PDB-2os7: Caf1M periplasmic chaperone tetramer

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2os7

タイトル

Caf1M periplasmic chaperone tetramer

要素

Chaperone protein caf1M

キーワード

CHAPERONE / Immunoglobulin fold / Hetero beta barrel

機能・相同性

機能・相同性情報

: / protein folding chaperone / cell wall organization / outer membrane-bounded periplasmic space
類似検索 - 分子機能

生物種

Yersinia pestis (ペスト菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.9 Å

データ登録者

Knight, S.D. / Zavialov, A.Z.

引用

ジャーナル: MOL.MICROBIOL. / 年: 2007
タイトル: A novel self-capping mechanism controls aggregation of periplasmic chaperone Caf1M
著者: Zavialov, A.Z. / Knight, S.D.

履歴

登録	2007年2月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年4月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2023年8月30日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id
改定 1.4	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2os7.cif.gz	234.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2os7.ent.gz	190.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2os7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2os7_validation.pdf.gz	477.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2os7_full_validation.pdf.gz	503.3 KB	表示
XML形式データ	2os7_validation.xml.gz	41.9 KB	表示
CIF形式データ	2os7_validation.cif.gz	57.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/os/2os7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/os/2os7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1p5vS 1p5u 1z9s S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6mwq-2 6mwq-4 6rtd-d 6te4-d 7dix-d 6mwq-3 6mwq-1 4up1-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#32 - 2002年8月シャペロン (Chaperones) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Chaperone protein caf1M

B: Chaperone protein caf1M

C: Chaperone protein caf1M

D: Chaperone protein caf1M

E: Chaperone protein caf1M

F: Chaperone protein caf1M

158 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Chaperone protein caf1M

B: Chaperone protein caf1M

A: Chaperone protein caf1M

B: Chaperone protein caf1M

登録者が定義した集合体
105 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Chaperone protein caf1M

D: Chaperone protein caf1M

E: Chaperone protein caf1M

F: Chaperone protein caf1M

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
105 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	141.092, 174.267, 60.580
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Refine code: 1

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	GLY	GLY	LEU	LEU	A	A	13 - 78	13 - 78
2	1	1	GLY	GLY	LEU	LEU	C	C	13 - 78	13 - 78
3	1	1	GLY	GLY	LEU	LEU	E	E	13 - 78	13 - 78
4	2	1	ILE	ILE	PRO	PRO	A	A	80 - 88	80 - 88
5	2	1	ILE	ILE	PRO	PRO	C	C	80 - 88	80 - 88
6	2	1	ILE	ILE	PRO	PRO	E	E	80 - 88	80 - 88
7	3	1	ASP	ASP	PRO	PRO	A	A	90 - 103	90 - 103
8	3	1	ASP	ASP	PRO	PRO	C	C	90 - 103	90 - 103
9	3	1	ASP	ASP	PRO	PRO	E	E	90 - 103	90 - 103
10	4	1	VAL	VAL	PRO	PRO	A	A	126 - 205	126 - 205
11	4	1	VAL	VAL	PRO	PRO	C	C	126 - 205	126 - 205
12	4	1	VAL	VAL	PRO	PRO	E	E	126 - 205	126 - 205
13	5	1	ASN	ASN	ASN	ASN	A	A	213 - 232	213 - 232
14	5	1	ASN	ASN	ASN	ASN	C	C	213 - 232	213 - 232
15	5	1	ASN	ASN	ASN	ASN	E	E	213 - 232	213 - 232
1	1	2	ALA	ALA	ILE	ILE	B	B	8 - 48	8 - 48
2	1	2	ALA	ALA	ILE	ILE	D	D	8 - 48	8 - 48
3	1	2	ALA	ALA	ILE	ILE	F	F	8 - 48	8 - 48
4	2	2	PRO	PRO	ALA	ALA	B	B	60 - 81	60 - 81
5	2	2	PRO	PRO	ALA	ALA	D	D	60 - 81	60 - 81
6	2	2	PRO	PRO	ALA	ALA	F	F	60 - 81	60 - 81
7	3	2	LYS	LYS	PRO	PRO	B	B	91 - 103	91 - 103
8	3	2	LYS	LYS	PRO	PRO	D	D	91 - 103	91 - 103
9	3	2	LYS	LYS	PRO	PRO	F	F	91 - 103	91 - 103
10	4	2	VAL	VAL	VAL	VAL	B	B	126 - 142	126 - 142
11	4	2	VAL	VAL	VAL	VAL	D	D	126 - 142	126 - 142
12	4	2	VAL	VAL	VAL	VAL	F	F	126 - 142	126 - 142
13	5	2	PHE	PHE	TRP	TRP	B	B	154 - 160	154 - 160
14	5	2	PHE	PHE	TRP	TRP	D	D	154 - 160	154 - 160
15	5	2	PHE	PHE	TRP	TRP	F	F	154 - 160	154 - 160
16	6	2	TYR	TYR	LEU	LEU	B	B	176 - 204	176 - 204
17	6	2	TYR	TYR	LEU	LEU	D	D	176 - 204	176 - 204
18	6	2	TYR	TYR	LEU	LEU	F	F	176 - 204	176 - 204
19	7	2	ASN	ASN	ASN	ASN	B	B	213 - 232	213 - 232
20	7	2	ASN	ASN	ASN	ASN	D	D	213 - 232	213 - 232
21	7	2	ASN	ASN	ASN	ASN	F	F	213 - 232	213 - 232

