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- PDB-2pbc: FK506-binding protein 2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2pbc
タイトルFK506-binding protein 2
要素FK506-binding protein 2
キーワードISOMERASE / Endoplasmic reticulum / Polymorphism / Rotamase / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


FK506 binding / chaperone-mediated protein folding / peptidylprolyl isomerase / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / endoplasmic reticulum membrane / endoplasmic reticulum
類似検索 - 分子機能
Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP2/11 / Chitinase A; domain 3 - #40 / Chitinase A; domain 3 / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain profile. / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain superfamily / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Walker, J.R. / Neculai, D. / Davis, T. / Butler-Cole, C. / Sicheri, F. / Weigelt, J. / Sundstrom, M. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bochkarev, A. ...Walker, J.R. / Neculai, D. / Davis, T. / Butler-Cole, C. / Sicheri, F. / Weigelt, J. / Sundstrom, M. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bochkarev, A. / Dhe-Paganon, S. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structure of FK506-Binding Protein 2
著者: Walker, J.R. / Neculai, D. / Davis, T. / Butler-Cole, C. / Sicheri, F. / Weigelt, J. / Sundstrom, M. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bochkarev, A. / Dhe-Paganon, S.
履歴
登録2007年3月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年4月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 300 BIOMOLECULE: 1, 2 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 4 ... BIOMOLECULE: 1, 2 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 4 CHAIN(S). AUTHORS STATE THAT THE BIOLOGICAL UNIT OF THIS PROTEIN IS UNKNOWN.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FK506-binding protein 2
B: FK506-binding protein 2
C: FK506-binding protein 2
D: FK506-binding protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,1568
ポリマ－44,7314
非ポリマー4244
水5,314295
1
A: FK506-binding protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,2892
ポリマ－11,1831
非ポリマー1061
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: FK506-binding protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,2892
ポリマ－11,1831
非ポリマー1061
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: FK506-binding protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,2892
ポリマ－11,1831
非ポリマー1061
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: FK506-binding protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,2892
ポリマ－11,1831
非ポリマー1061
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)42.430, 39.335, 108.316
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.28, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
FK506-binding protein 2 / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase / PPIase / Rotamase / 13 kDa FKBP / FKBP-13


分子量: 11182.800 Da / 分子数: 4 / 断片: Residues 43-142 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FKBP2, FKBP13 / プラスミド: pET28-LIC / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P26885, peptidylprolyl isomerase
#2: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 295 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.08 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 32% PEG MME550, CRYOPROTECTED IN PARATONE-N, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.54178 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年6月23日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→23.1 Å / Num. all: 32970 / Num. obs: 32970 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.4 % / Rsym value: 0.044 / Net I/σ(I): 27.8
反射 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 3 % / Mean I/σ(I) obs: 7.8 / Num. unique all: 2860 / Rsym value: 0.155 / % possible all: 85.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1Y0O

1y0o


解像度: 1.8→23.06 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.912 / SU B: 5.99 / SU ML: 0.1 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.151 / ESU R Free: 0.159 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS, ATOM RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS, ANISOU RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL U FACTORS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25986 1648 5 %RANDOM
Rwork0.18493 ---
obs0.18861 31311 98.32 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 21.157 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.46 Å20 Å2-0.12 Å2
