[日本語] English
万見
- PDB-2peg: Crystal structure of Trematomus bernacchii hemoglobin in a partia... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2peg
タイトルCrystal structure of Trematomus bernacchii hemoglobin in a partial hemichrome state
要素
  • Hemoglobin subunit alpha
  • Hemoglobin subunit beta
キーワードOXYGEN STORAGE/TRANSPORT / hemichrome / R/Tintermediate quaternary structure / OXYGEN STORAGE-TRANSPORT COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


haptoglobin binding / organic acid binding / haptoglobin-hemoglobin complex / hemoglobin complex / oxygen transport / hydrogen peroxide catabolic process / oxygen carrier activity / peroxidase activity / oxygen binding / blood microparticle ...haptoglobin binding / organic acid binding / haptoglobin-hemoglobin complex / hemoglobin complex / oxygen transport / hydrogen peroxide catabolic process / oxygen carrier activity / peroxidase activity / oxygen binding / blood microparticle / iron ion binding / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Hemoglobin, pi / Hemoglobin, alpha-type / Hemoglobin, beta-type / : / Globin/Protoglobin / Globins / Globin-like / Globin / Globin / Globin domain profile. ...Hemoglobin, pi / Hemoglobin, alpha-type / Hemoglobin, beta-type / : / Globin/Protoglobin / Globins / Globin-like / Globin / Globin / Globin domain profile. / Globin-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Hemoglobin subunit alpha / Hemoglobin subunit beta
類似検索 - 構成要素
生物種Trematomus bernacchii (魚類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.48 Å
データ登録者Vergara, A. / Franzese, M. / Merlino, A. / Vitagliano, L. / Mazzarella, L.
引用
ジャーナル: Biophys.J. / 年: 2007
タイトル: Structural characterization of ferric hemoglobins from three antarctic fish species of the suborder notothenioidei.
著者: Vergara, A. / Franzese, M. / Merlino, A. / Vitagliano, L. / Verde, C. / di Prisco, G. / Lee, H.C. / Peisach, J. / Mazzarella, L.
#1: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2002
タイトル: The crystal structure of a tetrameric hemoglobin in a partial hemichrome state
著者: Riccio, A. / Vitagliano, L. / di Prisco, G. / Zagari, A. / Mazzarella, L.
#2: ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 2004
タイトル: The oxidation process of Antarctic fish hemoglobins
著者: Vitagliano, L. / Bonomi, G. / Riccio, A. / di Prisco, G. / Smulevich, G. / Mazzarella, L.
履歴
登録2007年4月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年7月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12007年10月9日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42019年7月24日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: software / struct_conn
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.52023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_conn_type / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.62024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Hemoglobin subunit alpha
B: Hemoglobin subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,0704
ポリマ－31,8372
非ポリマー1,2332
水3,873215
1
A: Hemoglobin subunit alpha
B: Hemoglobin subunit beta
ヘテロ分子

A: Hemoglobin subunit alpha
B: Hemoglobin subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,1398
ポリマ－63,6734
非ポリマー2,4664
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
単位格子
Length a, b, c (Å)87.160, 87.740, 55.380
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 97.660, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: タンパク質 Hemoglobin subunit alpha / Hemoglobin alpha chain / Alpha-globin


分子量: 15683.271 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trematomus bernacchii (魚類) / 参照: UniProt: P80043
#2: タンパク質 Hemoglobin subunit beta / Hemoglobin beta chain / Beta-globin


分子量: 16153.368 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trematomus bernacchii (魚類) / 参照: UniProt: P80044
#3: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 215 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.55 %
結晶化温度: 293 K / 手法: liquid diffusion / pH: 7.6
詳細: PEG MME 5000, TRIS-HCL, pH 7.6, LIQUID DIFFUSION, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 5.2R / 波長: 1.2 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2005年4月1日 / 詳細: Mirrors
放射モノクロメーター: MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.2 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.48→30 Å / Num. obs: 74461 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.035 / Χ2: 2.764 / Net I/σ(I): 29
反射 シェル解像度: 1.48→1.53 Å / Rmerge(I) obs: 0.227 / Χ2: 0.676 / % possible all: 99.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
X-PLOR3.851精密化
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
MAR345dtbデータ収集
AMoRE位相決定
DENZOデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1S5Y

1s5y


解像度: 1.48→30 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.234 7517 -RANDOM
Rwork0.199 ---
all0.207 74461 --
obs0.203 68285 99.4 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.48→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2236 0 89 215 2540
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg0.9

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る