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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2peg | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Trematomus bernacchii hemoglobin in a partial hemichrome state | ||||||
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![]() | OXYGEN STORAGE/TRANSPORT / hemichrome / R/Tintermediate quaternary structure / OXYGEN STORAGE-TRANSPORT COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | ![]() hemoglobin alpha binding / haptoglobin binding / haptoglobin-hemoglobin complex / organic acid binding / hemoglobin complex / oxygen transport / hydrogen peroxide catabolic process / oxygen carrier activity / oxygen binding / peroxidase activity ...hemoglobin alpha binding / haptoglobin binding / haptoglobin-hemoglobin complex / organic acid binding / hemoglobin complex / oxygen transport / hydrogen peroxide catabolic process / oxygen carrier activity / oxygen binding / peroxidase activity / blood microparticle / iron ion binding / heme binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Vergara, A. / Franzese, M. / Merlino, A. / Vitagliano, L. / Mazzarella, L. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural characterization of ferric hemoglobins from three antarctic fish species of the suborder notothenioidei. 著者: Vergara, A. / Franzese, M. / Merlino, A. / Vitagliano, L. / Verde, C. / di Prisco, G. / Lee, H.C. / Peisach, J. / Mazzarella, L. #1: ![]() タイトル: The crystal structure of a tetrameric hemoglobin in a partial hemichrome state 著者: Riccio, A. / Vitagliano, L. / di Prisco, G. / Zagari, A. / Mazzarella, L. #2: ![]() タイトル: The oxidation process of Antarctic fish hemoglobins 著者: Vitagliano, L. / Bonomi, G. / Riccio, A. / di Prisco, G. / Smulevich, G. / Mazzarella, L. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 77.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 55.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 17 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 23.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1s5yS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15683.271 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() | ||
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#2: タンパク質 | 分子量: 16153.368 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() | ||
#3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.55 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: liquid diffusion / pH: 7.6 詳細: PEG MME 5000, TRIS-HCL, pH 7.6, LIQUID DIFFUSION, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2005年4月1日 / 詳細: Mirrors |
放射 | モノクロメーター: MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.2 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.48→30 Å / Num. obs: 74461 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.035 / Χ2: 2.764 / Net I/σ(I): 29 |
反射 シェル | 解像度: 1.48→1.53 Å / Rmerge(I) obs: 0.227 / Χ2: 0.676 / % possible all: 99.6 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB entry 1S5Y 解像度: 1.48→30 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.48→30 Å
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拘束条件 |
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