PDB-2ost: The structure of a bacterial homing endonuclease : I-Ssp6803I

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2ost

タイトル

The structure of a bacterial homing endonuclease : I-Ssp6803I

要素

(Synthetic DNA 29 MER) x 2
Putative endonuclease

キーワード

hydrolase/DNA / protein-DNA complex / restriction enzyme fold / PD-(D/E)-XK motif / homing endonuclease / group I intron / hydrolase-DNA COMPLEX

機能・相同性

機能・相同性情報

endonuclease activity / nucleic acid binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Synechocystis sp. (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 3.1 Å

データ登録者

Zhao, L. / Bonocora, R.P. / Shub, D.A. / Stoddard, B.L.

引用

ジャーナル: Embo J. / 年: 2007
タイトル: The restriction fold turns to the dark side: a bacterial homing endonuclease with a PD-(D/E)-XK motif.
著者: Zhao, L. / Bonocora, R.P. / Shub, D.A. / Stoddard, B.L.

履歴

登録	2007年2月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年3月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.3	2017年10月18日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.4	2021年10月20日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.5	2024年2月21日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
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その他	その他のダウンロード

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文書・詳細版	2ost_full_validation.pdf.gz	493.4 KB	表示
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アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/os/2ost ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/os/2ost	HTTPS FTP

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関連構造データ

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自己スプライシングRNA (Self-splicing RNA)
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#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

Y: Synthetic DNA 29 MER

Z: Synthetic DNA 29 MER

A: Putative endonuclease

B: Putative endonuclease

C: Putative endonuclease

D: Putative endonuclease

ヘテロ分子

87.5 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	143.777, 143.777, 319.179
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	97
Space group name H-M	I422

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D
5	1	A
6	1	B
7	1	C
8	1	D

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Refine code: 5

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	THR	THR	ARG	ARG	A	C	3 - 70	4 - 71
2	1	THR	THR	ARG	ARG	B	D	3 - 70	4 - 71
3	1	THR	THR	ARG	ARG	C	E	3 - 70	4 - 71
4	1	THR	THR	ARG	ARG	D	F	3 - 67	4 - 68
5	2	ASP	ASP	LYS	LYS	A	C	87 - 146	88 - 147
6	2	ASP	ASP	LYS	LYS	B	D	87 - 146	88 - 147
7	2	ASP	ASP	LYS	LYS	C	E	87 - 146	88 - 147
8	2	ASP	ASP	LYS	LYS	D	F	87 - 146	88 - 147

詳細

The structure of the I-SspI/DNA complex consists of one protein tetramer bound to a single DNA duplex; the crystallographic asymmetric unit contains one copy of this complex .

#1: DNA鎖	Synthetic DNA 29 MER 分子量: 8969.772 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成詳細: synthetic construct containing natural homing site of I-SspI6803I
#2: DNA鎖	Synthetic DNA 29 MER 分子量: 8862.685 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成詳細: synthetic construct containing natural homing site of I-SspI6803I
#3: タンパク質	Putative endonuclease 分子量: 17404.945 Da / 分子数: 4 / Mutation: E11Q,F55K,L16M,L21M / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Synechocystis sp. (バクテリア) / 株: PCC 6803 / プラスミド: pET15b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q57253
#4: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 4.67 Å³/Da / 溶媒含有率: 73.69 %

結晶化

温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 15% to 20% MPD, 100 mM MES buffer, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

溶液の組成

ID	名称	Crystal-ID	Sol-ID
1	MPD	1	1
2	MES	1	1
3	MPD	1	2

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2	100	1
3	100	1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	タイプ	ID	波長 (Å)	波長
シンクロトロン	ALS	5.0.2		1	0.979
シンクロトロン	ALS	5.0.2		2	0.965
回転陽極			RIGAKU RU200	3		1.5418

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
ADSC QUANTUM 315	1	CCD	2006年6月8日
ADSC QUANTUM 315	2	CCD	2006年8月25日
RIGAKU RAXIS V	3	IMAGE PLATE	2006年5月8日

