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- PDB-6rtd: Dihydro-heme d1 dehydrogenase NirN in complex with DHE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6rtd
タイトルDihydro-heme d1 dehydrogenase NirN in complex with DHE
要素Cytochrome c
キーワードOXIDOREDUCTASE / 8-bladed beta-propeller heme d1 biosynthesis dehydrogenase
機能・相同性
機能・相同性情報


酸化還元酵素; CH-CH結合に対し酸化酵素として働く / nitrite reductase (NO-forming) / heme biosynthetic process / periplasmic space / electron transfer activity / oxidoreductase activity / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Cytochrome cd1-nitrite reductase, C-terminal domain superfamily / Cytochrome D1 heme domain / : / Cytochrome cd1-nitrite reductase-like, haem d1 domain superfamily / Cytochrome C oxidase, cbb3-type, subunit III / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
(R,R)-2,3-BUTANEDIOL / HEME D / HEME C / Cytochrome c / Dihydro-heme d1 dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.36 Å
データ登録者Kluenemann, T. / Preuss, A. / Layer, G. / Blankenfeldt, W.
資金援助 ドイツ, 2件
組織認可番号国
German Research FoundationGRK 2223 ドイツ
German Research FoundationLA 2412 ドイツ
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2019
タイトル: Crystal Structure of Dihydro-Heme d1Dehydrogenase NirN from Pseudomonas aeruginosa Reveals Amino Acid Residues Essential for Catalysis.
著者: Klunemann, T. / Preuss, A. / Adamczack, J. / Rosa, L.F.M. / Harnisch, F. / Layer, G. / Blankenfeldt, W.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2011
タイトル: Data processing and analysis with the autoPROC toolbox.
著者: Vonrhein, C. / Flensburg, C. / Keller, P. / Sharff, A. / Smart, O. / Paciorek, W. / Womack, T. / Bricogne, G.
履歴
登録2019年5月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年6月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年8月28日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年10月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_validate_chiral / software / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _software.name / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytochrome c
B: Cytochrome c
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)114,4937
ポリマ－111,7402
非ポリマー2,7525
水5,765320
1
A: Cytochrome c
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,2914
ポリマ－55,8701
非ポリマー1,4213
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Cytochrome c
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,2013
ポリマ－55,8701
非ポリマー1,3312
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)191.382, 54.590, 132.135
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 131.935, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質 Cytochrome c / Nitrite reductase


分子量: 55870.238 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
遺伝子: nirS_1, EFK27_00335, EGV95_02815, IPC669_26980, PAERUG_E15_London_28_01_14_07983, RW109_RW109_01113
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: A0A0C7D2F2, UniProt: Q9I609*PLUS, nitrite reductase (NO-forming)
#2: 化合物 ChemComp-BU3 / (R,R)-2,3-BUTANEDIOL / (2R,3R)-2,3-ブタンジオ-ル


分子量: 90.121 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O2
#3: 化合物 ChemComp-DHE / HEME D


分子量: 712.484 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O10
#4: 化合物 ChemComp-HEC / HEME C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 320 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.47 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 13.2%(w/v) PEG3350, 4.33% (w/v) PGA200-400 0.1 M Tris/HCl pH 7.9

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年6月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.36→45.09 Å / Num. obs: 42328 / % possible obs: 99.91 % / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 38.92 Å2 / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.13 / Rpim(I) all: 0.053 / Net I/σ(I): 10.6
反射 シェル解像度: 2.36→2.44 Å / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.8 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 4185 / CC1/2: 0.824 / Rpim(I) all: 0.354 / % possible all: 99.93

