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- PDB-2p0c: Catalytic Domain of the Proto-oncogene Tyrosine-protein Kinase MER -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2p0c
タイトルCatalytic Domain of the Proto-oncogene Tyrosine-protein Kinase MER
要素Proto-oncogene tyrosine-protein kinase MER
キーワードTRANSFERASE / ATP-binding / Disease mutation / Glycoprotein / Kinase / Nucleotide-binding / Phosphorylation / Proto-oncogene / Receptor / Retinitis pigmentosa / Sensory transduction / Tyrosine-protein kinase / Vision / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of leukocyte apoptotic process / negative regulation of lymphocyte activation / neutrophil clearance / natural killer cell differentiation / secretion by cell / negative regulation of cytokine production / vagina development / photoreceptor outer segment / phagocytosis / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity ...negative regulation of leukocyte apoptotic process / negative regulation of lymphocyte activation / neutrophil clearance / natural killer cell differentiation / secretion by cell / negative regulation of cytokine production / vagina development / photoreceptor outer segment / phagocytosis / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / substrate adhesion-dependent cell spreading / positive regulation of phagocytosis / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / Cell surface interactions at the vascular wall / establishment of localization in cell / receptor protein-tyrosine kinase / platelet activation / cell migration / nervous system development / cell-cell signaling / retina development in camera-type eye / spermatogenesis / cell surface receptor signaling pathway / protein phosphorylation / receptor complex / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / extracellular space / ATP binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin domain / Fibronectin type III domain / : / Fibronectin type 3 domain / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain ...Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin domain / Fibronectin type III domain / : / Fibronectin type 3 domain / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Tyrosine-protein kinase, active site / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Immunoglobulin-like fold / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / BETA-MERCAPTOETHANOL / Tyrosine-protein kinase Mer
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Walker, J.R. / Huang, X. / Finerty Jr., P.J. / Weigelt, J. / Sundstrom, M. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bochkarev, A. / Dhe-Paganon, S. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用
ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2009
タイトル: Structural insights into the inhibited states of the Mer receptor tyrosine kinase.
著者: Huang, X. / Finerty, P. / Walker, J.R. / Butler-Cole, C. / Vedadi, M. / Schapira, M. / Parker, S.A. / Turk, B.E. / Thompson, D.A. / Dhe-Paganon, S.
#1: ジャーナル: Cell Growth Differ. / 年: 1994
タイトル: Cloning and mRNA expression analysis of a novel human protooncogene, c-mer.
著者: Graham, D.K. / Dawson, T.L. / Mullaney, D.L. / Snodgrass, H.R. / Earp, H.S.
#2: ジャーナル: Cell Growth Differ. / 年: 1994
タイトル: Erratum
著者: Graham, D.K. / Dawson, T.L. / Mullaney, D.L. / Snodgrass, H.R. / Earp, H.S.
#3: ジャーナル: Nat.Genet. / 年: 2000
タイトル: Mutations in MERTK, the human orthologue of the RCS rat retinal dystrophy gene, cause retinitis pigmentosa.
著者: Gal, A. / Li, Y. / Thompson, D.A. / Weir, J. / Orth, U. / Jacobson, S.G. / Apfelstedt-Sylla, E. / Vollrath, D.
履歴
登録2007年2月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年5月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Proto-oncogene tyrosine-protein kinase MER
B: Proto-oncogene tyrosine-protein kinase MER
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,9428
ポリマ－71,7792
非ポリマー1,1636
水2,954164
1
A: Proto-oncogene tyrosine-protein kinase MER
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,4984
ポリマ－35,8891
非ポリマー6093
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Proto-oncogene tyrosine-protein kinase MER
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,4444
ポリマ－35,8891
非ポリマー5553
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)52.470, 90.057, 69.253
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 102.44, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Proto-oncogene tyrosine-protein kinase MER / C-mer / Receptor tyrosine kinase MerTK


分子量: 35889.434 Da / 分子数: 2 / 断片: CATALYTIC DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 組織: Peripheral blood leukocyte / 遺伝子: MERTK, MER / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q12866, receptor protein-tyrosine kinase
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP


分子量: 506.196 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O12P3
コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#4: 化合物 ChemComp-BME / BETA-MERCAPTOETHANOL / 2-メルカプトエタノ-ル


分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 164 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.72 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: The protein in 20mM Tris-HCl pH 8.0, 0.5M NaCl, 5% glycerol, 2mM BME, 2.5 mM AMP-PNP, 10 mM MgCl2, 5mM peptide (ADEPNYETWG) was mixed with crystallization buffer (15% PEG 8000, 0.2M ammonium ...詳細: The protein in 20mM Tris-HCl pH 8.0, 0.5M NaCl, 5% glycerol, 2mM BME, 2.5 mM AMP-PNP, 10 mM MgCl2, 5mM peptide (ADEPNYETWG) was mixed with crystallization buffer (15% PEG 8000, 0.2M ammonium sulfate, and 0.1 M Sodium cacodylate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.54178 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年1月23日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→25 Å / Num. all: 24544 / Num. obs: 24544 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.5 % / Rsym value: 0.067 / Net I/σ(I): 21.6
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 3.4 % / Mean I/σ(I) obs: 5.2 / Num. unique all: 2456 / Rsym value: 0.293 / % possible all: 99.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2G15

