PDB-2otn: Crystal structure of the catalytically active form of diaminopime...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2otn

タイトル

Crystal structure of the catalytically active form of diaminopimelate epimerase from Bacillus anthracis

要素

Diaminopimelate epimerase

キーワード

ISOMERASE / Bacillus anthracis diaminopimelate epimerase / DAP / lysine metabolism / lanthionine

機能・相同性

機能・相同性情報

diaminopimelate epimerase / diaminopimelate epimerase activity / lysine biosynthetic process via diaminopimelate / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus anthracis str. (炭疽菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Matho, M.H. / Fukuda, K. / Santelli, E. / Jaroszewski, L. / Liddington, R.C. / Roper, D.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure and inhibition of a catalytically active form of diaminopimelate epimerase (DapF)from Bacillus anthracis
著者: Matho, M.H. / Fukuda, K. / Lloyd, A.J. / Santelli, E. / Jaroszewski, L. / Scott, D.J. / Liddington, R.C. / Roper, D.

履歴

登録	2007年2月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年3月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.2	2023年8月30日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2otn.cif.gz	127.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2otn.ent.gz	98.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2otn.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2otn_validation.pdf.gz	439.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2otn_full_validation.pdf.gz	444.9 KB	表示
XML形式データ	2otn_validation.xml.gz	24.4 KB	表示
CIF形式データ	2otn_validation.cif.gz	34.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ot/2otn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ot/2otn	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1gqzS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5lqf-1 4rwq-d 5lqf-2 7aak-d 3syi-1 6f8n-d 4imy-3 5zt1-d 1uvh-d 5tuf-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Diaminopimelate epimerase

B: Diaminopimelate epimerase

67.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	64.863, 87.334, 110.453
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Diaminopimelate epimerase 分子量: 33813.457 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus anthracis str. (炭疽菌) / 生物種: Bacillus anthracis / 株: Ames / 遺伝子: dapF / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(Rosetta) / 参照: UniProt: Q81XR2, diaminopimelate epimerase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 240 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Diaminopimelate epimerase

分子量: 33813.457 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Bacillus anthracis str. (炭疽菌) / 生物種: Bacillus anthracis / 株: Ames / 遺伝子: dapF / プラスミド: pET15b / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(Rosetta) / 参照: UniProt: Q81XR2, diaminopimelate epimerase

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 240 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.31 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.8 %
結晶化	温度: 293 K / pH: 6.6 詳細: 0.2 M ammonium formate, 20% PEG 3350, 3% ethylene glycol, pH 6.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K, pH 6.60

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年9月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 24966 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(I): -4 / 冗長度: 6.7 % / B_iso Wilson estimate: 54 Å² / R_merge(I) obs: 0.074 / Net I/σ(I): 23.6
反射シェル	解像度: 2.4→2.49 Å / R_merge(I) obs: 0.488 / Mean I/σ(I) obs: 3.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1GQZ

1gqz

解像度: 2.4→36.23 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.962 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.929 / SU B: 17.426 / SU ML: 0.212 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.437 / ESU R Free: 0.274 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25	1234	5 %	RANDOM
R_work	0.18	-	-	-
obs	0.184	23674	98.9 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 25.879 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.67 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.51 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.16 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→36.23 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4470	0	0	240	4710

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.022	4553
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	3034
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.329	1.96	6160
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.145	3	7427
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.722	5	578
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.73	24.829	205
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.215	15	783
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.402	15	24
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.077	0.2	693
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	5102
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	882
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.182	0.2	719
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.198	0.2	3102
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.17	0.2	2098
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.086	0.2	2638
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.181	0.2	200
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.131	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.241	0.2	35
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.209	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.497	2	3726
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.874	2	1191
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.193	3	4629
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.469	4	1924
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.75	5	1531
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.4→2.46 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.393	83	-
R_work	0.275	1579	-
obs	-	-	91.22 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.8418	2.0978	-0.2591	3.4258	0.4149	2.2415	0.0302	-0.1978	0.1745	0.028	-0.1652	0.2598	-0.1306	-0.2995	0.1349	-0.2776	0.0346	-0.0166	-0.1633	-0.0343	-0.12	-13.906	-0.072	22.413
2	1.9538	0.02	1.245	2.5423	0.0688	5.3632	0.1899	0.1912	-0.1705	-0.2542	-0.0049	0.1984	0.2382	0.0665	-0.1851	-0.1749	0.0046	-0.056	-0.1425	-0.1053	0.1168	-22.581	-14.26	0.418
3	6.2824	0.918	-0.0585	3.2147	0.3099	2.5421	-0.0504	-0.199	0.268	0.0128	0.1125	-0.2695	0.0571	0.3887	-0.0621	-0.2796	0.0286	-0.0032	-0.155	-0.0379	-0.1089	13.694	-4.015	22.455
4	2.1628	-0.4305	-4.2078	1.9921	1.2937	12.3967	0.8503	0.5191	0.396	-0.3211	-0.0769	-0.0417	-1.4647	-0.9725	-0.7734	0.0203	0.1192	0.113	-0.0307	0.0313	0.4637	21.645	14.187	0.187

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	-4 - 125	16 - 145
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	277 - 287	297 - 307
3	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	126 - 276	146 - 296
4	X-RAY DIFFRACTION	3	B	B	-1 - 125	19 - 145
5	X-RAY DIFFRACTION	3	B	B	277 - 287	297 - 307
6	X-RAY DIFFRACTION	4	B	B	126 - 276	146 - 296

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関連情報:EMDBヘッダ

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