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万見
- PDB-2oue: Crystal structure of a junctionless all-RNA hairpin ribozyme at 2... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2oue
タイトルCrystal structure of a junctionless all-RNA hairpin ribozyme at 2.05 angstroms resolution
要素
  • Loop A ribozyme strand
  • Loop B S-turn strand
  • Loop B ribozyme strand
  • Substrate strand - Minimal Junctionless Hairpin Ribozyme
キーワードRNA / hairpin ribozyme / all-RNA / mutation / low salt / S-turn / E-loop / ribose zipper / catalytic RNA
機能・相同性COBALT HEXAMMINE(III) / RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Wedekind, J.E.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2006
タイトル: Water in the Active Site of an All-RNA Hairpin Ribozyme and Effects of Gua8 Base Variants on the Geometry of Phosphoryl Transfer.
著者: Salter, J. / Krucinska, J. / Alam, S. / Grum-Tokars, V. / Wedekind, J.E.
履歴
登録2007年2月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2007年3月6日ID: 1ZFR
改定 1.02007年3月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32014年9月17日Group: Non-polymer description
改定 1.42024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Substrate strand - Minimal Junctionless Hairpin Ribozyme
B: Loop A ribozyme strand
C: Loop B ribozyme strand
D: Loop B S-turn strand
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,9827
ポリマ－19,5644
非ポリマー4183
水1,51384
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)93.272, 93.272, 131.250
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122

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要素

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RNA鎖 , 4種, 4分子 ABCD

#1: RNA鎖 Substrate strand - Minimal Junctionless Hairpin Ribozyme


分子量: 4066.497 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: Chemically synthesized based on satellite tobacco ringspot virus
#2: RNA鎖 Loop A ribozyme strand


分子量: 3970.448 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: Chemically synthesized based on satellite tobacco ringspot virus
#3: RNA鎖 Loop B ribozyme strand


分子量: 5535.445 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: Chemically synthesized based on satellite tobacco ringspot virus
#4: RNA鎖 Loop B S-turn strand


分子量: 5991.568 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: Chemically synthesized based on satellite tobacco ringspot virus

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非ポリマー , 3種, 87分子

#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 化合物 ChemComp-NCO / COBALT HEXAMMINE(III)


分子量: 161.116 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CoH18N6
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 84 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.8 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: PEG 2000 MME, LITHIUM SULFATE, cacodylate, spermidine, cobalt hexaamine, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1PEG 2000 MME11
2LITHIUM SULFATE11
3cacodylate11
4spermidine11
5cobalt hexaamine11
6PEG 2000 MME12
7LITHIUM SULFATE12
8cacodylate12
9spermidine12
10cobalt hexaamine12

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1 / 波長: 0.9764 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2004年11月28日
詳細: BENT TRIANGULAR ASYMMETRIC CUT SI(111) MONOCHROMATOR (PROVIDES HORIZONTAL FOCUSSING), RH-COATED SI MIRROR FOR VERTICAL FOCUSSING
放射モノクロメーター: BENT TRIANGULAR ASYMMETRIC CUT SI(111) MONOCHROMATOR
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9764 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→30.4 Å / Num. obs: 21699 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -5 / 冗長度: 8.2 % / Biso Wilson estimate: 61.8 Å2 / Net I/σ(I): 24
反射 シェル解像度: 2.05→2.12 Å / 冗長度: 4.7 % / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Rsym value: 0.432 / % possible all: 99.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
ADSCQUANTUMデータ収集
CrystalClear(MSC/RIGAKU)データ削減
CrystalClear(MSC/RIGAKU)データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 2.05→30.4 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 1422181.38 / Data cutoff high rms absF: 1422181.38 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): -5 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.268 1709 7.9 %RANDOM
Rwork0.252 ---
obs0.252 21645 99.1 %-
all-21669 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 63.093 Å2 / ksol: 0.343432 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 69.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--10.5 Å2-9.47 Å20 Å2
2---13.11 Å20 Å2
3---23.61 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.4 Å0.44 Å
Luzzati d res low-30 Å
Luzzati sigma a0.78 Å0.73 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.05→30.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 1295 19 84 1398
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d17.6
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.99
LS精密化 シェル解像度: 2.05→2.26 Å / Rfactor Rfree error: 0.03 / Total num. of bins used: 4
Rfactor反射数%反射
Rfree0.607 404 7.6 %
Rwork0.572 4892 -
obs--99.4 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1ion.paramdna-rna.top
X-RAY DIFFRACTION2dna-rna_rep.paramcobalt.top
X-RAY DIFFRACTION3cobalt.parion.top
X-RAY DIFFRACTION4water_rep.paramwater.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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