2g15


解像度: 2.4→24.79 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.88 / SU B: 14.05 / SU ML: 0.184 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.398 / ESU R Free: 0.284 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. ATOM RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS. ANISOU RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL U FACTORS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27392 1232 5 %RANDOM
Rwork0.20414 ---
obs0.20761 23326 99.54 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 39.11 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.72 Å20 Å2-0.91 Å2
2---3.14 Å20 Å2
3----2.97 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→24.79 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3934 0 69 164 4167
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0224105
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2011.9975564
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.1945490
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.74223.663172
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.86215710
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.831525
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0730.2631
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.022982
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1950.21912
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2990.22771
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1350.2214
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.160.22
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1810.230
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1680.26
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.76622564
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.31633994
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.61841790
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.17451570
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.311 84 -
Rwork0.211 1705 -
obs--99.39 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
117.5494-10.8724-5.383119.60410.62635.7825-0.69180.08680.8026-0.1919-0.08831.30610.267-1.07720.7801-0.07140.27880.13510.17760.14310.3518-15.762133.2925-16.3338
25.40946.47770.922828.59950.85848.17360.3191-0.0539-0.0509-0.37050.07381.0031-0.0443-0.7464-0.3929-0.08770.0495-0.03730.15470.11340.1154-8.889325.441-20.636
327.5313-5.27218.48763.3877-0.71364.9127-0.19280.0263-0.01210.42340.19790.1637-0.4894-0.3161-0.00510.15480.06780.02690.02330.06670.0408-8.030926.0822-5.4855
44.8913-4.9821-0.22367.33930.39560.26480.02650.2599-0.1119-0.04160.07390.17070.2054-0.2747-0.10040.0627-0.02420.04780.16930.03450.0349-3.177619.43-16.8623
514.71425.033112.34838.298811.191217.7434-0.27541.1250.5408-0.50830.6025-0.59980.14852.1409-0.3270.0586-0.22970.16180.4066-0.11580.200114.94837.7541-17.5927
60.49120.1389-0.27012.84420.08681.7180.0352-0.03270.03020.20230.01360.1532-0.0529-0.0804-0.04880.05170.0150.03240.1142-0.00050.0744-1.490210.8967-4.1927
77.11232.1938-0.12366.39542.51125.1142-0.26230.1786-0.54520.4616-0.00890.44650.6255-0.5250.27120.1557-0.04190.051-0.03420.00860.0925-4.4094-7.4728-3.4005
83.33011.5013-0.15292.34220.96333.19430.03830.0708-0.13970.46240.1734-0.27590.31260.1033-0.21170.11980.0396-0.01580.0778-0.00050.05216.7066.01984.6702
94.68160.03910.27397.741-0.11954.7789-0.13240.3527-0.1420.12680.26891.06540.523-0.5669-0.13650.0746-0.0732-0.00270.15440.04260.0917-10.3336-30.6855-20.634
1014.15373.1213.37225.1501-0.81684.7361-0.2520.0836-0.3551-0.44430.3456-0.11810.7799-0.3282-0.09360.2096-0.10640.03960.0854-0.00660.0527-2.2409-27.842-32.5419
111.43583.4741.90889.01724.17122.8652-0.0335-0.0710.06620.06680.19870.1276-0.0583-0.2268-0.16520.01890.0197-0.030.16190.04090.0969-0.6275-19.3017-18.0085
122.89530.47482.54762.71442.60285.6244-0.06470.0625-0.12950.20690.3102-0.07090.3440.4929-0.24550.0040.0275-0.01210.1762-0.01350.099212.9548-16.1113-26.0495
130.76340.0944-1.1582.80210.742.3444-0.05680.1201-0.04470.06730.09890.30750.1189-0.3596-0.0421-0.0485-0.0195-0.0530.17980.00520.13431.1725-15.7877-28.8752
140.50830.4642-0.46013.06250.89421.0714-0.04580.05010.0571-0.2690.06450.2293-0.2673-0.1062-0.01860.04920.0346-0.00310.17130.01830.11313.1763-4.8154-31.6396
1510.2778-0.7903-0.30174.87970.86462.994-0.0414-0.05630.8075-0.7650.07370.2392-0.4576-0.3154-0.03230.1950.0718-0.0005-0.0150.03310.05652.36995.4275-33.3083
163.2995-2.30980.1133.2741-0.41513.30590.08070.00880.0824-0.26320.2722-0.3028-0.3340.3171-0.35290.01-0.01560.09420.141-0.03780.099815.4718-7.689-35.1417
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA575 - 58924 - 38
2X-RAY DIFFRACTION2AA590 - 63339 - 82
3X-RAY DIFFRACTION3AA634 - 65183 - 100
4X-RAY DIFFRACTION4AA652 - 686101 - 135
5X-RAY DIFFRACTION5AA687 - 697136 - 146
6X-RAY DIFFRACTION6AA698 - 802147 - 251
7X-RAY DIFFRACTION7AA803 - 822252 - 271
8X-RAY DIFFRACTION8AA823 - 861272 - 310
9X-RAY DIFFRACTION9BB575 - 62124 - 70
10X-RAY DIFFRACTION10BB633 - 65182 - 100
11X-RAY DIFFRACTION11BB652 - 690101 - 139
12X-RAY DIFFRACTION12BB691 - 716140 - 165
13X-RAY DIFFRACTION13BB717 - 769166 - 218
14X-RAY DIFFRACTION14BB770 - 805219 - 254
15X-RAY DIFFRACTION15BB806 - 822255 - 271
16X-RAY DIFFRACTION16BB823 - 861272 - 310

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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