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万見
- PDB-2p3t: Crystal structure of human factor XA complexed with 3-Chloro-4-(2... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2p3t
タイトルCrystal structure of human factor XA complexed with 3-Chloro-4-(2-methylamino-imidazol-1-ylmethyl)-thiophene-2-carboxylic acid [4-chloro-2-(5-chloro-pyridin-2-ylcarbamoyl)-6-methoxy-phenyl]-amide
要素(Coagulation factor ...) x 2
キーワードBLOOD CLOTTING / protein inhibitor complex / nonamidine / coagulation cofactor / protease
機能・相同性
機能・相同性情報


coagulation factor Xa / Defective factor IX causes thrombophilia / Defective cofactor function of FVIIIa variant / Defective F9 variant does not activate FX / Extrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / positive regulation of TOR signaling / Gamma-carboxylation of protein precursors / Transport of gamma-carboxylated protein precursors from the endoplasmic reticulum to the Golgi apparatus / Common Pathway of Fibrin Clot Formation / Removal of aminoterminal propeptides from gamma-carboxylated proteins ...coagulation factor Xa / Defective factor IX causes thrombophilia / Defective cofactor function of FVIIIa variant / Defective F9 variant does not activate FX / Extrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / positive regulation of TOR signaling / Gamma-carboxylation of protein precursors / Transport of gamma-carboxylated protein precursors from the endoplasmic reticulum to the Golgi apparatus / Common Pathway of Fibrin Clot Formation / Removal of aminoterminal propeptides from gamma-carboxylated proteins / Intrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / phospholipid binding / Golgi lumen / blood coagulation / positive regulation of cell migration / endoplasmic reticulum lumen / external side of plasma membrane / serine-type endopeptidase activity / calcium ion binding / proteolysis / extracellular space / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Peptidase S1A, coagulation factor VII/IX/X/C/Z / Coagulation factor-like, Gla domain superfamily / Laminin / Coagulation Factor Xa inhibitory site / Laminin / EGF-like domain / EGF-type aspartate/asparagine hydroxylation site / EGF-like calcium-binding, conserved site / Calcium-binding EGF-like domain signature. ...: / Peptidase S1A, coagulation factor VII/IX/X/C/Z / Coagulation factor-like, Gla domain superfamily / Laminin / Coagulation Factor Xa inhibitory site / Laminin / EGF-like domain / EGF-type aspartate/asparagine hydroxylation site / EGF-like calcium-binding, conserved site / Calcium-binding EGF-like domain signature. / Aspartic acid and asparagine hydroxylation site. / EGF-like calcium-binding domain / Calcium-binding EGF-like domain / Vitamin K-dependent carboxylation/gamma-carboxyglutamic (GLA) domain / Gamma-carboxyglutamic acid-rich (GLA) domain / Gamma-carboxyglutamic acid-rich (GLA) domain superfamily / Vitamin K-dependent carboxylation domain. / Gla domain profile. / Domain containing Gla (gamma-carboxyglutamate) residues. / Epidermal growth factor-like domain. / EGF-like domain profile. / EGF-like domain signature 2. / EGF-like domain signature 1. / EGF-like domain / Ribbon / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-993 / Coagulation factor X
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.92 Å
データ登録者Adler, M. / Whitlow, M.
引用
ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2007
タイトル: Thiophene-anthranilamides as highly potent and orally available factor xa inhibitors.
