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- PDB-2oz9: E. coli TRP holorepressor, orthorhombic crystal form -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2oz9
タイトルE. coli TRP holorepressor, orthorhombic crystal form
要素Trp operon repressor
キーワードDNA BINDING PROTEIN / DNA BINDING REGULATORY PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
TrpR-like / Trp repressor, bacterial / Trp repressor / TrpR-like superfamily / Trp repressor protein / Trp repressor/replication initiator / Trp Operon Repressor; Chain A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
TRYPTOPHAN / Trp operon repressor
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Lawson, C.L. / Sigler, P.B.
引用
ジャーナル: Proteins / 年: 1988
タイトル: Flexibility of the DNA-binding domains of trp repressor.
著者: Lawson, C.L. / Zhang, R.G. / Schevitz, R.W. / Otwinowski, Z. / Joachimiak, A. / Sigler, P.B.
#1: ジャーナル: Nature / 年: 1987
タイトル: The Crystal Structure of Trp Aporepressor at 1.8 Angstroms Shows How Binding Tryptophan Enhances DNA Affinity
著者: Zhang, R.G. / Joachimiak, A. / Lawson, C.L. / Schevitz, R.W. / Otwinowski, Z. / Sigler, P.B.
#2: ジャーナル: Nature / 年: 1985
タイトル: The Three-Dimensional Structure of Trp Repressor
著者: Schevitz, R.W. / Otwinowski, Z. / Joachimiak, A. / Lawson, C.L. / Sigler, P.B.
#3: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1983
タイトル: Functional Inferences from Crystals of Escherichia Coli Trp Repressor
著者: Joachimiak, A. / Schevitz, R.W. / Kelley, R.L. / Yanofsky, C. / Sigler, P.B.
#4: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1983
タイトル: Purification and Characterization of Trp Repressor
著者: Joachimiak, A. / Kelley, R.L. / Gunsalus, R.P. / Yanofsky, C. / Sigler, P.B.
#5: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1980
タイトル: Nucleotide Sequence and Expression of Escherichia Coli Trpr, the Structural Gene for the Trp Aporepressor
著者: Gunsalus, R.P. / Yanofsky, C.
履歴
登録2007年2月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2007年3月6日ID: 2WRP
改定 1.02007年3月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
R: Trp operon repressor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,5624
ポリマ－12,2391
非ポリマー3233
水1,53185
1
R: Trp operon repressor
ヘテロ分子

R: Trp operon repressor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,1248
ポリマ－24,4782
非ポリマー6476
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
Buried area5090 Å2
ΔGint-87 kcal/mol
Surface area12120 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)53.300, 53.600, 33.100
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
詳細The biological assembly is a dimer. To generate the second half of the assembly apply the crystallographic symmetry operator -x, -y, z.

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要素

#1: タンパク質 Trp operon repressor


分子量: 12238.934 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: trpR, rtrY / プラスミド: pRLK18 (modified pBR322) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A881
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-TRP / TRYPTOPHAN


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 204.225 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H12N2O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 85 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.3 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5
詳細: crystallization conditions: 2.5 M sodium phosphate, 0.6 M ammonium chloride, 2.5 mM L-tryptophan. Prior to data collection the crystal was equilibrated to 2.4 M ammonium sulfate, 0.4 M sodium ...詳細: crystallization conditions: 2.5 M sodium phosphate, 0.6 M ammonium chloride, 2.5 mM L-tryptophan. Prior to data collection the crystal was equilibrated to 2.4 M ammonium sulfate, 0.4 M sodium chloride, 2.4 mM L-tryptophan, 50 mM sodium acetate., pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: ELLIOTT GX-6 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: KODAK / 検出器: FILM / 詳細: graphite monochromator
放射モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→20 Å / Num. all: 10945 / Num. obs: 10945 / Observed criterion σ(F): 2

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解析

ソフトウェア
名称分類
PROFFT精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MERLOT位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1wrp dimer

1wrp


解像度: 1.65→5 Å / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: NONE / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Hendrickson & Konnert
詳細: REFINEMENT. BY THE RESTRAINED LEAST-SQUARES PROCEDURE OF J. KONNERT AND W. HENDRICKSON (PROGRAM *PROLSQ*) AS MODIFIED BY B. FINZEL (PROGRAM *PROFFT*) AND USE OF PROGRAM *FRODO* OF T. A. JONES. ...詳細: REFINEMENT. BY THE RESTRAINED LEAST-SQUARES PROCEDURE OF J. KONNERT AND W. HENDRICKSON (PROGRAM *PROLSQ*) AS MODIFIED BY B. FINZEL (PROGRAM *PROFFT*) AND USE OF PROGRAM *FRODO* OF T. A. JONES. THE R VALUE IS 0.180. THE RMS DEVIATION FROM IDEALITY OF THE BOND LENGTHS IS 0.012 ANGSTROMS. THE RMS DEVIATION FROM IDEALITY OF THE BOND ANGLES IS 2.0 DEGREES.
Rfactor反射数
obs0.18 10699
原子変位パラメータBiso mean: 17.284 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.2 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.65→5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数828 0 21 85 934
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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