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万見
- PDB-2ovo: THE CRYSTAL AND MOLECULAR STRUCTURE OF THE THIRD DOMAIN OF SILVER... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ovo
タイトルTHE CRYSTAL AND MOLECULAR STRUCTURE OF THE THIRD DOMAIN OF SILVER PHEASANT OVOMUCOID (OMSVP3)
要素OVOMUCOID THIRD DOMAIN
キーワードPROTEINASE INHIBITOR (KAZAL)
機能・相同性
機能・相同性情報


serine-type endopeptidase inhibitor activity / extracellular space
類似検索 - 分子機能
Proteinase inhibitor I1, Kazal-type, metazoa / : / Kazal serine protease inhibitors family signature. / Kazal-type serine protease inhibitor domain / Wheat Germ Agglutinin (Isolectin 2); domain 1 - #30 / Kazal type serine protease inhibitors / Kazal domain superfamily / Kazal domain / Kazal domain profile. / Wheat Germ Agglutinin (Isolectin 2); domain 1 ...Proteinase inhibitor I1, Kazal-type, metazoa / : / Kazal serine protease inhibitors family signature. / Kazal-type serine protease inhibitor domain / Wheat Germ Agglutinin (Isolectin 2); domain 1 - #30 / Kazal type serine protease inhibitors / Kazal domain superfamily / Kazal domain / Kazal domain profile. / Wheat Germ Agglutinin (Isolectin 2); domain 1 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Lophura nycthemera (ハッカン)
手法X線回折 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Bode, W. / Epp, O.
引用
ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 1985
タイトル: The crystal and molecular structure of the third domain of silver pheasant ovomucoid (OMSVP3).
著者: Bode, W. / Epp, O. / Huber, R. / Laskowski Jr., M. / Ardelt, W.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1982
タイトル: Thermodynamics and Kinetics of Single Residue Replacements in Avian Ovomucoid Third Domains. Effect on Inhibitor Interactions with Serine Proteinases
著者: Empie, M.W. / Laskowskijunior, M.
#2: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1983
タイトル: Structure of the Complex of Streptomyces Griseus Protease B and the Third Domain of the Turkey Ovomucoid Inhibitor at 1.8-Angstroms Resolution
著者: Read, R.J. / Fujinaga, M. / Sielecki, A.R. / James, M.N.G.
#3: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1982
タイトル: Crystallographic Refinement of Japanese Quail Ovomucoid, a Kazal-Type Inhibitor, and Model Building Studies of Complexes with Serine Proteases
著者: Papamokos, E. / Weber, E. / Bode, W. / Huber, R. / Empie, M.W. / Kato, I. / Laskowskijunior, M.
#4: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1982
タイトル: Refined Crystal Structure of the Molecular Complex of Streptomyces Griseus Protease B, a Serine Protease, with the Third Domain of the Ovomucoid Inhibitor from Turkey
著者: Fujinaga, M. / Read, R.J. / Sielecki, A. / Ardelt, W. / Laskowskijunior, M. / James, M.N.G.
#5: ジャーナル: Colloq.Ges.Biol.Chem. / 年: 1981
タイトル: Correlation of Amino Acid Sequence with Inhibitor Activity and Specificity of Protein Inhibitors of Serine Proteinases
著者: Laskowskijunior, M. / Empie, M.W. / Kato, I. / Kohr, W.J. / Ardelt, W. / Bogardjunior, W.C. / Weber, E. / Papamokos, E. / Bode, W. / Huber, R.
#6: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1981
タイトル: Crystallization, Crystal Structure Analysis and Molecular Model of the Third Domain of Japanese Quail Ovomucoid, a Kazal Type Inhibitor
著者: Weber, E. / Papamokos, E. / Bode, W. / Huber, R. / Kato, I. / Laskowskijunior, M.
履歴
登録1985年6月11日処理サイト: BNL
改定 1.01985年11月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32017年11月29日Group: Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / struct_conf / struct_conf_type
Item: _pdbx_database_status.process_site
改定 2.02023年7月26日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Other
カテゴリ: atom_site / atom_sites ...atom_site / atom_sites / database_2 / database_PDB_matrix / pdbx_database_remark / pdbx_validate_rmsd_angle
Item: _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_z ..._atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_z / _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _database_PDB_matrix.origx[1][1] / _database_PDB_matrix.origx[1][3] / _database_PDB_matrix.origx[3][1] / _database_PDB_matrix.origx[3][3] / _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_deviation / _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_value
詳細: Coordinates and associated ncs operations (if present) transformed into standard crystal frame
Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年10月30日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: OVOMUCOID THIRD DOMAIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,0451
ポリマ－6,0451
非ポリマー00
水55831
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)44.290, 21.150, 44.050
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 107.00, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Atom site foot note1: RESIDUE 12 IS A CIS-PROLINE.

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要素

#1: タンパク質 OVOMUCOID THIRD DOMAIN


分子量: 6044.848 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lophura nycthemera (ハッカン) / 参照: UniProt: P67954
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 31 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 24.63 %
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / 手法: unknown / PH range low: 7 / PH range high: 6
溶液の組成
*PLUS
濃度: 1.0 M / 一般名: ammonium sulfate

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データ収集

反射
*PLUS
最高解像度: 1.5 Å / Num. obs: 4837 / % possible obs: 75 % / Rmerge(I) obs: 0.035

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解析

ソフトウェア名称: EREF / 分類: 精密化
精密化解像度: 1.5→7 Å / Rfactor Rwork: 0.199
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数418 0 0 31 449
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d0.016
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg2.3
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONo_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONo_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONo_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONo_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONo_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONo_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONo_scangle_it
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.199
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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