著者: Ye, B. / Arnaiz, D.O. / Chou, Y.L. / Griedel, B.D. / Karanjawala, R. / Lee, W. / Morrissey, M.M. / Sacchi, K.L. / Sakata, S.T. / Shaw, K.J. / Wu, S.C. / Zhao, Z. / Adler, M. / Cheeseman, S. / ...著者: Ye, B. / Arnaiz, D.O. / Chou, Y.L. / Griedel, B.D. / Karanjawala, R. / Lee, W. / Morrissey, M.M. / Sacchi, K.L. / Sakata, S.T. / Shaw, K.J. / Wu, S.C. / Zhao, Z. / Adler, M. / Cheeseman, S. / Dole, W.P. / Ewing, J. / Fitch, R. / Lentz, D. / Liang, A. / Light, D. / Morser, J. / Post, J. / Rumennik, G. / Subramanyam, B. / Sullivan, M.E. / Vergona, R. / Walters, J. / Wang, Y.X. / White, K.A. / Whitlow, M. / Kochanny, M.J.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 2002
タイトル: Crystal Structures of Two Potent Nonamidine Inhibitors Bound to Factor Xa
著者: Adler, M. / Kochanny, M.J. / Bin, Y. / Rumennik, G. / Light, D.L. / Biancalana, S. / Whitlow, M.
#2: ジャーナル: Bioorg.Med.Chem. / 年: 2007
タイトル: Substituted thiophene-anthranilamides as potent inhibitors of human factor Xa
著者: Kochanny, M.J. / Adler, M. / Ewing, J. / Griedel, B.D. / Ho, E. / Karanjawala, R. / Lee, W. / Lentz, D. / Liang, A.M. / Morrissey, M.M. / Phillips, G.B. / Post, J. / Sakata, K.L. / ...著者: Kochanny, M.J. / Adler, M. / Ewing, J. / Griedel, B.D. / Ho, E. / Karanjawala, R. / Lee, W. / Lentz, D. / Liang, A.M. / Morrissey, M.M. / Phillips, G.B. / Post, J. / Sakata, K.L. / Subramanyam, B. / Vergona, R. / Walters, J. / White, K.A. / Whitlow, M. / Ye, B. / Zhao, Z. / Shaw, K.J.
#3: ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2003
タイトル: Structure-activity relationships of substituted benzothiophene-anthranilamide factor Xa inhibitors
著者: Chou, Y.L. / Davey, D.D. / Eagen, K.A. / Griedel, B.D. / Karanjawala, R. / Phillips, G.B. / Sacchi, K.L. / Shaw, K.J. / Wu, S.C. / Lentz, D. / Liang, A.M. / Trinh, L. / Morrissey, M.M. / Kochanny, M.J.
#4: ジャーナル: Biochemistry / 年: 2000
タイトル: Preparation, Characterization and the Crystal Structure of the Inhibitor ZK-807834 (Ci-1031) Complexed with Factor Xa
著者: Adler, M. / Davey, D.D. / Phillips, G.B. / Kim, S.H. / Jancarik, J. / Rumennik, G. / Light, D.L. / Whitlow, M.
#5: ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2000
タイトル: Crystal Structures of Human Factor Xa Complexed with Potent Inhibitors
著者: Maignan, S. / Guilloteau, J.P. / Pouzieux, S. / Choi-Sledeski, Y.M. / Becker, M.R. / Klein, S.I. / Ewing, W.R. / Pauls, H.W. / Spada, A.P. / Mikol, V.
#6: ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 1998
タイトル: Discovery of N-[2-[5-[Amino(Imino)Methyl]-2-Hydroxyphenoxy]-3,5-Difluoro- 6-[3-(4,5-Dihydro-1-Methyl-1H-Imidazol-2-Yl)Phenoxy]Pyridin-4-Yl]-N-Methylglycine (Zk-807834): A Potent, ...タイトル: Discovery of N-[2-[5-[Amino(Imino)Methyl]-2-Hydroxyphenoxy]-3,5-Difluoro- 6-[3-(4,5-Dihydro-1-Methyl-1H-Imidazol-2-Yl)Phenoxy]Pyridin-4-Yl]-N-Methylglycine (Zk-807834): A Potent, Selective, and Orally Active Inhibitor of the Blood Coagulation Enzyme Factor Xa
著者: Phillips, G.B. / Buckman, B.O. / Davey, D.D. / Eagen, K.A. / Guilford, W.J. / Hinchman, J. / Ho, E. / Koovakkat, S. / Liang, A.M. / Light, D.R. / Mohan, R. / Ng, H.P. / Post, J.M. / Shaw, K.J. ...著者: Phillips, G.B. / Buckman, B.O. / Davey, D.D. / Eagen, K.A. / Guilford, W.J. / Hinchman, J. / Ho, E. / Koovakkat, S. / Liang, A.M. / Light, D.R. / Mohan, R. / Ng, H.P. / Post, J.M. / Shaw, K.J. / Smith, D. / Subramanyam, B. / Sullivan, M.E. / Trinh, L. / Vergona, R. / Walters, J. / White, K. / Whitlow, M. / Wu, S. / Xu, W. / Morrissey, M.M.
履歴
登録2007年3月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年1月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Coagulation factor X
B: Coagulation factor X
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,5775
ポリマ－31,9352
非ポリマー6413
水3,099172
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)57.060, 72.510, 78.460
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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Coagulation factor ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Coagulation factor X / Stuart factor / Stuart-Prower factor


