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Yorodumi- PDB-2par: Crystal structure of the 5'-deoxynucleotidase YfbR mutant E72A co... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 2par | ||||||
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Title | Crystal structure of the 5'-deoxynucleotidase YfbR mutant E72A complexed with Co(2+) and TMP | ||||||
Components | 5'-deoxynucleotidase YfbR | ||||||
Keywords | HYDROLASE / Nucleotidase / 5'-deoxynucleotidase / YfbR / HD domain phosphohydrolase | ||||||
Function / homology | Function and homology information pyrimidine deoxyribonucleotide salvage / thymidylate 5'-phosphatase activity / 5'-deoxynucleotidase / 5'-deoxynucleotidase activity / dUMP biosynthetic process / cobalt ion binding / nucleotide binding / identical protein binding / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Escherichia coli (E. coli) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.1 Å | ||||||
Authors | Zimmerman, M.D. / Proudfoot, M. / Yakunin, A. / Minor, W. | ||||||
Citation | Journal: J.Mol.Biol. / Year: 2008 Title: Structural insight into the mechanism of substrate specificity and catalytic activity of an HD-domain phosphohydrolase: the 5'-deoxyribonucleotidase YfbR from Escherichia coli. Authors: Zimmerman, M.D. / Proudfoot, M. / Yakunin, A. / Minor, W. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 2par.cif.gz | 87.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb2par.ent.gz | 65.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 2par.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pa/2par ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pa/2par | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 2paqC 2pauC 1wph C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: 2 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: LYS / Beg label comp-ID: LYS / End auth comp-ID: TMP / End label comp-ID: TMP / Refine code: 4 / Auth seq-ID: 2 - 301 / Label seq-ID: 4
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-Components
#1: Protein | Mass: 22874.219 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: E72A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Escherichia coli (E. coli) / Strain: K12 / Gene: yfbR, b2291, JW2288 / Plasmid: Modified pET-15B / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): ROSETTA2(DE3) / References: UniProt: P76491, 5'-nucleotidase #2: Chemical | #3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-PEG / | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.18 Å3/Da / Density % sol: 43.58 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 5 Details: 0.1 M NH4 Citrate, 0.8 % w/v NDSB 256, 5 % w/v PEG 3350, 1 % v/v Glycerol, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-ID / Wavelength: 0.97937 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Jun 10, 2006 Details: LN2 cooled first crystal, sagital focusing 2nd crystal, Rosenbaum-Rock vertical focusing mirror, beam defining slits |
Radiation | Monochromator: Rosenbaum-Rock high-resolution Si(111) double-crystal Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97937 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.1→50 Å / Num. all: 22238 / Num. obs: 22238 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 5.1 % / Biso Wilson estimate: 41.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.081 / Net I/σ(I): 8 |
Reflection shell | Resolution: 2.1→2.14 Å / Redundancy: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.423 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / % possible all: 84 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB entry 1WPH 1wph Resolution: 2.1→40.39 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.914 / SU B: 10.277 / SU ML: 0.142 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.233 / ESU R Free: 0.198 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. COOT program has also been used in the refinement.
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 26.96 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.1→40.39 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Number: 2645 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS refinement shell | Resolution: 2.1→2.16 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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