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Cootモデル構築
PHENIXdev_3112精密化
autoPROCデータ収集
Aimlessデータスケーリング
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 2.36→45.09 Å / SU ML: 0.2819 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.9406
Rfactor反射数%反射
Rfree0.235 2152 5.08 %
Rwork0.1915 --
obs0.1938 42338 99.92 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 59.91 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.36→45.09 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7153 0 190 320 7663
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00227752
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.582310658
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04481116
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00441392
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.78384529
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.36-2.410.31821440.26082663X-RAY DIFFRACTION99.89
2.41-2.470.25941560.2552636X-RAY DIFFRACTION99.86
2.47-2.540.30581360.25082636X-RAY DIFFRACTION99.96
2.54-2.610.28351310.24712699X-RAY DIFFRACTION100
2.61-2.70.2711550.23432632X-RAY DIFFRACTION99.86
2.7-2.80.29221390.23192645X-RAY DIFFRACTION99.96
2.8-2.910.27281460.22232693X-RAY DIFFRACTION100
2.91-3.040.25521370.22272673X-RAY DIFFRACTION99.96
3.04-3.20.26071560.22342661X-RAY DIFFRACTION99.89
3.2-3.40.251250.21022693X-RAY DIFFRACTION99.93
3.4-3.660.26141260.18332703X-RAY DIFFRACTION99.96
3.66-4.030.21371160.17772671X-RAY DIFFRACTION99.96
4.03-4.610.20261780.14972676X-RAY DIFFRACTION99.83
4.61-5.810.20731500.1452707X-RAY DIFFRACTION99.93
5.81-45.090.18331570.17242798X-RAY DIFFRACTION99.83
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.85593395561-0.1746551539490.5616914398763.09171219355-2.635210746436.607690475840.469079489604-0.400926162194-0.624943550586-0.0140898367254-0.1351710932640.07857309649950.876923889260.559345086141-0.3058372309840.5235857813020.161907183053-0.1008640312020.440436205147-0.01058101382310.43880102475853.6885898631-9.5497929348184.3264192422
22.417662937970.3620101353330.4642443256141.68093608029-0.1485538219412.302159266050.0580362688377-0.307619835141-0.09522970496720.08052965819890.0725965069760.04411602627210.230148906087-0.273039437157-0.0922941427550.2511279669370.02002651650930.01409473725660.2620432881430.04933651958480.24008846373134.19087837163.9570620292570.528783959
34.458114203821.17344681517-2.952456755727.479614607241.63123051432.87970133009-0.128586279998-0.7995083689540.7219292661310.8732582478220.32245397325-0.529014808324-0.9375336935090.0340574694402-0.1206891755460.6273649992850.0430650011166-0.05674099171060.63744980017-0.1108466219830.58055008792934.639289930623.368940803782.8308859495
42.510887398460.613944222614-0.4160330181732.712018286310.5119460865073.387856591690.213403472932-0.7449900737460.09083236316380.601530685729-0.1726505327680.144539087139-0.197558546629-0.633059389242-0.04080727227830.509006237649-0.02100235464780.07778560237190.9030319967060.06794296921640.36637929292424.840394967110.187718616992.4868970613
55.370527305970.80850449988-0.5190936826966.17877997847-1.092051846952.668278202920.267645601540.3704585497640.05571104349670.26675568976-0.376102017637-0.385092786591-0.7587268158140.6674836961370.07239831659580.510853476718-0.175135940636-0.05139530757050.5591249580830.1334104124030.33075066818533.137127906918.780814219.8374817266
61.059363997030.143665766557-0.1892182169230.763983636160.3288764152281.78143991205-0.0423230303460.153932954870.0930454940845-0.09286511164760.03991542812580.116847989098-0.1652946251160.00702153535276-0.01061235632210.21634898205-0.0352924891496-0.02374506653480.217688281080.06274156195320.32509752893426.60292328717.9643096651238.0636440296
72.592614169830.225653308989-1.861889308155.943921378621.277914357151.92583555546-0.1570167487140.957477218248-0.466200408623-0.41996966594-0.0535007014873-0.1230754070230.600381265803-0.1078781402090.0312250499850.526900189899-0.0803514674732-0.05818126853860.550148814848-0.03568985048240.47570246514118.7404685078-13.149044358531.0925262141
83.114039154770.04351957204690.3993867771383.423803318460.707890378392.69121609456-0.208705131920.570858510856-0.0363389378677-0.56749801059-0.1512470461670.386543604485-0.0564773124183-0.2145015137340.3263226068710.313989253299-0.0735734185252-0.09249072952810.5475824956640.06091629799940.4788070329984.79408663493-0.34644551822729.1346745002
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 4 through 85 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 86 through 281 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 282 through 334 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 335 through 468 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 3 through 48 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 49 through 281 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 282 through 332 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 333 through 468 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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