - 183
16	16	A	A	184 - 190	184 - 190
17	17	A	A	191 - 198	191 - 198
18	18	A	A	199 - 208	199 - 208
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21	21	B	B	1 - 8	1 - 8
22	22	B	B	9 - 17	9 - 17
23	23	B	B	18 - 31	18 - 31
24	24	B	B	32 - 39	32 - 39
25	25	B	B	40 - 52	40 - 52
26	26	B	B	53 - 62	53 - 62
27	27	B	B	63 - 70	63 - 70
28	28	B	B	71 - 90	71 - 90
29	29	B	B	91 - 104	91 - 104
30	30	B	B	105 - 123	105 - 123
31	31	B	B	124 - 132	124 - 132
32	32	B	B	133 - 143	133 - 143
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