分子量: 5589.234 Da / 分子数: 1 / 断片: EGF-like 2 domain / 由来タイプ: 天然 / 詳細: EXTRACTED FROM BLOOD / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P00742
#2: タンパク質 Coagulation factor X / Stuart factor / Stuart-Prower factor


分子量: 26346.000 Da / 分子数: 1 / 断片: CATALYTIC DOMAIN / 由来タイプ: 天然 / 詳細: EXTRACTED FROM BLOOD / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P00742, coagulation factor Xa

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非ポリマー , 4種, 175分子

#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-993 / 3-CHLORO-4-(2-METHYLAMINO-IMIDAZOL-1-YLMETHYL)-THIOPHENE-2-CARBOXYLIC ACID [4-CHLORO-2-(5-CHLORO-PYRIDIN-2-YLCARBAMOYL)-6-METHOXY-PHENYL]-AMIDE


分子量: 565.859 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H19Cl3N6O3S
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 172 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.2 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: A three-fold excess of the inhibitor was added to the DES-GLA-FACTOR XA. the protein was then concentrated to 12-17 MG/ML. Crystals were grown using 2 UL of complex with 2 UL of reservoir ...詳細: A three-fold excess of the inhibitor was added to the DES-GLA-FACTOR XA. the protein was then concentrated to 12-17 MG/ML. Crystals were grown using 2 UL of complex with 2 UL of reservoir containing 15-21% PEG1500 and 10 MM CACL2, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 1.0332
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2000年2月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.92→50 Å / Num. obs: 25286 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.52 % / Biso Wilson estimate: 15 Å2 / Rsym value: 0.0749 / Net I/σ(I): 9.17
反射 シェル解像度: 1.92→2.04 Å / 冗長度: 3.57 % / Mean I/σ(I) obs: 1.76 / Rsym value: 0.3341 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称分類
CNX精密化
Blu-Iceデータ収集
X-GENデータ削減
X-GENデータスケーリング
X-PLOR位相決定
精密化開始モデル: PDB Entry 1FJS

1fjs


解像度: 1.92→19.88 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 171365.35 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.219 954 4.2 %RANDOM
Rwork0.191 ---
all0.192 25247 --
obs0.192 22601 88.6 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 54.0173 Å2 / ksol: 0.358387 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 28.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.58 Å20 Å20 Å2
2---5.41 Å20 Å2
3---6.99 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.26 Å0.21 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.19 Å0.16 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.92→19.88 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2223 0 38 172 2433
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg0.9
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.1
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.57
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.942
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.882.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.822.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it4.083.5
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 6

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection Rfree% reflection Rfree (%)Rfactor RworkNum. reflection RworkRfactor Rfree errorNum. reflection obs% reflection obs (%)
1.92-2.040.27041294.40.23528490.024283471.9
2.04-2.20.25771340.20833346
2.2-2.420.23261600.19043630
2.42-2.770.24511690.19683797
2.77-3.480.24331900.19663937
3.48-19.880.17681724.40.174628494103
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.pprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.parwater.top
X-RAY DIFFRACTION3ion.paramion.top
X-RAY DIFFRACTION4993.par993.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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