2---0.92 Å20 Å2
3---0.45 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→23.06 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3123 0 0 329 3452
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0223220
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6872.0084330
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.0785412
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.07724.062128
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.20115587
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.6651520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1220.2456
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.022416
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2110.21412
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3130.22146
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1490.2267
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1930.2106
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.210.239
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.47422091
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.08333230
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.09841290
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.0651100
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.354 89 -
Rwork0.194 1853 -
obs--79.23 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
112.09690.72132.10930.805-0.87771.6891-0.42370.35390.06230.18370.146-0.1432-0.24180.37080.2777-0.0016-0.02840.00830.1109-0.08320.107229.97565.594540.3355
23.51441.6196-1.558511.7301-5.409111.80480.07950.19820.07510.05970.1762-0.1046-0.1706-0.1028-0.25570.05050.0088-0.00760.074-0.02530.063121.4891-2.129438.7399
326.5719-11.4342-3.46995.01131.89867.7426-0.0507-0.98310.5256-0.3750.1336-0.2007-0.0161-0.5146-0.08290.1720.0203-0.032-0.02530.0088-0.02657.86611.200952.8798
416.9893-9.13114.14466.0781-1.422212.838-0.9064-0.7925-0.08660.87480.70090.4586-0.0781-1.16350.20550.21040.0650.08440.06640.08-0.00767.6256-2.047655.7669
50.64613.0819-0.061115.4457-4.355622.18230.50260.265-0.20012.01180.01510.1141-0.76110.2757-0.51770.320.07060.0208-0.01370.002-0.070516.8721-9.106550.4038
61.87510.21041.13817.56710.89220.7682-0.1005-0.01050.0345-0.19220.1930.5147-0.1008-0.0304-0.09250.02710.01010.00040.06970.04580.066713.82870.442738.8358
710.6626-8.3576-0.728912.52281.89230.665-0.4503-0.25450.09151.30870.4007-0.3314-0.05380.03330.04970.22760.041-0.02510.0119-0.0053-0.043121.04145.918348.2791
88.03050.9351-0.1731.2253-0.67070.38280.0314-0.0883-0.4448-0.19970.0803-0.02710.0877-0.2251-0.11170.04480.01970.03030.05220.02040.10131.27462.82442.5103
912.44684.7446-4.074553.9911-6.39577.7507-0.42120.0442-1.12941.2923-0.0792-1.12581.00030.19390.50040.0676-0.00070.03690.06790.16340.0781-2.3413-3.11548.4258
1017.3921-5.62680.13675.9409-0.72312.7905-0.318-0.10370.42510.16660.2149-0.3049-0.1799-0.18040.10320.10190.04150.0410.05750.03070.00537.45364.520149.8884
1128.052-10.7319-8.663113.07760.75494.5575-0.3457-0.5284-0.25641.50250.265-0.59940.07220.36730.08070.26260.0678-0.1078-0.0336-0.0169-0.009621.9325-0.919348.4418
123.1397-3.36894.292615.2267-13.868513.25730.06220.2105-0.3811-0.1834-0.5969-1.1954-0.03320.33450.5347-0.07480.034-0.03150.0112-0.02480.160129.3455-3.73939.8943
138.0316-1.2768-2.08131.50491.06050.9483-0.0165-0.23130.1653-0.0816-0.0650.1550.0413-0.26810.08150.01390.01140.01820.10870.01050.073111.216324.009114.7421
141.4937-0.4827-1.09582.7004-1.32113.5246-0.0502-0.22740.00910.07330.1164-0.02180.06790.2707-0.06610.0664-0.0044-0.01630.0771-0.01180.053420.078516.318311.7071
1525.530312.6642.43117.8374-1.09193.6258-0.31680.54660.269-0.09880.2868-0.0941-0.01270.16860.02990.01430.01930.00890.0928-0.07930.096833.242119.74252.2111
1612.70988.6329-2.011311.4792-5.54938.12020.00530.433-0.1964-0.13710.1151-0.5761-0.41010.2293-0.12040.0026-0.01040.01670.1083-0.09680.086638.338120.53870.6129
1710.592710.47784.048518.49264.33981.5612-0.05270.2117-0.047-0.19040.2695-0.50830.30140.0846-0.21670.06510.0039-0.00310.0849-0.02360.018526.904511.8731-1.4837
184.4449-2.1351-6.38321.31542.63979.79390.2684-0.00350.098-0.2999-0.1493-0.159-0.1564-0.3784-0.11910.0778-0.01190.01380.0897-0.00070.026623.650711.53648.3175
191.45850.58010.34213.0015-0.4690.22750.0662-0.0537-0.02660.2327-0.0931-0.11940.02580.00490.02690.05-0.0024-0.0070.0633-0.01120.037426.253820.177815.7916
