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万見
- PDB-2orf: Directing Macromolecular Conformation Through Halogen Bonds -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2orf
タイトルDirecting Macromolecular Conformation Through Halogen Bonds
要素
  • DNA (5'-D(*CP*CP*GP*AP*TP*AP*CP*CP*GP*G)-3')
  • DNA (5'-D(*CP*CP*GP*GP*TP*AP*(BRU)P*CP*GP*G)-3')
キーワードDNA / DNA Holliday Junction / Halogen Bond
機能・相同性DNA
機能・相同性情報
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Voth, A.R. / Hays, F.A. / Ho, P.S.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2007
タイトル: Directing macromolecular conformation through halogen bonds.
著者: Voth, A.R. / Hays, F.A. / Ho, P.S.
履歴
登録2007年2月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年3月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(*CP*CP*GP*GP*TP*AP*(BRU)P*CP*GP*G)-3')
B: DNA (5'-D(*CP*CP*GP*AP*TP*AP*CP*CP*GP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,1793
ポリマ－6,1562
非ポリマー231
水1,820101
1
A: DNA (5'-D(*CP*CP*GP*GP*TP*AP*(BRU)P*CP*GP*G)-3')
B: DNA (5'-D(*CP*CP*GP*AP*TP*AP*CP*CP*GP*G)-3')
ヘテロ分子

A: DNA (5'-D(*CP*CP*GP*GP*TP*AP*(BRU)P*CP*GP*G)-3')
B: DNA (5'-D(*CP*CP*GP*AP*TP*AP*CP*CP*GP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,3586
ポリマ－12,3124
非ポリマー462
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_556-x,y,-z+11
単位格子
Length a, b, c (Å)65.890, 24.207, 37.294
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 111.02, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-83-

HOH

21B-28-

HOH

詳細The second half of the biological assembly (the Holliday junction) is generated by the two fold rotation: -x, y, -z+1

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*CP*GP*GP*TP*AP*(BRU)P*CP*GP*G)-3')


分子量: 3125.874 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Synthetically prepared decanucleotide sequences.
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*CP*GP*AP*TP*AP*CP*CP*GP*G)-3')


分子量: 3029.994 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 101 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.04 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 25 mM sodium cacodylate, 10 mM calcium chloride, 1.0 mM spermine, and 0.35 mM of each DNA strand., pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1sodium cacodylate11
2calcium chloride11
3spermine11
4sodium cacodylate12
5calcium chloride12
6spermine12

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データ収集

回折平均測定温度: 133 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年1月3日 / 詳細: Osmic mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→20.2 Å / Num. all: 4850 / Num. obs: 4350 / % possible obs: 89.7 % / 冗長度: 1.9 % / Biso Wilson estimate: 9.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.032
反射 シェル解像度: 1.85→1.92 Å / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.093 / Mean I/σ(I) obs: 7.7 / % possible all: 61.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
EPMR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1P54

1p54


解像度: 1.85→20.16 Å / Rfactor Rfree error: 0.012 / Data cutoff high absF: 62751.6 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.249 441 10.4 %RANDOM
Rwork0.223 ---
obs0.223 4247 87.6 %-
all-4850 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 139.416 Å2 / ksol: 0.380974 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 16.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.23 Å20 Å2-2.48 Å2
2--7.27 Å20 Å2
3----6.05 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.31 Å0.26 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.35 Å0.28 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→20.16 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 404 1 101 506
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d19.7
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.87
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 1.85→1.97 Å / Rfactor Rfree error: 0.043 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.342 63 12.7 %
Rwork0.302 432 -
obs--62.5 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1dna-rna_rep.paramdna-rna.top
X-RAY DIFFRACTION2ion.paramdna-rna.link
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION4ion.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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