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万見
- PDB-2pau: Crystal structure of the 5'-deoxynucleotidase YfbR mutant E72A co... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2pau
タイトルCrystal structure of the 5'-deoxynucleotidase YfbR mutant E72A complexed with Co(2+) and dAMP
要素5'-deoxynucleotidase YfbR
キーワードHYDROLASE / Nucleotidase / 5'-deoxynucleotidase / YfbR / HD domain phosphohydrolase
機能・相同性
機能・相同性情報


pyrimidine deoxyribonucleotide salvage / thymidylate 5'-phosphatase activity / 5'-deoxynucleotidase / 5'-deoxynucleotidase activity / dUMP biosynthetic process / cobalt ion binding / nucleotide binding / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
5'-deoxynucleotidase YfbR / 5'-deoxynucleotidase YfbR-like / 5'-deoxynucleotidase YfbR/HDDC2 / Hypothetical protein af1432 / Hypothetical protein af1432 / HD domain profile. / HD domain / HD domain / Metal dependent phosphohydrolases with conserved 'HD' motif. / HD/PDEase domain ...5'-deoxynucleotidase YfbR / 5'-deoxynucleotidase YfbR-like / 5'-deoxynucleotidase YfbR/HDDC2 / Hypothetical protein af1432 / Hypothetical protein af1432 / HD domain profile. / HD domain / HD domain / Metal dependent phosphohydrolases with conserved 'HD' motif. / HD/PDEase domain / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
: / 2'-DEOXYADENOSINE-5'-MONOPHOSPHATE / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / 5'-deoxynucleotidase YfbR
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Zimmerman, M.D. / Proudfoot, M. / Yakunin, A. / Minor, W.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2008
タイトル: Structural insight into the mechanism of substrate specificity and catalytic activity of an HD-domain phosphohydrolase: the 5'-deoxyribonucleotidase YfbR from Escherichia coli.
著者: Zimmerman, M.D. / Proudfoot, M. / Yakunin, A. / Minor, W.
履歴
登録2007年3月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年3月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Derived calculations / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22021年10月20日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32022年4月13日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation_author
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.42023年8月30日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-deoxynucleotidase YfbR
B: 5'-deoxynucleotidase YfbR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,6357
ポリマ－45,7482
非ポリマー8865
水95553
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6330 Å2
ΔGint-52 kcal/mol
Surface area15010 Å2
手法PISA
2
A: 5'-deoxynucleotidase YfbR
B: 5'-deoxynucleotidase YfbR
ヘテロ分子

A: 5'-deoxynucleotidase YfbR
B: 5'-deoxynucleotidase YfbR
ヘテロ分子

A: 5'-deoxynucleotidase YfbR
B: 5'-deoxynucleotidase YfbR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)139,90521
ポリマ－137,2456
非ポリマー2,65915
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)135.595, 135.595, 54.936
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / End auth comp-ID: D5M / End label comp-ID: D5M / Refine code: 4

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
14SERSERAA - D4 - 3016
22LYSLYSBB - G2 - 3014

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要素

#1: タンパク質 5'-deoxynucleotidase YfbR / Nucleoside 5'-monophosphate phosphohydrolase / 5'-deoxyribonucleotidase


分子量: 22874.219 Da / 分子数: 2 / 変異: E72A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: yfbR, b2291, JW2288 / プラスミド: Modified pET-15B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): ROSETTA2(DE3) / 参照: UniProt: P76491, 5'-nucleotidase
#2: 化合物 ChemComp-CO / COBALT (II) ION


分子量: 58.933 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Co
#3: 化合物 ChemComp-D5M / 2'-DEOXYADENOSINE-5'-MONOPHOSPHATE / dAMP


分子量: 331.222 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O6P
#4: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 53 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.52 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: 0.1 M NH4 Citrate, 0.1 % w/v NDSB 256, 5 % w/v PEG 3350, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97937 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年6月10日
詳細: LN2 cooled first crystal, sagital focusing 2nd crystal, Rosenbaum-Rock vertical focusing mirror, beam defining slits
放射モノクロメーター: Rosenbaum-Rock high-resolution Si(111) double-crystal
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97937 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. all: 25437 / Num. obs: 25437 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.4 % / Biso Wilson estimate: 45.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Rsym value: 0.066 / Net I/σ(I): 9.6
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.563 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Rsym value: 0.563 / % possible all: 82.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-3000データ収集
HKL-3000データ削減
REFMAC5.2.0005精密化
HKL-3000データスケーリング
HKL-3000位相決定
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1WPH

1wph
PDB 未公開エントリ


解像度: 2.1→40.13 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.917 / SU B: 13.201 / SU ML: 0.175 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.259 / ESU R Free: 0.221 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. COOT program has also been used in the refinement.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26 1028 5.1 %RANDOM
Rwork0.193 ---
all0.196 19971 --
obs0.196 19971 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 41.53 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.13 Å2-0.06 Å20 Å2
2---0.13 Å20 Å2
3---0.19 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→40.13 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2724 0 53 53 2830
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0220.0212825
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022577
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9081.983830
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.90235943
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3415349
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.10824.231130
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.35115464
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.8211519
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1040.2438
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.023129
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02560
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2380.2690
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1830.22573
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.190.21373
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0930.21686
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1680.2108
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3370.215
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.330.239
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1450.24
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9831.51819
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.2761.5706
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.4522805
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.41131147
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.6154.51025
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 2618 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプRms dev position (Å)Weight position
medium positional0.510.5
medium thermal0.792
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.15 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.357 72 -
Rwork0.25 1270 -
obs--82.74 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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