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- PDB-2p0g: Crystal structure of Selenoprotein W-related protein from Vibrio ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2p0g
タイトルCrystal structure of Selenoprotein W-related protein from Vibrio cholerae. Northeast Structural Genomics target VcR75
要素Selenoprotein W-related protein
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / VcR75 / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG
機能・相同性Selenoprotein, Rdx-type / Rdx family / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / Selenoprotein W-related protein
機能・相同性情報
生物種Vibrio cholerae (コレラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Benach, J. / Neely, H. / Seetharaman, J. / Ho, C.K. / Janjua, H. / Cunningham, K. / Ma, L. / Xiao, R. / Liu, J. / Baran, M.C. ...Benach, J. / Neely, H. / Seetharaman, J. / Ho, C.K. / Janjua, H. / Cunningham, K. / Ma, L. / Xiao, R. / Liu, J. / Baran, M.C. / Acton, T.B. / Rost, B. / Montelione, G.T. / Hunt, J.F. / Tong, L. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of Selenoprotein W-related protein from Vibrio cholerae.
著者: Benach, J. / Neely, H. / Seetharaman, J. / Ho, C.K. / Janjua, H. / Cunningham, K. / Ma, L. / Xiao, R. / Liu, J. / Baran, M.C. / Acton, T.B. / Rost, B. / Montelione, G.T. / Hunt, J.F. / Tong, ...著者: Benach, J. / Neely, H. / Seetharaman, J. / Ho, C.K. / Janjua, H. / Cunningham, K. / Ma, L. / Xiao, R. / Liu, J. / Baran, M.C. / Acton, T.B. / Rost, B. / Montelione, G.T. / Hunt, J.F. / Tong, L. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
履歴
登録2007年2月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年3月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.52023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.62024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Selenoprotein W-related protein
B: Selenoprotein W-related protein
C: Selenoprotein W-related protein
D: Selenoprotein W-related protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,4274
ポリマ－50,4274
非ポリマー00
水1,910106
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)81.602, 81.602, 105.848
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
詳細The AU contains the biological assembly.

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要素

#1: タンパク質
Selenoprotein W-related protein


分子量: 12606.842 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio cholerae (コレラ菌) / 株: El Tor Inaba N16961 / 遺伝子: VC0982 / プラスミド: pET21 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)+Magic / 参照: UniProt: Q9KTC1
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 106 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.22 % / 解説: THE STRUCTURE FACTOR FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 0.1M Na Acetate, 8% PEG 4000, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.97912 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2007年2月12日 / 詳細: mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97912 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 6.9 % / Av σ(I) over netI: 8.7 / 数: 241600 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Χ2: 0.93 / D res high: 2.3 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 34831 / % possible obs: 99.7
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
4.955098.710.050.8047.4
3.934.9599.910.0580.9657.4
3.443.9399.110.0831.3255.8
3.123.4499.710.090.9216.9
2.93.1210010.1070.9187.4
2.732.910010.1580.857.4
2.592.7399.710.2551.2186.4
2.482.5999.910.2490.7817.3
2.382.4899.910.2950.7727.1
2.32.3899.710.3860.8256.3
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 34831 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Χ2: 0.926 / Net I/σ(I): 8.7
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2.3-2.386.30.38634840.82599.7
2.38-2.487.10.29535170.77299.9
2.48-2.597.30.24934410.78199.9
2.59-2.736.40.25535101.21899.7
2.73-2.97.40.15835110.85100
2.9-3.127.40.10734630.918100
3.12-3.446.90.0934970.92199.7
3.44-3.935.80.08334631.32599.1
3.93-4.957.40.05834760.96599.9
4.95-507.40.0534690.80498.7

-
位相決定

Phasing MRRfactor: 50.6 / Cor.coef. Fo:Fc: 60.61
最高解像度最低解像度
Rotation3 Å10 Å
Translation3 Å10 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
COMO1.2位相決定
CNS精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
ADSCQUANTUMデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2OKA

2oka


解像度: 2.3→20 Å / FOM work R set: 0.826 / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: THE FRIEDEL PAIRS WERE USED FOR PHASING
Rfactor反射数%反射
Rfree0.244 2991 8.5 %
Rwork0.226 --
obs-30915 88.4 %
溶媒の処理Bsol: 28.05 Å2
原子変位パラメータBiso mean: 28.155 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.451 Å2-2.014 Å20 Å2
2---0.451 Å20 Å2
3---0.902 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2667 0 0 107 2774
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.9261.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it3.2372
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it3.0572
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it5.2742.5
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 50

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection obs
2.3-2.320.295300.233383413
2.32-2.330.219440.262462506
2.33-2.350.302430.245495538
2.35-2.360.285550.243475530
2.36-2.380.205650.222535600
2.38-2.40.264540.241520574
2.4-2.420.322350.245495530
2.42-2.440.279730.255499572
2.44-2.460.286520.275543595
2.46-2.480.265680.265567635
2.48-2.50.184550.231491546
2.5-2.520.267580.262569627
2.52-2.540.29680.243544612
2.54-2.570.288620.236537599
2.57-2.590.273620.252506568
2.59-2.610.229600.229561621
2.61-2.640.324520.269524576
2.64-2.670.307520.271529581
2.67-2.70.271390.257505544
2.7-2.730.413380.261606644
2.73-2.760.377370.263538575
2.76-2.790.287550.244579634
2.79-2.820.334600.272551611
2.82-2.860.253610.257572633
2.86-2.90.239710.229574645
2.9-2.940.315720.238557629
2.94-2.980.242600.223579639
2.98-3.020.24670.244617684
3.02-3.070.21540.227569623
3.07-3.120.315440.228629673
3.12-3.170.28750.256574649
3.17-3.230.326800.221557637
3.23-3.290.177600.231609669
3.29-3.360.291660.238572638
3.36-3.430.253610.234576637
3.43-3.510.197430.227554597
3.51-3.60.215620.227614676
3.6-3.70.199470.219612659
3.7-3.80.222910.214539630
3.8-3.930.244650.245599664
3.93-4.060.2690.21586655
4.06-4.230.21700.191626696
4.23-4.420.216740.17604678
4.42-4.650.167730.153596669
4.65-4.930.181650.165597662
4.93-5.310.275730.219619692
5.31-5.830.303860.222606692
5.83-6.650.286560.262563619
6.65-8.270.235620.215623685
8.27-200.164670.183587654
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.par
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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