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Yorodumi- PDB-2oka: Crystal structure of Q9HYQ7_PSEAE from Pseudomonas aeruginosa. No... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 2oka | ||||||
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Title | Crystal structure of Q9HYQ7_PSEAE from Pseudomonas aeruginosa. Northeast Structural Genomics Consortium target PaR82 | ||||||
Components | Hypothetical protein | ||||||
Keywords | STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / par82 / nesg / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium | ||||||
Function / homology | Selenoprotein, Rdx-type / Rdx family / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / Uncharacterized protein Function and homology information | ||||||
Biological species | Pseudomonas aeruginosa (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.5 Å | ||||||
Authors | Benach, J. / Neely, H. / Seetharaman, J. / Chen, X.C. / Fang, Y. / Cunningham, K. / Owens, L. / Ma, L.C. / Xiao, R. / Liu, J. ...Benach, J. / Neely, H. / Seetharaman, J. / Chen, X.C. / Fang, Y. / Cunningham, K. / Owens, L. / Ma, L.C. / Xiao, R. / Liu, J. / Baran, M.C. / Acton, T.B. / Rost, B. / Montelione, G.T. / Hunt, J.F. / Tong, L. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG) | ||||||
Citation | Journal: To be Published Title: Crystal structure of Q9HYQ7_PSEAE from Pseudomonas aeruginosa Authors: Benach, J. / Neely, H. / Seetharaman, J. / Chen, X.C. / Fang, Y. / Cunningham, K. / Owens, L. / Ma, L.C. / Xiao, R. / Liu, J. / Baran, M.C. / Acton, T.B. / Rost, B. / Montelione, G.T. / Hunt, J.F. / Tong, L. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 2oka.cif.gz | 82.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb2oka.ent.gz | 60 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 2oka.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ok/2oka ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ok/2oka | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 2obkS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | |
Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Details | The AU contains one biological assembly. A tetramer |
-Components
#1: Protein | Mass: 11898.535 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Pseudomonas aeruginosa (bacteria) / Gene: PA3338 / Plasmid: pET21 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3)+Magic / References: UniProt: Q9HYQ7 #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.14 Å3/Da / Density % sol: 42.61 % Description: THE STRUCTURE FACTOR FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS |
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Crystal grow | Temperature: 278 K / Method: microbatch under oil / pH: 6 Details: 0.1M MgSO4, 0.1M MES pH 6.0, 40% PEG 400. Drop: 2 microliter protein plus 1 microliter mother liquid, mineral oil, MICROBATCH UNDER OIL, temperature 278K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 24-ID-C / Wavelength: 0.97914 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Dec 12, 2006 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Si 111 CHANNEL / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97914 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Redundancy: 3.7 % / Av σ(I) over netI: 14.6 / Number: 99685 / Rmerge(I) obs: 0.065 / Χ2: 0.78 / D res high: 2.5 Å / D res low: 20 Å / Num. obs: 27010 / % possible obs: 99.3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Diffraction reflection shell |
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Reflection | Resolution: 2.5→20 Å / Num. obs: 27010 / % possible obs: 99.3 % / Redundancy: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.065 / Χ2: 0.78 / Net I/σ(I): 14.6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Phasing
Phasing MR | Rfactor: 36.2 / Cor.coef. Fo:Fc: 66.46
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 2OBK Resolution: 2.5→20 Å / FOM work R set: 0.847 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 2 / Stereochemistry target values: Engh & Huber / Details: THE FRIEDEL PAIRS WERE USED FOR PHASING
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Solvent computation | Bsol: 29.481 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 47.532 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.5→20 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 46
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Xplor file |
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