PDB-2p46: Complex of a camelid single-domain vhh antibody fragment with RNA...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2p46

タイトル

Complex of a camelid single-domain vhh antibody fragment with RNASE A at 2.5A resolution: se5b-ortho-2 crystal form with five se-met sites (L4M, M34, M51, F68M, M83) in vhh scaffold.

要素

ANTIBODY CAB-RN05
Ribonuclease pancreaticPancreatic ribonuclease family

キーワード

HYDROLASE/IMMUNE SYSTEM / SEMET PHASING / CAMELID SINGLE-DOMAIN ANTIBODY / VHH / CAB-RN05 /

RNASE A / YEAST SURFACE DISPLAY / HYDROLASE-IMMUNE SYSTEM COMPLEX

機能・相同性

機能・相同性情報

pancreatic ribonuclease /

ribonuclease A activity / RNA nuclease activity /

nucleic acid binding /

lyase activity / defense response to Gram-positive bacterium / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Camelus dromedarius (ヒトコブラクダ)

Bos taurus (ウシ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Tereshko, V. / Uysal, S. / Koide, A. / Margalef, K. / Koide, S. / Kossiakoff, A.A.

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2008
タイトル: Toward chaperone-assisted crystallography: protein engineering enhancement of crystal packing and X-ray phasing capabilities of a camelid single-domain antibody (VHH) scaffold
著者: Tereshko, V. / Uysal, S. / Koide, A. / Margalef, K. / Koide, S. / Kossiakoff, A.A.

履歴

登録	2007年3月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年3月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2p46.cif.gz	101.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2p46.ent.gz	84.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2p46.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p4/2p46 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p4/2p46	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2p42C 2p43C 2p44C 2p45C 2p47C 2p48C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1wg0-d 2p47-d 3zpm-d 2p4a-1 2p4a-2 3d9h-d 2hx8-d 2p45-d 3cad-4 5w7j-1 2p42-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#105 - 2008年9月リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A) 類似性 (9) #143 - 2011年11月 Toll様受容体 (Toll-like Receptors) 類似性 (9)

登録構造単位

A: Ribonuclease pancreatic

B: ANTIBODY CAB-RN05

C: Ribonuclease pancreatic

D: ANTIBODY CAB-RN05

ヘテロ分子

54.8 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Ribonuclease pancreatic

B: ANTIBODY CAB-RN05

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
27.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Ribonuclease pancreatic

D: ANTIBODY CAB-RN05

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
27.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	49.270, 70.057, 123.408
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Ribonuclease pancreatic / Pancreatic ribonuclease family / RNase 1 / RNase A 分子量: 13708.326 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P61823, EC: 3.1.27.5
#2: タンパク質	ANTIBODY CAB-RN05 分子量: 13341.001 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Camelus dromedarius (ヒトコブラクダ) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 83 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.97 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.5 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8 詳細: HAMPTON RESEARCH INDEX SCREEN, SOLUTION #93: ZN(CH2H3O2)2, PEG 3350, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 295K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 0.97911 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2004年4月1日 / 詳細: MIRRORS
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97911 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→20 Å / Num. all: 15319 / Num. obs: 15319 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.8 %

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
SOLVE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.5→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.94 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.9 / SU B: 25.509 / SU ML: 0.267 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R Free: 0.386 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.29899	780	5.1 %	RANDOM
R_work	0.22062	-	-	-
all	0.22476	15319	-	-
obs	0.22476	14539	99.81 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 29.791 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.34 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	4.22 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.87 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3642	0	11	83	3736

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.019	3714
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	3148
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.04	1.89	5018
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.74	2.155	7364
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	9.372	5	476
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.774	24.39	164
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.698	15	610
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.707	15	20
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.069	0.2	536
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	4228
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	748
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.228	0.2	651
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.202	0.2	3049
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.089	0.2	1972
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.176	0.2	112
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.135	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.212	0.2	29
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.22	0.2	75
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.122	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.005	1.5	2908
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.158	1.5	1006
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.082	2	3780
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.854	3	1545
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.65	4.5	1238
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.5→2.564 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.318	59
R_work	0.19	1039

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.8946	0.0677	-1.1829	0.8944	-0.2486	4.4535	-0.1586	-0.3043	-0.1261	0.1817	0.0365	-0.0565	0.3795	0.2912	0.1221	0.0124	0.0466	0.0034	-0.0504	0.0207	0.0051	5.6944	5.7517	72.2239
2	0.9218	0.0585	-0.303	1.1107	0.8006	3.693	0.0475	0.1534	-0.0859	-0.0451	-0.0171	-0.066	0.0749	0.0096	-0.0304	-0.0679	0.0176	-0.0065	-0.0746	-0.002	-0.0649	7.3601	15.665	40.5084
3	1.3	0.2014	-0.4784	0.8222	0.7383	4.5735	-0.0929	0.1283	-0.0776	-0.1225	0.0196	-0.0071	0.3757	-0.3317	0.0732	-0.0088	-0.0326	0.0084	-0.0758	-0.0024	0.0034	-8.7298	6.0097	-10.5388
4	1.439	-0.083	-0.2709	1.2743	-0.5449	3.8581	0.0065	-0.1851	-0.0456	0.0722	0.0093	-0.0227	0.0553	-0.0096	-0.0158	-0.08	-0.0087	-0.0044	-0.0268	-0.0003	-0.0785	-10.2424	15.6886	21.2434

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	2 - 124	2 - 124
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	E - I	201 - 205
4	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	1 - 121	3 - 123
5	X-RAY DIFFRACTION	2	B	J	206
8	X-RAY DIFFRACTION	3	C	C	2 - 124	2 - 124
9	X-RAY DIFFRACTION	3	C	K - N	207 - 210
11	X-RAY DIFFRACTION	4	D	D	1 - 121	3 - 123
12	X-RAY DIFFRACTION	4	D	O	211

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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