PDB-2paq: Crystal structure of the 5'-deoxynucleotidase YfbR

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2paq

タイトル

Crystal structure of the 5'-deoxynucleotidase YfbR

要素

5'-deoxynucleotidase YfbR

キーワード

HYDROLASE / Nucleotidase / 5'-deoxynucleotidase / YfbR / HD domain phosphohydrolase / Structural genomics / PSI / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG

機能・相同性

機能・相同性情報

pyrimidine deoxyribonucleotide salvage / : / 5'-deoxynucleotidase / 5'-deoxynucleotidase activity / dUMP biosynthetic process / cobalt ion binding / nucleotide binding / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Zimmerman, M.D. / Chruszcz, M. / Cymborowski, M. / Kudritska, M. / Minor, W. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2008
タイトル: Structural insight into the mechanism of substrate specificity and catalytic activity of an HD-domain phosphohydrolase: the 5'-deoxyribonucleotidase YfbR from Escherichia coli.
著者: Zimmerman, M.D. / Proudfoot, M. / Yakunin, A. / Minor, W.

履歴

登録	2007年3月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え	2007年4月10日	ID: 1WPH
改定 1.0	2007年4月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Derived calculations ...Advisory / Derived calculations / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.3	2017年10月18日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.4	2022年4月13日	Group: Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: audit_author / citation_author ...audit_author / citation_author / database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.5	2024年10月30日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2paq.cif.gz	87.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2paq.ent.gz	67.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2paq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pa/2paq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pa/2paq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2parC 2pauC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6qgu-2 5l9h-2 2pau-d 6msc-1 6rfn-2 5h2r-2 4lm0-2 5g57-2 4llx-1 5m3w-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: APC11001

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#152 - 2012年8月環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: 5'-deoxynucleotidase YfbR

B: 5'-deoxynucleotidase YfbR

46.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

2

A: 5'-deoxynucleotidase YfbR

B: 5'-deoxynucleotidase YfbR

A: 5'-deoxynucleotidase YfbR

B: 5'-deoxynucleotidase YfbR

A: 5'-deoxynucleotidase YfbR

B: 5'-deoxynucleotidase YfbR

ソフトウェアが定義した集合体
140 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	137.023, 137.023, 56.288
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	146
Space group name H-M	H3

#1: タンパク質	5'-deoxynucleotidase YfbR / Nucleoside 5'-monophosphate phosphohydrolase / 5'-deoxyribonucleotidase 分子量: 23260.521 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: yfbR, b2291, JW2288 / プラスミド: Modified pET-15B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3)pLysS / 参照: UniProt: P76491, 5'-nucleotidase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 124 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.24 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.09 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: 10% w/v PEG 3350, 0.3 M NH4 CITRATE, 5 mM BETA-MERCAPTOETHANOL, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97929 Å
検出器	タイプ: SBC-3 / 検出器: CCD / 日付: 2004年2月8日詳細: LN2 cooled first crystal, sagital focusing 2nd crystal, Rosenbaum-Rock vertical focusing mirror, beam-defining slits
放射	モノクロメーター: Rosenbaum-Rock high-resolution Si(111) double-crystal プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97929 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.95→50 Å / Num. all: 28633 / Num. obs: 28633 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5 % / B_iso Wilson estimate: 39.7 Å² / R_merge(I) obs: 0.099 / R_sym value: 0.099 / Net I/σ(I): 24.9
反射シェル	解像度: 1.95→2.02 Å / 冗長度: 3.6 % / R_merge(I) obs: 0.58 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / R_sym value: 0.58 / % possible all: 87.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データ削減
REFMAC	5.2.0005	精密化
HKL-3000		データ収集
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		位相決定
直接法		位相決定
MLPHARE		位相決定
SHELXD		位相決定
SHELXE		モデル構築
O		モデル構築
CCP4		位相決定
SOLVE		位相決定
RESOLVE		位相決定
ARP/wARP		モデル構築
SHARP		位相決定
autoSHARP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.1→28.41 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.941 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.91 / SU B: 9.67 / SU ML: 0.13 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.215 / ESU R Free: 0.186 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. CNS 1.1, O, COOT programs were also used during refinement.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.237	1172	5.1 %	RANDOM
R_work	0.187	-	-	-
all	0.19	22944	-	-
obs	0.19	22944	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 26.58 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.48 Å²	-0.74 Å²	0 Å²
2-	-	-1.48 Å²	0 Å²
3-	-	-	2.22 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→28.41 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2793	0	0	124	2917

