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- PDB-2ozb: Structure of a human Prp31-15.5K-U4 snRNA complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ozb
タイトルStructure of a human Prp31-15.5K-U4 snRNA complex
要素
  • RNA comprising the 5' Stem-Loop RNA of U4snRNA
  • U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein Prp31
  • U4/U6.U5 tri-snRNP 15.5 kDa protein
キーワードRNA BINDING PROTEIN/RNA / RNA-protein complex / ribonucleoprotein particle (RNP) / pre-mRNA splicing / U4/U6 di-snRNA / U4/U6 di-snRNP / hierarchical assembly / Nop domain / RNP-binding domain / RNA BINDING PROTEIN-RNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


ribonucleoprotein complex localization / U4atac snRNP / U4atac snRNA binding / box C/D sno(s)RNA binding / dense fibrillar component / box C/D methylation guide snoRNP complex / U4 snRNA binding / snRNP binding / spliceosomal tri-snRNP complex / U2-type precatalytic spliceosome ...ribonucleoprotein complex localization / U4atac snRNP / U4atac snRNA binding / box C/D sno(s)RNA binding / dense fibrillar component / box C/D methylation guide snoRNP complex / U4 snRNA binding / snRNP binding / spliceosomal tri-snRNP complex / U2-type precatalytic spliceosome / U2-type spliceosomal complex / box C/D snoRNP assembly / U4 snRNP / U3 snoRNA binding / rRNA modification in the nucleus and cytosol / precatalytic spliceosome / MLL1 complex / spliceosomal tri-snRNP complex assembly / single fertilization / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / ribonucleoprotein complex binding / Cajal body / U4/U6 x U5 tri-snRNP complex / mRNA Splicing - Major Pathway / maturation of SSU-rRNA / small-subunit processome / mRNA splicing, via spliceosome / ATPase binding / ribosomal small subunit biogenesis / protein-macromolecule adaptor activity / nuclear speck / nucleolus / protein-containing complex / RNA binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Helix Hairpins - #4070 / Nop domain / Prp31 C-terminal / U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein Prp31 / Prp31 C terminal domain / NOSIC / NOSIC (NUC001) domain / Nop domain / Nop domain superfamily / Nop, C-terminal domain ...Helix Hairpins - #4070 / Nop domain / Prp31 C-terminal / U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein Prp31 / Prp31 C terminal domain / NOSIC / NOSIC (NUC001) domain / Nop domain / Nop domain superfamily / Nop, C-terminal domain / snoRNA binding domain, fibrillarin / Nop domain profile. / H/ACA ribonucleoprotein complex, subunit Nhp2-like / Ribosomal protein L30/S12 / Serum Albumin; Chain A, Domain 1 / 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A; / Ribosomal protein L7Ae conserved site / Ribosomal protein L7Ae signature. / Ribosomal protein L7Ae/L8/Nhp2 family / : / Ribosomal protein L7Ae/L30e/S12e/Gadd45 / Ribosomal protein L7Ae/L30e/S12e/Gadd45 family / 50S ribosomal protein L30e-like / Helix Hairpins / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / RNA / RNA (> 10) / NHP2-like protein 1 / U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein Prp31
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Liu, S. / Luehrmann, R. / Wahl, M.C.
引用ジャーナル: Science / 年: 2007
タイトル: Binding of the human Prp31 Nop domain to a composite RNA-protein platform in U4 snRNP.
著者: Liu, S. / Li, P. / Dybkov, O. / Nottrott, S. / Hartmuth, K. / Luhrmann, R. / Carlomagno, T. / Wahl, M.C.
履歴
登録2007年2月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年3月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年1月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42018年1月24日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_radiation / Item: _diffrn_radiation.monochromator
改定 1.52023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: RNA comprising the 5' Stem-Loop RNA of U4snRNA
F: RNA comprising the 5' Stem-Loop RNA of U4snRNA
A: U4/U6.U5 tri-snRNP 15.5 kDa protein
B: U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein Prp31
D: U4/U6.U5 tri-snRNP 15.5 kDa protein
E: U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein Prp31
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,8069
ポリマ－107,6866
非ポリマー1203
水4,107228
1
C: RNA comprising the 5' Stem-Loop RNA of U4snRNA
A: U4/U6.U5 tri-snRNP 15.5 kDa protein
B: U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein Prp31
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,9235
ポリマ－53,8433
非ポリマー802
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
F: RNA comprising the 5' Stem-Loop RNA of U4snRNA
D: U4/U6.U5 tri-snRNP 15.5 kDa protein
E: U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein Prp31
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,8834
ポリマ－53,8433
非ポリマー401
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)83.555, 99.896, 169.645
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: RNA鎖 RNA comprising the 5' Stem-Loop RNA of U4snRNA