放射

ID	モノクロメーター	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	Double-crystal, Si(111) liquid N2 cooled	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2	Double-crystal, Si(111) liquid N2 cooled	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
3	GRAPHITE	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.979	1
2	0.965	1
3	1.5418	1

Reflection

D res low: 50 Å

冗長度 (%)	ID	Av σ(I) over netI	数	R_merge(I) obs	Χ²	D res high (Å)	Num. obs	% possible obs
7.6	1	10.7	220038	0.083	1.11	3.1	28899	94
9.5	2	6.7	243144	0.152	1.17	3.3	25721	100

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
8.4	50	96.5	1	0.041	0.953	7.3
6.67	8.4	97.8	1	0.055	1.115	7.3
5.83	6.67	98.7	1	0.08	1.285	7.6
5.3	5.83	98.5	1	0.074	1.259	7.7
4.92	5.3	99.4	1	0.065	1.193	7.7
4.63	4.92	99.3	1	0.067	1.268	7.8
4.4	4.63	99.5	1	0.067	1.33	7.7
4.21	4.4	99.7	1	0.078	1.247	7.8
4.04	4.21	99.7	1	0.09	1.118	7.8
3.91	4.04	99.9	1	0.11	1.059	7.8
3.78	3.91	99.8	1	0.131	1.126	7.8
3.68	3.78	99.9	1	0.143	1.146	7.8
3.58	3.68	99.9	1	0.157	1.075	7.7
3.49	3.58	99.8	1	0.189	1.036	7.7
3.41	3.49	98.4	1	0.192	1.005	7.5
3.34	3.41	94.7	1	0.184	1.006	7.3
3.27	3.34	87.9	1	0.193	1	7.3
3.21	3.27	78.2	1	0.271	0.931	7.3
3.15	3.21	69.3	1	0.298	0.926	7.6
3.1	3.15	61.4	1	0.374	0.907	7.6
8.94	50	99.7	2	0.038	1.165	8.9
7.1	8.94	100	2	0.051	1.031	9.5
6.21	7.1	100	2	0.082	1.112	9
5.64	6.21	100	2	0.107	1.003	9.3
5.24	5.64	100	2	0.107	1.047	9.4
4.93	5.24	100	2	0.109	1.176	9.6
4.68	4.93	100	2	0.126	1.209	9.7
4.48	4.68	100	2	0.125	1.245	9.7
4.31	4.48	100	2	0.14	1.156	9.6
4.16	4.31	99.8	2	0.181	1.124	9.6
4.03	4.16	100	2	0.234	1.128	9.6
3.91	4.03	100	2	0.3	1.187	9.6
3.81	3.91	99.9	2	0.357	1.298	9.5
3.72	3.81	99.9	2	0.388	1.139	9.5
3.63	3.72	100	2	0.419	1.434	9.4
3.55	3.63	100	2	0.559	1.177	9.5
3.48	3.55	99.9	2	0.587	1.175	9.5
3.42	3.48	99.9	2	0.616	1.297	9.4
3.36	3.42	100	2	0.597	1.182	9.4
3.3	3.36	100	2	0.628	1.147	9.4

反射

解像度: 3.1→160.13 Å / Num. obs: 28899 / % possible obs: 94 % / 冗長度: 7.6 % / R_merge(I) obs: 0.083 / Χ²: 1.111 / Net I/σ(I): 10.7