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.022	0.022	2845
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	2614
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.805	1.959	3846
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.926	3	6049
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.57	5	349
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.268	24.101	139
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.664	15	496
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.635	15	20
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.105	0.2	435
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	3159
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	575
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.227	0.2	682
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.191	0.2	2628
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.186	0.2	1388
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.093	0.2	1632
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.191	0.2	135
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.45	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.343	0.2	28
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.195	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.332	1.5	1937
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.308	1.5	706
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.624	2	2816
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.08	3	1162
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.322	4.5	1030
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.1→2.15 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.268	92	-
R_work	0.184	1601	-
obs	-	-	99.59 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.2316	-0.1708	-7.6997	0.9425	-0.6054	11.1313	-0.001	0.4678	-0.2768	-0.2765	-0.068	0.1052	-0.1819	-0.2997	0.069	0.0293	-0.0653	-0.0102	0.1376	-0.1161	0.0659	16.511	-9.519	47.125
2	9.0838	-0.7384	-2.5721	24.5414	4.0539	9.8298	0.3857	-0.2392	0.2737	-0.2216	-0.2038	1.1135	0.1227	0.0416	-0.1818	-0.0158	0.0021	0.0002	0.1267	-0.0715	0.1201	4.879	-7.343	63.647
3	3.1476	1.4276	0.826	2.2794	0.4841	1.5753	-0.1419	-0.2898	-0.065	0.0929	0.0274	-0.1465	0.0797	0.0233	0.1146	0.0272	0.0169	0.0067	0.1242	-0.0256	0.0665	30.064	-5.017	63.231
4	7.5895	3.8679	2.0787	2.5216	0.2459	1.9075	0.2704	-0.2339	-0.9846	0.1661	-0.1084	-0.2892	0.2601	-0.2621	-0.162	0.0191	-0.0399	0.0191	0.0546	-0.0275	0.0932	19.535	-16.235	54.905
5	6.7422	2.2665	-2.346	1.9879	-0.876	7.6257	0.0143	-0.3237	-0.5837	0.0004	-0.2977	-0.0755	0.8624	0.0797	0.2834	0.0924	-0.0126	0.1196	-0.0223	-0.0479	0.146	27.434	-18.153	46.442
6	12.8004	-2.6987	-3.2988	2.5142	0.0564	2.6579	-0.192	-0.3491	-0.5865	0.1484	-0.0007	0.2208	0.0425	0.0651	0.1927	0.0776	-0.0292	0.0229	0.1352	-0.0221	0.0505	18.538	-10.264	68.349
7	4.7394	1.7242	-1.3635	6.5009	-2.2066	1.0522	0.0189	-0.9729	-0.1207	0.4377	-0.1265	0.2566	0.0405	-0.1848	0.1076	0.0661	-0.0349	0.0035	0.2221	-0.0321	-0.0881	23.792	-7.861	74.813
8	3.9441	-1.0209	1.4797	2.4883	-0.7846	1.5955	-0.0321	-0.3024	0.1399	0.1487	0.0447	0.2587	-0.0353	-0.2562	-0.0127	-0.0063	0.021	0.0454	0.1341	-0.0911	0.1089	15.594	5.376	57.283
9	2.7883	-1.1952	-0.6821	1.7038	0.613	2.3636	-0.0734	0.0014	0.1125	-0.0703	0.0277	-0.0971	-0.0728	0.0153	0.0457	0.0471	-0.0259	0.0062	0.0999	-0.0397	0.1023	29.882	2.723	49.423
10	4.2725	-3.3691	1.4003	14.6285	-22.7863	39.7273	-0.4996	0.113	1.1932	0.417	-0.3123	-0.9484	-1.1866	-1.2353	0.8119	0.0694	0.0714	-0.1672	-0.0845	-0.0766	0.1647	23.988	19.039	57.646
11	1.3795	0.7399	0.6312	1.0548	0.4157	3.3852	-0.0948	-0.0953	0.2358	0.1714	-0.1358	-0.1842	-0.3312	-0.1445	0.2306	0.0442	0.0104	-0.068	0.0675	-0.0515	0.108	32.7	8.992	57.518
12	8.1292	3.0581	2.3938	3.1042	0.4791	0.7958	0.1238	0.0364	-0.1395	-0.4694	0.0248	0.3222	0.1833	0.0804	-0.1485	0.0787	0.0232	-0.0249	0.1101	-0.0617	0.021	16.875	3.24	39.894
13	9.8064	0.1307	-0.1864	2.932	-0.7063	1.8128	0.2784	1.1445	0.6666	-0.2874	-0.0911	0.3303	-0.0998	-0.2453	-0.1873	0.0616	0.0353	-0.0637	0.0356	0.0211	0.0249	16.525	9.017	36.451
14	16.0985	5.1654	-1.9653	7.9017	-2.024	2.5277	-0.0214	0.4348	0.0937	-0.5996	-0.2114	0.7052	0.0549	-0.4593	0.2328	0.0841	0.0102	0.0109	0.1598	-0.1228	-0.0515	25.731	-2.274	34.784

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	2 - 20	4 - 22
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	21 - 27	23 - 29
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	28 - 62	30 - 64
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	A	63 - 92	65 - 94
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	A	93 - 124	95 - 126
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	A	125 - 160	127 - 162
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	A	161 - 187	163 - 189
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	B	2 - 35	4 - 37
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	B	36 - 79	38 - 81
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	B	80 - 104	82 - 106
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	B	105 - 138	107 - 140
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	B	139 - 147	141 - 149
13	X-RAY DIFFRACTION	13	B	B	148 - 172	150 - 174
14	X-RAY DIFFRACTION	14	B	B	173 - 187	175 - 189

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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