207.02291.99052.53176.83350.08622.656-0.09160.02840.0048-0.0920.03790.3380.01390.10540.05360.06870.0057-0.01610.0749-0.00770.039919.77925.13255.1475
211.5551.06521.26841.2645-0.17583.0754-0.0346-0.0259-0.22540.08070.1131-0.1229-0.07070.0538-0.07840.018-0.0024-0.00040.0828-0.00120.076836.785623.738812.8539
2211.444816.179618.827224.098419.842668.41810.4219-0.3713-0.5359-0.04960.0006-0.96352.51221.5037-0.42240.00120.1283-0.05310.10130.00470.151544.115714.651111.6095
236.63971.24863.41971.896-0.48882.53260.03390.2842-0.273-0.14540.0694-0.26080.05590.3054-0.10330.04790.01640.0240.1047-0.05070.081637.023821.33296.1486
247.92832.5861-3.91193.6784-2.35796.3351-0.1003-0.1134-0.6377-0.18240.15790.38010.6341-0.3308-0.05760.0264-0.019-0.03170.04180.04520.131814.101216.17210.4752
2521.81320.5184-2.91990.38770.04220.424-0.061-0.18140.0066-0.039-0.12260.28890.0581-0.16640.18360.0069-0.0081-0.00790.09390.00270.06669.9573-6.259212.9505
262.1301-0.8218-3.82538.09414.607511.7580.03660.2368-0.0385-0.11470.1319-0.0146-0.0347-0.0271-0.16850.05010.00460.00320.0850.02020.059718.03871.343910.3662
2721.655-8.02055.31718.2797-2.6651.39670.1183-0.4507-0.4874-0.35090.22730.06950.01260.1142-0.34560.1077-0.00010.00760.0858-0.02660.009426.92740.579324.5888
2814.3466-9.2704-0.93148.4827-0.17484.4233-0.2357-0.66690.20250.25140.3539-0.27960.1530.3021-0.11820.064-0.0038-0.0320.0697-0.05240.001833.62440.259428.1758
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426.62710.3476-4.24174.69991.30885.62820.01230.0982-0.17660.16820.06440.140.1119-0.2319-0.07670.02710.0012-0.02410.06830.03430.066516.458314.088341.5423
4318.98659.5588.166912.41646.793412.5521-0.2245-0.0717-0.1796-0.82020.126-0.54730.4491-0.0510.09850.1417-0.01770.05750.0115-0.02150.00623.039414.489431.8875
447.0539-1.9746-1.92950.7825-0.19342.8698-0.0553-0.0034-0.0305-0.05810.08280.1191-0.0244-0.0854-0.02750.0274-0.0174-0.00550.00030.00550.1095.945713.854538.312
4512.74521.54670.871711.1208-4.565620.1729-0.2028-0.10420.22210.3180.26870.6488-1.2469-0.4867-0.06590.05680.01960.02610.0490.00380.0902-3.808424.10237.9761
463.55090.7493-2.68481.5763-1.42222.5461-0.11820.28360.21480.15470.09740.1589-0.0977-0.17490.02080.032-0.0023-0.03620.09540.02650.06910.392417.599234.6716
4735.66965.360610.80195.80361.56045.7672-0.10720.9062-0.3115-0.72070.2669-0.0663-0.0190.2063-0.15970.1378-0.02650.01820.0641-0.02220.033718.377117.8731.0101
482.65355.72910.81812.41122.39669.77230.2377-0.36590.45830.2424-0.2161-0.2263-0.39530.3808-0.0217-0.0373-0.02710.01410.0705-0.02370.158928.210823.841541.0018
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA41 - 461 - 6
2X-RAY DIFFRACTION2AA47 - 547 - 14
3X-RAY DIFFRACTION3AA55 - 6115 - 21
4X-RAY DIFFRACTION4AA62 - 7122 - 31
5X-RAY DIFFRACTION5AA72 - 7732 - 37
6X-RAY DIFFRACTION6AA78 - 9638 - 56
7X-RAY DIFFRACTION7AA97 - 10357 - 63
8X-RAY DIFFRACTION8AA104 - 11664 - 76
9X-RAY DIFFRACTION9AA117 - 12577 - 85
10X-RAY DIFFRACTION10AA126 - 13086 - 90
11X-RAY DIFFRACTION11AA131 - 13591 - 95
12X-RAY DIFFRACTION12AA136 - 14096 - 100
13X-RAY DIFFRACTION13BB41 - 471 - 7
14X-RAY DIFFRACTION14BB48 - 558 - 15
15X-RAY DIFFRACTION15BB56 - 6016 - 20
16X-RAY DIFFRACTION16BB61 - 6721 - 27
17X-RAY DIFFRACTION17BB68 - 7328 - 33
18X-RAY DIFFRACTION18BB74 - 7834 - 38
19X-RAY DIFFRACTION19BB79 - 9639 - 56
20X-RAY DIFFRACTION20BB97 - 10357 - 63
21X-RAY DIFFRACTION21BB104 - 11364 - 73
22X-RAY DIFFRACTION22BB114 - 11974 - 79
23X-RAY DIFFRACTION23BB120 - 13180 - 91
24X-RAY DIFFRACTION24BB132 - 13992 - 99
25X-RAY DIFFRACTION25CC41 - 461 - 6
26X-RAY DIFFRACTION26CC47 - 537 - 13
27X-RAY DIFFRACTION27CC54 - 5914 - 19
28X-RAY DIFFRACTION28CC60 - 7120 - 31
29X-RAY DIFFRACTION29CC72 - 7732 - 37
30X-RAY DIFFRACTION30CC78 - 9638 - 56
31X-RAY DIFFRACTION31CC97 - 10257 - 62
32X-RAY DIFFRACTION32CC103 - 10863 - 68
33X-RAY DIFFRACTION33CC109 - 11669 - 76
34X-RAY DIFFRACTION34CC117 - 12577 - 85
35X-RAY DIFFRACTION35CC126 - 13586 - 95
36X-RAY DIFFRACTION36CC136 - 14096 - 100
37X-RAY DIFFRACTION37DD41 - 471 - 7
38X-RAY DIFFRACTION38DD48 - 548 - 14
39X-RAY DIFFRACTION39DD55 - 7115 - 31
40X-RAY DIFFRACTION40DD72 - 7632 - 36
41X-RAY DIFFRACTION41DD77 - 8937 - 49
42X-RAY DIFFRACTION42DD90 - 9650 - 56
43X-RAY DIFFRACTION43DD97 - 10157 - 61
44X-RAY DIFFRACTION44DD102 - 11262 - 72
45X-RAY DIFFRACTION45DD113 - 12073 - 80
46X-RAY DIFFRACTION46DD121 - 12981 - 89
47X-RAY DIFFRACTION47DD130 - 13490 - 94
48X-RAY DIFFRACTION48DD135 - 13995 - 99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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