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
3.1-3.15	7.6	0.374	928	0.907	1,2,3	61.4
3.15-3.21	7.6	0.298	1029	0.926	1,2,3	69.3
3.21-3.27	7.3	0.271	1192	0.931	1,2,3	78.2
3.27-3.34	7.3	0.193	1319	1	1,2,3	87.9
3.34-3.41	7.3	0.184	1420	1.006	1,2,3	94.7
3.41-3.49	7.5	0.192	1491	1.005	1,2,3	98.4
3.49-3.58	7.7	0.189	1531	1.036	1,2,3	99.8
3.58-3.68	7.7	0.157	1511	1.075	1,2,3	99.9
3.68-3.78	7.8	0.143	1529	1.146	1,2,3	99.9
3.78-3.91	7.8	0.131	1498	1.126	1,2,3	99.8
3.91-4.04	7.8	0.11	1523	1.059	1,2,3	99.9
4.04-4.21	7.8	0.09	1549	1.118	1,2,3	99.7
4.21-4.4	7.8	0.078	1515	1.247	1,2,3	99.7
4.4-4.63	7.7	0.067	1533	1.33	1,2,3	99.5
4.63-4.92	7.8	0.067	1516	1.268	1,2,3	99.3
4.92-5.3	7.7	0.065	1529	1.193	1,2,3	99.4
5.3-5.83	7.7	0.074	1543	1.259	1,2,3	98.5
5.83-6.67	7.6	0.08	1543	1.285	1,2,3	98.7
6.67-8.4	7.3	0.055	1566	1.115	1,2,3	97.8
8.4-50	7.3	0.041	1634	0.953	1,2,3	96.5

-
位相決定

位相決定

手法:

多波長異常分散

Phasing MAD set site

ID	Cartn x (Å)	Cartn y (Å)	Cartn z (Å)	Atom type symbol	B iso	Occupancy
1	-38.362	-15.456	-63.143	SE	71.25	0.74
2	-38.299	-49.252	-50.778	SE	112.21	1.2
3	-33.355	-41.094	-45.778	SE	93.14	1.07
4	-19.776	-34.049	-39.32	SE	140.1	1.28
5	-35.709	-18.056	-67.057	SE	83.37	0.59
6	-28.713	-40.155	-46.549	SE	166.51	1.24
7	-41.981	-24.697	-76.047	SE	90.54	1.12
8	-32.936	-7.045	-58.308	SE	134.88	1.2

Phasing dm

手法: Solvent flattening

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SHARP		位相決定
直接法	6	位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	2	データ抽出
ADSC	QUANTUM	データ収集

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 3.1→160.13 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.891 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.845 / SU B: 22.095 / SU ML: 0.402 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 1.024 / ESU R Free: 0.484 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.328	1459	5 %	RANDOM
R_work	0.278	-	-	-
obs	0.281	28898	93.96 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 83.07 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.44 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	3.44 Å²	0 Å²
3-	-	-	-6.88 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.1→160.13 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4540	1189	2	16	5747

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.022	5974
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.889	2.21	8317
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.497	5	561
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.079	23.244	225
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.415	15	803
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.392	15	39
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.228	0.2	909
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.002	0.02	4140
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.194	0.2	2776
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.302	0.2	3915
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.146	0.2	227
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.111	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.148	0.2	52
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.14	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.374	1.5	2857
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.682	2	4492
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.609	3	3964
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.158	4.5	3825

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	500	MEDIUM POSITIONAL	0.59	0.5
2	B	500	MEDIUM POSITIONAL	0.42	0.5
3	C	500	MEDIUM POSITIONAL	0.58	0.5
4	D	500	MEDIUM POSITIONAL	0.43	0.5
1	A	471	LOOSE POSITIONAL	1.32	5
2	B	471	LOOSE POSITIONAL	1.08	5
3	C	471	LOOSE POSITIONAL	1.23	5
4	D	471	LOOSE POSITIONAL	1.08	5
1	A	500	MEDIUM THERMAL	0.55	2
2	B	500	MEDIUM THERMAL	0.36	2
3	C	500	MEDIUM THERMAL	0.37	2
4	D	500	MEDIUM THERMAL	0.45	2
1	A	471	LOOSE THERMAL	1.31	10
2	B	471	LOOSE THERMAL	0.95	10
3	C	471	LOOSE THERMAL	0.97	10
4	D	471	LOOSE THERMAL	1.12	10

LS精密化シェル

解像度: 3.1→3.183 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.401	78	-
R_work	0.328	1305	-
obs	-	1383	62.58 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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