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万見
- PDB-6rhw: Crystal structure of human CD11b I-domain (CD11b-I) in complex wi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6rhw
タイトルCrystal structure of human CD11b I-domain (CD11b-I) in complex with Staphylococcus aureus octameric bi-component leukocidin LukGH
要素
  • (Beta-channel forming ...) x 2
  • Integrin alpha-M
キーワードTOXIN / LEUKOCIDIN / PORE-FORMING TOXIN / OCTAMER / receptor / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


ectodermal cell differentiation / positive regulation of neutrophil degranulation / integrin alphaM-beta2 complex / response to Gram-positive bacterium / response to curcumin / positive regulation of microglial cell mediated cytotoxicity / cell-cell adhesion via plasma-membrane adhesion molecules / complement component C3b binding / vertebrate eye-specific patterning / complement-mediated synapse pruning ...ectodermal cell differentiation / positive regulation of neutrophil degranulation / integrin alphaM-beta2 complex / response to Gram-positive bacterium / response to curcumin / positive regulation of microglial cell mediated cytotoxicity / cell-cell adhesion via plasma-membrane adhesion molecules / complement component C3b binding / vertebrate eye-specific patterning / complement-mediated synapse pruning / cytolysis in another organism / Toll Like Receptor 4 (TLR4) Cascade / complement receptor mediated signaling pathway / integrin complex / heterotypic cell-cell adhesion / cargo receptor activity / phagocytosis, engulfment / negative regulation of dopamine metabolic process / cell adhesion mediated by integrin / forebrain development / amyloid-beta clearance / tertiary granule membrane / plasma membrane raft / positive regulation of protein targeting to membrane / Integrin cell surface interactions / response to mechanical stimulus / specific granule membrane / positive regulation of superoxide anion generation / heat shock protein binding / receptor-mediated endocytosis / response to ischemia / cell-matrix adhesion / integrin-mediated signaling pathway / Cell surface interactions at the vascular wall / microglial cell activation / cell-cell adhesion / integrin binding / response to estradiol / amyloid-beta binding / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / cell adhesion / innate immune response / external side of plasma membrane / Neutrophil degranulation / cell surface / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Integrin alpha-X-like, Ig-like domain 3 / Leukocidin/porin MspA / Leukocidin-like / Bi-component toxin, staphylococci / Leukocidin/Hemolysin toxin / Leukocidin/Hemolysin toxin family / Leukocidin/porin MspA superfamily / Integrin alpha cytoplasmic region / Integrin alpha-2 ...: / Integrin alpha-X-like, Ig-like domain 3 / Leukocidin/porin MspA / Leukocidin-like / Bi-component toxin, staphylococci / Leukocidin/Hemolysin toxin / Leukocidin/Hemolysin toxin family / Leukocidin/porin MspA superfamily / Integrin alpha cytoplasmic region / Integrin alpha-2 / Integrin alpha Ig-like domain 1 / von Willebrand factor, type A domain / Integrin alpha chain / Integrin alpha beta-propellor / Integrin alpha chain, C-terminal cytoplasmic region, conserved site / : / Integrin alpha Ig-like domain 2 / Integrins alpha chain signature. / FG-GAP repeat profile. / Integrin alpha (beta-propellor repeats). / FG-GAP repeat / FG-GAP repeat / Integrin alpha, N-terminal / Integrin domain superfamily / von Willebrand factor type A domain / VWFA domain profile. / von Willebrand factor (vWF) type A domain / von Willebrand factor, type A / von Willebrand factor A-like domain superfamily / Distorted Sandwich / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Bi-component leukocidin LukGH subunit H / Bi-component leukocidin LukGH subunit G / Integrin alpha-M / Uncharacterized leukocidin-like protein 2 / Uncharacterized leukocidin-like protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.75 Å
データ登録者Trstenjak, N. / Milic, D. / Djinovic-Carugo, K. / Badarau, A.
資金援助 オーストリア, 1件
組織認可番号国
Christian Doppler ForschungsgesellschaftCD-Laboratory for High-Content Structural Biology and Biotechnology オーストリア
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2020
タイトル: Molecular mechanism of leukocidin GH-integrin CD11b/CD18 recognition and species specificity.
著者: Trstenjak, N. / Milic, D. / Graewert, M.A. / Rouha, H. / Svergun, D. / Djinovic-Carugo, K. / Nagy, E. / Badarau, A.
履歴
登録2019年4月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年12月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22020年1月15日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.32024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
G: Beta-channel forming cytolysin
H: Beta-channel forming cytolysin
C: Integrin alpha-M
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,09510
ポリマ－95,6013
非ポリマー4937
水362
1
G: Beta-channel forming cytolysin
H: Beta-channel forming cytolysin
C: Integrin alpha-M
ヘテロ分子

G: Beta-channel forming cytolysin
H: Beta-channel forming cytolysin
C: Integrin alpha-M
ヘテロ分子

G: Beta-channel forming cytolysin
H: Beta-channel forming cytolysin
C: Integrin alpha-M
ヘテロ分子

G: Beta-channel forming cytolysin
H: Beta-channel forming cytolysin
C: Integrin alpha-M
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)384,37840
ポリマ－382,40612
非ポリマー1,97228
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-x,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_555-y+1/2,x+1/2,z1
crystal symmetry operation4_455y-1/2,-x+1/2,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)122.107, 122.107, 133.697
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number90
Space group name H-MP4212
Space group name HallP4ab2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z
#3: y+1/2,-x+1/2,z
#4: x+1/2,-y+1/2,-z
#5: -x+1/2,y+1/2,-z
#6: -x,-y,z
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z