NCSアンサンブル:

ID
1
2

詳細

The biological assembly is a tetramer of Caf1M chaperone protomers. The assymetric unit contains one-and-a-half tetramer.

#1: タンパク質	Chaperone protein caf1M / Capsule protein fraction 1 分子量: 26329.012 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Yersinia pestis (ペスト菌) / 遺伝子: caf1M / プラスミド: pTCA1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 (DE3) / 参照: UniProt: P26926
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.35 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.75 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 8% PEG 6000 in 50 mM Tris-HCl pH 8.0-8.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2004年1月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.9→200 Å / Num. obs: 33968 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6 % / B_iso Wilson estimate: 65.1 Å² / R_merge(I) obs: 0.165 / Net I/σ(I): 3.8
反射シェル	解像度: 2.9→3.16 Å / 冗長度: 6 % / R_merge(I) obs: 0.4 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / Num. unique all: 3722 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
HKL-2000		データ収集
MOSFLM		データ削減
CCP4	(SCALA)	データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: Caf1M (chain A) from pdb entry 1p5v

1p5v

解像度: 2.9→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.892 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.837 / SU B: 44.81 / SU ML: 0.387 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R Free: 0.477 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: TLS refinment using two TLS groups (tetramer in au + half-tetramer in au) Tight NCS restraints (two NCS groups: chains A,C,E and chains B,D,F)

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.29843	1720	5.1 %	RANDOM
R_work	0.24906	-	-	-
obs	0.25157	32199	99.83 %	-
all	-	32199	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 45.389 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-5.28 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.45 Å²	0 Å²
3-	-	-	3.82 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error free: 0.477 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.9→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9426	0	0	0	9426

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.022	9662
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.654	1.967	13085
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.747	5	1172
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.576	24.532	417
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	20.486	15	1650
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.647	15	47
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.098	0.2	1421
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	7261
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.238	0.2	3732
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.322	0.2	6353
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.15	0.2	297
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.291	0.2	89
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.246	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.541	1.5	6083
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.944	2	9639
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.257	3	4110
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.091	4.5	3446
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	1486	tight positional	0.07	0.05
1	2	C	1486	tight positional	0.06	0.05
1	3	E	1486	tight positional	0.06	0.05
2	1	B	1164	tight positional	0.06	0.05
2	2	D	1164	tight positional	0.06	0.05
2	3	F	1164	tight positional	0.06	0.05
1	1	A	1486	tight thermal	0.11	0.5
1	2	C	1486	tight thermal	0.11	0.5
1	3	E	1486	tight thermal	0.11	0.5
2	1	B	1164	tight thermal	0.1	0.5
2	2	D	1164	tight thermal	0.1	0.5
2	3	F	1164	tight thermal	0.1	0.5

LS精密化シェル

解像度: 2.9→3.057 Å / Total num. of bins used: 10

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.356	247	-
R_work	0.321	4605	-
obs	-	-	99.88 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.2353	-0.2349	0.035	0.8306	-0.0617	0.7275	-0.0157	0.0887	0.2381	-0.0831	0.0131	-0.0792	-0.1283	0.0529	0.0026	-0.0692	-0.025	0.0207	-0.1626	0.0289	-0.0626	0.7515	24.0646	17.184
2	0.5956	0.0854	-0.1687	1.284	-0.119	0.1149	-0.0081	-0.0794	-0.0571	0.0848	-0.005	-0.105	0.005	0.0611	0.0131	-0.0405	-0.0101	-0.0223	0.0078	0.0146	-0.1189	46.6801	0.6947	24.286

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	3 - 233	3 - 233
2	X-RAY DIFFRACTION	1	B	B	6 - 233	6 - 233
3	X-RAY DIFFRACTION	2	C	C	3 - 233	3 - 233
4	X-RAY DIFFRACTION	2	D	D	6 - 232	6 - 232
5	X-RAY DIFFRACTION	2	E	E	3 - 232	3 - 232
6	X-RAY DIFFRACTION	2	F	F	6 - 233	6 - 233

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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