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- PDB-2ovd: Crystal Structure of Human Complement Protein C8gamma with Laurate -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ovd
タイトルCrystal Structure of Human Complement Protein C8gamma with Laurate
要素Complement component 8, gamma polypeptide
キーワードTRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / LIGAND BINDING PROTEIN (リガンド) / lipocalin / beta barrel (Βバレル)
機能・相同性
機能・相同性情報


Terminal pathway of complement / 膜侵襲複合体 / complement binding / complement activation, alternative pathway / retinol binding / complement activation, classical pathway / Regulation of Complement cascade / positive regulation of immune response / killing of cells of another organism / blood microparticle ...Terminal pathway of complement / 膜侵襲複合体 / complement binding / complement activation, alternative pathway / retinol binding / complement activation, classical pathway / Regulation of Complement cascade / positive regulation of immune response / killing of cells of another organism / blood microparticle / protein-containing complex binding / extracellular exosome / extracellular region / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Complement component C8 gamma chain / Alpha-1-microglobulin / Lipocalin family conserved site / Calycin beta-barrel core domain / Lipocalin / cytosolic fatty-acid binding protein family / Lipocalin/cytosolic fatty-acid binding domain / Calycin / Lipocalin / Lipocalin signature. / Βバレル / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ラウリン酸 / Complement component C8 gamma chain / Complement component C8 gamma chain
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Chiswell, B. / Lovelace, L.L. / Brannen, C. / Ortlund, E.A. / Lebioda, L. / Sodetz, J.M.
引用ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 2007
タイトル: Structural features of the ligand binding site on human complement protein C8gamma: A member of the lipocalin family
著者: Chiswell, B. / Lovelace, L.L. / Brannen, C. / Ortlund, E.A. / Lebioda, L. / Sodetz, J.M.
履歴
登録2007年2月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年5月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.42021年10月20日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Complement component 8, gamma polypeptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,5202
ポリマ－20,3201
非ポリマー2001
水3,585199
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)42.081, 59.539, 70.836
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Complement component 8, gamma polypeptide / Complement Protein C8gamma


分子量: 20320.004 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: C8G / プラスミド: pET-17b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Origami B(DE3) / 参照: UniProt: Q14CU0, UniProt: P07360*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-DAO / LAURIC ACID / ラウリン酸 / ラウリン酸


分子量: 200.318 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H24O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 199 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.65 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4
詳細: 0.1 M sodium citrate and 25-27% PEG 4000. Sodium laurate (Sigma) was solubilized in methanol/water and used to prepare a 0.9 mM solution in 0.1M imidazole containing 32% PEG 4000, pH 7.0, pH ...詳細: 0.1 M sodium citrate and 25-27% PEG 4000. Sodium laurate (Sigma) was solubilized in methanol/water and used to prepare a 0.9 mM solution in 0.1M imidazole containing 32% PEG 4000, pH 7.0, pH 4.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.91963 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2004年3月14日
放射モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91963 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→50 Å / Num. obs: 18059 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.058 / Χ2: 0.863 / Net I/σ(I): 10.3
反射 シェル解像度: 1.75→1.81 Å / 冗長度: 1.7 % / Rmerge(I) obs: 0.335 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / Num. unique all: 1412 / Χ2: 0.744 / % possible all: 77.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
SBC-Collect19IDデータ収集
HKL-2000データ削減
CNS位相決定
精密化解像度: 1.8→500 Å / FOM work R set: 0.889 / σ(F): 1149
Rfactor反射数%反射
Rfree0.23 1516 8.9 %
Rwork0.208 --
obs-15376 89.9 %
溶媒の処理Bsol: 56.68 Å2
原子変位パラメータBiso mean: 25.504 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.82 Å20 Å20 Å2
2--3.164 Å20 Å2
3----1.344 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→500 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1256 0 14 199 1469
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.153
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it2.0831.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.6372
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it3.4712
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it4.1542.5
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection obs
1.8-1.820.247360.22275311
1.82-1.840.194220.216308330
1.84-1.860.195290.201372401
1.86-1.890.205340.216377411
1.89-1.910.245620.22387449
1.91-1.940.221500.201383433
1.94-1.970.227510.19462513
1.97-20.255500.213450500
2-2.030.208350.202463498
2.03-2.060.224530.203458511
2.06-2.10.249470.213474521
2.1-2.130.258360.203490526
2.13-2.180.265390.215462501
2.18-2.220.235610.199480541
2.22-2.270.251550.196465520
2.27-2.320.207570.189479536
2.32-2.380.191570.201478535
2.38-2.440.221550.19480535
2.44-2.510.243600.203473533
2.51-2.60.263540.202484538
2.6-2.690.23520.222493545
2.69-2.80.253460.212517563
2.8-2.920.231490.197489538
2.92-3.080.279510.221521572
3.08-3.270.201640.185489553
3.27-3.520.255580.21522580
3.52-3.880.194620.196515577
3.88-4.440.223560.204521577
4.44-5.590.217680.204536604
5.59-500.010.245670.257557624
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1CNS_TOPPAR:protein_rep.paramHicupCNS_TOPPAR:protein.topHIcup
X-RAY DIFFRACTION2CNS_TOPPAR:dna-rna_rep.paramCNS_TOPPAR:dna-rna.top
X-RAY DIFFRACTION3CNS_TOPPAR:water_rep.paramCNS_TOPPAR:water.top
X-RAY DIFFRACTION4CNS_TOPPAR:ion.paramCNS_TOPPAR:ion.top
X-RAY DIFFRACTION5ligand.paramligand.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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