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要素

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Beta-channel forming ... , 2種, 2分子 GH

#1: タンパク質 Beta-channel forming cytolysin / Bi-component leukocidin LukGH subunit G / Gamma-hemolysin component B / Gamma-hemolysin subunit B


分子量: 35625.309 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: lukG, ELQ85_15505, EP54_11070, EQ90_09460, HMPREF3211_02235, NCTC10654_02179, NCTC10702_03203, NCTC13131_01350, RK64_10675
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): TUNER / 参照: UniProt: A0A0D6HCK9, UniProt: Q2FWP0*PLUS
#2: タンパク質 Beta-channel forming cytolysin / Bi-component leukocidin LukGH subunit H / Leukocidin S subunit / Succinyl-diaminopimelate desuccinylase


分子量: 37682.680 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: lukH, BTN44_11630, EP54_11065, EQ90_09455, HMPREF3211_02234, NCTC10654_02180, NCTC10702_03204, NCTC13131_01351, NCTC13196_01958, RK64_10680
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): TUNER / 参照: UniProt: A0A0D6HC73, UniProt: Q2FWN9*PLUS

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タンパク質 , 1種, 1分子 C

#3: タンパク質 Integrin alpha-M / CD11 antigen-like family member B / CR-3 alpha chain / Cell surface glycoprotein MAC-1 subunit ...CD11 antigen-like family member B / CR-3 alpha chain / Cell surface glycoprotein MAC-1 subunit alpha / Leukocyte adhesion receptor MO1 / Neutrophil adherence receptor


分子量: 22293.439 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ITGAM, CD11B, CR3A / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): TUNER / 参照: UniProt: P11215

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非ポリマー , 3種, 9分子

#4: 化合物
ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.81 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Crystallization drops were prepared by mixing 1.0 uL LukGH/huCD11b-I complex (5.2 mg/mL) in 25 mM HEPES (pH 7.5), 1 mM MgCl2 with 0.5 uL reservoir solution containing 30% (v/v) Jeffamine-600 and 10% (v/v) DMSO.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 1.07227 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.07227 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.748→45.081 Å / Num. obs: 14539 / % possible obs: 53.8 % / 冗長度: 12.6 % / Biso Wilson estimate: 53.18 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.31 / Rpim(I) all: 0.09 / Rrim(I) all: 0.347 / Net I/σ(I): 7.8
反射 シェル解像度: 2.748→2.994 Å / 冗長度: 12.5 % / Rmerge(I) obs: 1.668 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 902 / CC1/2: 0.627 / Rpim(I) all: 0.486 / Rrim(I) all: 1.739 / % possible all: 15

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14rc1_3177精密化
XDSJanuary 26, 2018データ削減
STARANISO2.2.7 (8-Dec-2018)データスケーリング
Aimless0.7.3データスケーリング
PHASER2.7.17位相決定
Coot0.8.9.1モデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: LukGH dimer from the structure of its complex with mouse CD11b I-domain (CD11b-I) and the modified huCD11b-I domain (PDB code 1IDO) lacking the C-terminal alpha-helix (residues 303-315)

1ido


解像度: 2.75→45.08 Å / SU ML: 0.3789 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 30.8887
詳細: The structure was refined against the diffraction data anisotropically scaled in STARANISO. The analyzed crystal diffracted to resolutions 2.75 angstrom along a* and b*, but only to 4.79 ...詳細: The structure was refined against the diffraction data anisotropically scaled in STARANISO. The analyzed crystal diffracted to resolutions 2.75 angstrom along a* and b*, but only to 4.79 angstrom along c*. The reflection file contains two data blocks: 1. data processed with STARANISO and used in the final refinement; 2. scaled and merged intensities to which no restrictive resolution cut-off has been applied.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2812 658 4.53 %Random selection
Rwork0.2393 ---
obs0.2412 14518 53.66 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 61.12 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.75→45.08 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5730 0 25 2 5757
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00315872
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.78137934
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0478858
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00431027
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.42933517
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.75-2.960.3209370.331703X-RAY DIFFRACTION13.99
2.96-3.260.3898690.31331483X-RAY DIFFRACTION29.3
3.26-3.730.33311200.26212437X-RAY DIFFRACTION47.93
3.73-4.690.23671820.22423841X-RAY DIFFRACTION74.17
4.69-45.090.28312500.23195396X-RAY DIFFRACTION99.65
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.744049907456-0.2184117370780.264885119150.4700458941790.2579409758420.2836202120640.07266678915970.271853502401-0.738950667615-0.133028430559-0.08927528952920.2365376015770.072401430617-0.02412346691980.1243799816220.1627299499930.00136743300945-0.01983990663640.158244835886-0.131208519204-0.0633970914191-2.4837834210827.859732179434.1014747771
20.6062108323430.0986349357261-0.002909967946650.391399041206-0.1671724664090.22700211054-0.0502622240830.293705513457-0.544014945641-0.1940564176430.0369959098777-0.3828884691830.109466478321-0.0953678086822-0.04459982922620.1883828853340.08378946559420.04209682925220.1329843917430.006245982220280.18508708774522.787937815635.958366760335.3320059225
30.112433042635-0.0603519441385-0.01092738403350.0425204712866-0.002061950517580.0796191322889-0.11251455418-0.000327635914492-0.265992398048-0.0182181134870.228146280942-0.291965118920.2554053167690.1675182166780.02554992718850.3775021569270.0846050032280.1115606631260.315705596312-0.1301440236060.76599455605926.5611280193.2882399057336.3648250407
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'G' and resid 17 through 304)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'H' and resid 45 through 324)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain 'C' and resid 132 through 299)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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