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万見
- PDB-2pe7: Thaumatin from Thaumatococcus Danielli in complex with tris-dipic... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2pe7
タイトルThaumatin from Thaumatococcus Danielli in complex with tris-dipicolinate Europium
要素Preprothaumatin I
キーワードPLANT PROTEIN / Thaumatin / Tris-dipicolinate Europium
機能・相同性
機能・相同性情報


defense response / cytoplasmic vesicle / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Thaumatin / Thaumatin / Thaumatin, conserved site / Thaumatin family signature. / Thaumatin family / Thaumatin family / Thaumatin family profile. / Thaumatin family / Osmotin/thaumatin-like superfamily / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
EUROPIUM ION / PYRIDINE-2,6-DICARBOXYLIC ACID / L(+)-TARTARIC ACID / Thaumatin I / Thaumatin I
類似検索 - 構成要素
生物種Thaumatococcus daniellii (植物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.46 Å
データ登録者Pompidor, G. / Vicat, J. / Kahn, R.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2010
タイトル: A dipicolinate lanthanide complex for solving protein structures using anomalous diffraction.
著者: Pompidor, G. / Maury, O. / Vicat, J. / Kahn, R.
履歴
登録2007年4月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年4月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22012年3月21日Group: Database references
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Preprothaumatin I
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,1827
ポリマ－22,2281
非ポリマー9536
水6,323351
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)57.550, 57.550, 149.400
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-601-

EU

21A-602-

PDC

31A-602-

PDC

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要素

#1: タンパク質 Preprothaumatin I


分子量: 22228.043 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thaumatococcus daniellii (植物) / 参照: UniProt: A1IIJ1, UniProt: P02883*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-EU / EUROPIUM ION


分子量: 151.964 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Eu
#3: 化合物 ChemComp-TLA / L(+)-TARTARIC ACID / L-酒石酸


分子量: 150.087 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O6
#4: 化合物 ChemComp-PDC / PYRIDINE-2,6-DICARBOXYLIC ACID / DIPICOLINIC ACID / ジピコリン酸


分子量: 167.119 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H5NO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 351 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
非ポリマーの詳細ACCORDING TO AUTHORS THE LIGAND PDC IS IN THE BASIC (DEPROTONATED) FORM (C7H3N1O4)
配列の詳細THERE ARE TWO ISOFORMS OF THAUMATIN, I AND II. CRYSTALLIZATION MATERIAL CONTAINS A MIXTURE OF LYS46 ...THERE ARE TWO ISOFORMS OF THAUMATIN, I AND II. CRYSTALLIZATION MATERIAL CONTAINS A MIXTURE OF LYS46 AND ASN46. ASN46 FROM THE FORM II IS USED.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.74 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.7 M Sodium Potassium Tatrate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンESRF BM30A11.776211, 0.920134
ESRF BM30A2
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2004年12月25日 / 詳細: Si(111)
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.7762111
20.9201341
反射解像度: 1.456→45.596 Å / Num. obs: 44812 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 12.3 % / Biso Wilson estimate: 11.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.074 / Rsym value: 0.074 / Net I/σ(I): 5.5
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
1.46-1.537.70.391.14783862180.3996.7
1.53-1.6312.80.2162.87837561260.216100
1.63-1.7413.10.1593.67524757600.159100
1.74-1.8813.30.12557107953560.125100
1.88-2.0613.10.0976.26540549820.097100
2.06-2.3130.0817.25911245440.081100
2.3-2.6613.10.06395225340000.063100
2.66-3.2613.50.04711.24674134510.047100
3.26-4.613.20.0538.83621927390.053100
4.6-45.6120.0518.11959516360.05199.9

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位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散
Phasing MAD set site
IDCartn x (Å)Cartn y (Å)Cartn z (Å)Atom type symbolB isoOccupancy
13.6493.6490EU18.60.26
21.6622.2220.663EU18.580.02
37.775.612-0.096EU18.580.02
452.53252.5140EU18.60.02
5-1.0431.278-1.732EU18.660.01
66.2332.40EU18.60.01
74.5222.1011.146EU18.610.01
846.2012.155-1.981EU18.790.02
93.2944.8194.775EU18.620.04
10-0.1674.7313.347EU18.60.06
117.8973.7011.966EU18.650.02
120.0063.9822.898EU18.60.03

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALAデータスケーリング
SHARP位相決定
SOLOMON位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
BM30Abeamline softwareデータ収集
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散
開始モデル: 1RQW

1rqw


解像度: 1.46→53.68 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.956 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.065 / ESU R Free: 0.057 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.176 2259 5.1 %RANDOM
Rwork0.152 ---
obs0.153 44636 99.31 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 10.078 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.06 Å20 Å20 Å2
2--0.06 Å20 Å2
3----0.11 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.46→53.68 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1551 0 57 351 1959
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0221698
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.021433
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4161.9892312
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg3.97533359
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6865216
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.72923.14370
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.8315260
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.2051513
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0830.2241
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.021940
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0090.02363
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2060.2326
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.230.21457
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1860.2862
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.1180.2857
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1560.2238
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2310.212
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.280.270
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1760.236
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.111.51042
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.6721.5434
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.64221682
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.1923656
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.0644.5626
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.21233131
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free4.8843352
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded1.43933083
LS精密化 シェル解像度: 1.456→1.494 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.351 156 -
Rwork0.323 2842 -
obs-2998 91.96 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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