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- PDB-2p46: Complex of a camelid single-domain vhh antibody fragment with RNA... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 2p46 | ||||||
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Title | Complex of a camelid single-domain vhh antibody fragment with RNASE A at 2.5A resolution: se5b-ortho-2 crystal form with five se-met sites (L4M, M34, M51, F68M, M83) in vhh scaffold. | ||||||
![]() |
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![]() | HYDROLASE/IMMUNE SYSTEM / SEMET PHASING / CAMELID SINGLE-DOMAIN ANTIBODY / VHH / CAB-RN05 / RNASE A / YEAST SURFACE DISPLAY / HYDROLASE-IMMUNE SYSTEM COMPLEX | ||||||
Function / homology | ![]() pancreatic ribonuclease / ribonuclease A activity / RNA nuclease activity / nucleic acid binding / lyase activity / defense response to Gram-positive bacterium / extracellular region Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Tereshko, V. / Uysal, S. / Koide, A. / Margalef, K. / Koide, S. / Kossiakoff, A.A. | ||||||
![]() | ![]() Title: Toward chaperone-assisted crystallography: protein engineering enhancement of crystal packing and X-ray phasing capabilities of a camelid single-domain antibody (VHH) scaffold Authors: Tereshko, V. / Uysal, S. / Koide, A. / Margalef, K. / Koide, S. / Kossiakoff, A.A. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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PDBx/mmCIF format | ![]() | 101.7 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 84.1 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 452.1 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 458.5 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 20.2 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 27.8 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 2p42C ![]() 2p43C ![]() 2p44C ![]() 2p45C ![]() 2p47C ![]() 2p48C C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 13708.326 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) ![]() ![]() #2: Protein | Mass: 13341.001 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() #3: Chemical | ChemComp-ZN / #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.97 Å3/Da / Density % sol: 37.5 % |
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Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion / pH: 8 Details: HAMPTON RESEARCH INDEX SCREEN, SOLUTION #93: ZN(CH2H3O2)2, PEG 3350, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 295K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 210 / Detector: CCD / Date: Apr 1, 2004 / Details: MIRRORS |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97911 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.5→20 Å / Num. all: 15319 / Num. obs: 15319 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 3.8 % |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]()
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 29.791 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.5→20 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.5→2.564 Å / Total num. of bins used: 20 /
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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