分子量: 10626.346 Da / 分子数: 2 / 断片: U4 5'-SL, residues 20-52 / 由来タイプ: 合成
詳細: RNA was chemically synthesized according to gene RNU4A (residues 20-52)
参照: GenBank: 36174
#2: タンパク質 U4/U6.U5 tri-snRNP 15.5 kDa protein / High mobility group-like nuclear protein 2 homolog 1 / NHP2-like protein 1 / OTK27 / hSNU13


分子量: 14335.656 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 株: HeLa cells / 遺伝子: NHP2L1 / プラスミド: pGEX-4T-2 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P55769
#3: タンパク質 U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein Prp31 / Pre-mRNA-processing factor 31 / U4/U6 snRNP 61 kDa protein / hPrp31 / Protein 61K / Serologically ...Pre-mRNA-processing factor 31 / U4/U6 snRNP 61 kDa protein / hPrp31 / Protein 61K / Serologically defined breast cancer antigen NY-BR-99


分子量: 28880.961 Da / 分子数: 2 / 断片: Prp31, residues 78-333 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 株: HeLa cells / 遺伝子: PRPF31, PRP31 / プラスミド: pGEX-6P-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-RIL / 参照: UniProt: Q8WWY3
#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 228 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 3

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.89 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.1 M calcium acetate, 0.1 M HEPES-NaOH, pH 7.0, 6 % PEG 6000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1calcium acetate11
2HEPES-NaOH11
3PEG 600011
4H2O11
5calcium acetate12
6PEG 600012

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MPG/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW6 / 波長: 1.05 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2006年5月3日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL, mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.05 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→30 Å / Num. all: 42155 / Num. obs: 42029 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 10.8 % / Rmerge(I) obs: 0.107 / Rsym value: 0.076 / Net I/σ(I): 13.7
反射 シェル解像度: 2.6→2.7 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.663 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Rsym value: 0.663 / % possible all: 97.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
MAR345345DTBデータ収集
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1E7K

1e7k


解像度: 2.6→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.925 / SU B: 18.393 / SU ML: 0.199 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.418 / ESU R Free: 0.275 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24756 2227 5 %RANDOM
Rwork0.20569 ---
obs0.20784 42029 99.67 %-
all-42155 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 53.782 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.99 Å20 Å20 Å2
2--0.35 Å20 Å2
3----1.34 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.261 Å0.4 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5707 1406 3 228 7344
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0227376
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5012.22410291
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.4115727
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg41.29325.039258
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.839151096
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.1151538
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.10.21248
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.024958
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2170.23289
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3050.25011
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.150.2309
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0030.21
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2040.241
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1380.27
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6611.53742
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.1925909
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.56334497
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.6224.54382
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.667 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.436 176 -
Rwork0.35 2964 -
obs--97.39 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.1261-0.250.52033.5634-1.87916.1158-0.01360.4741-0.1247-0.28820.0205-0.03150.20820.0273-0.0069-0.14270.0069-0.0054-0.08630.0259-0.1957-0.0671-29.3315-4.733
26.3714-0.59991.01632.89390.45194.19840.1241-0.3297-0.008-0.075-0.22010.5720.1248-0.79960.096-0.2127-0.0194-0.04550.015-0.0948-0.09-41.1798-81.400450.6582
30.72240.1615-0.45050.9529-1.16772.90180.0154-0.04580.09340.1939-0.01140.2297-0.0739-0.0616-0.004-0.08090.00190.0168-0.1098-0.02250.0046-3.7723-40.341737.7118
41.32750.7834-0.88751.2237-0.10361.1160.06710.0580.0848-0.1271-0.0696-0.12150.10840.00430.0025-0.02160.1249-0.0354-0.07640.036-0.0464-1.7627-69.192536.0269
53.561-2.0943-0.55233.1024-0.18081.68460.2094-0.53020.9183-0.02060.07270.214-0.4948-0.4306-0.2821-0.02940.15470.01420.0549-0.07170.0859-13.6413-15.821413.0272
61.9818-0.9271-0.70425.63843.72392.9167-0.11280.7391-0.4501-0.3188-0.20450.10660.6321-0.00580.31720.12850.0354-0.03510.0742-0.1974-0.0546-27.2997-94.566632.5228
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AC3 - 1285 - 130
2X-RAY DIFFRACTION2DE4 - 1286 - 130
3X-RAY DIFFRACTION3BD85 - 33312 - 260
4X-RAY DIFFRACTION4EF85 - 33312 - 260
5X-RAY DIFFRACTION5CA20 - 521 - 33
6X-RAY DIFFRACTION6FB20 - 521 - 33

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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