PDB-2opi: Crystal Structure of L-fuculose-1-phosphate aldolase from Bactero...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2opi

タイトル

Crystal Structure of L-fuculose-1-phosphate aldolase from Bacteroides thetaiotaomicron

要素

L-fuculose-1-phosphate aldolase

キーワード

LYASE / Bacteroides thetaiotaomicron / L-fuculose-1-phosphate aldolase / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG

機能・相同性

機能・相同性情報

L-fuculose-phosphate aldolase / L-fuculose-phosphate aldolase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Chang, C. / Volkart, L. / Abdullah, J. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of L-fuculose-1-phosphate aldolase from Bacteroides thetaiotaomicron
著者: Chang, C. / Volkart, L. / Abdullah, J. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2007年1月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年2月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2007年11月27日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Derived calculations ...Advisory / Derived calculations / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.3	2023年12月27日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

Remark 300

BIOMOLECULE: 1 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 2 ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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その他	その他のダウンロード

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アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/op/2opi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/op/2opi	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	3rep-d 2dbq-d 6mib-d 4hh1-2 3iw7-d 3vse-1 3e5w-2 4gzm-d 3cgg-d 3vse-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: APC81501

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: L-fuculose-1-phosphate aldolase

B: L-fuculose-1-phosphate aldolase

ヘテロ分子

47.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

2

A: L-fuculose-1-phosphate aldolase

B: L-fuculose-1-phosphate aldolase

ヘテロ分子

A: L-fuculose-1-phosphate aldolase

B: L-fuculose-1-phosphate aldolase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
95.1 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	115.934, 115.934, 73.722
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

#1: タンパク質	L-fuculose-1-phosphate aldolase 分子量: 23683.176 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア) 株: VPI-5482 / 遺伝子: fucA, BT_1274 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) derivatives / 参照: UniProt: Q9RQ12, L-fuculose-phosphate aldolase
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 40 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.02 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.24 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 0.2 M Ammonium sulfate, 0.1 M Sodium citrate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97923 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年10月21日
放射	モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97923 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→50 Å / Num. all: 20166 / Num. obs: 19838 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 9.2 % / R_merge(I) obs: 0.14 / Net I/σ(I): 23.81
反射シェル	解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 4.6 % / R_merge(I) obs: 0.745 / Mean I/σ(I) obs: 1.67 / Num. unique all: 1835 / % possible all: 92.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
SBC-Collect		データ収集
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.5→45.55 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.935 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.914 / SU B: 17.416 / SU ML: 0.193 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.438 / ESU R Free: 0.278 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25955	1002	5.1 %	RANDOM
R_work	0.22499	-	-	-
all	0.22667	18536	-	-
obs	0.22667	18536	96.93 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 62.656 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.15 Å²	0.08 Å²	0 Å²
2-	-	0.15 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.23 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→45.55 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3178	0	10	40	3228

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.022	3255
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.294	1.963	4422
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.829	5	410
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	41.732	24.672	137
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.335	15	548
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.593	15	14
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.094	0.2	504
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	2436
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.22	0.2	1523
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.31	0.2	2244
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.167	0.2	108
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.187	0.2	58
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.162	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.757	1.5	2106
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.987	2	3329
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.518	3	1291
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.31	4.5	1093
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.5→2.56 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.354	74	-
R_work	0.3	1246	-
obs	-	-	90.85 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	9.62	-2.1419	-3.351	6.4361	0.3637	4.6237	-0.102	0.076	0.0219	-0.0663	0.1828	-0.6333	0.0277	0.5276	-0.0808	-0.1679	-0.069	-0.0167	-0.044	-0.0408	-0.0362	25.561	84.543	12.934
2	1.232	-0.2608	-0.4928	2.0516	0.2344	0.8067	0.0215	-0.0352	-0.0096	-0.1891	0.0163	-0.1575	-0.1176	0.0529	-0.0378	-0.0926	-0.0013	0.0317	-0.1326	-0.0097	-0.1211	13.307	80.913	8.252
3	1.2775	0.3154	-0.5747	0.6882	-0.1361	1.0503	-0.124	0.1869	-0.1548	-0.0634	0.0143	-0.0079	0.1472	-0.0397	0.1096	-0.0745	0.0161	0.0051	-0.1207	-0.0189	-0.1004	7.796	77.942	7.365
4	2.3137	-1.9902	0.6279	3.928	-0.1379	0.8008	0.0654	0.1251	0.3254	-0.3696	-0.1214	-0.0709	-0.3375	-0.0916	0.0561	0.0072	0.0193	-0.0277	-0.1835	0.0129	-0.1525	2.89	97.782	5.62
5	10.0053	-5.0293	3.121	4.5278	0.9849	4.2347	-0.7411	-0.4906	0.4727	1.6689	0.3852	-0.6299	-0.4171	0.9524	0.3559	0.2094	-0.0243	-0.0906	0.0473	0.0859	0.1148	25.575	88.714	40.4
6	3.6707	-0.222	-0.4239	1.069	-0.3392	0.7447	-0.0067	-0.3139	-0.1679	0.571	-0.0663	-0.1318	0.0613	0.0655	0.073	0.0902	0.0045	-0.0826	-0.186	0.0308	-0.1289	14.927	83.965	44.602
7	1.8645	-0.4177	-0.1266	1.6337	0.48	1.0956	-0.2011	-0.2278	-0.1024	0.5279	0.0696	-0.1301	-0.0373	0.0337	0.1316	0.0853	0.0025	-0.0457	-0.1455	0.0314	-0.183	7.94	83.199	46.891
8	2.0338	-0.5469	0.4681	2.0434	0.7558	2.7505	-0.0497	0.0988	-0.1204	0.1817	-0.0089	0.1388	0.0888	0.0446	0.0585	-0.1008	-0.0301	0.0267	-0.1827	0.0314	-0.1376	3.275	81.208	27.032

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	1 - 21	1 - 21
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	45 - 54	45 - 54
3	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	22 - 44	22 - 44
4	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	55 - 67	55 - 67
5	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	87 - 97	87 - 97
6	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	125 - 132	125 - 132
7	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	150 - 165	150 - 165
8	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	68 - 86	68 - 86
9	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	98 - 106	98 - 106
10	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	133 - 149	133 - 149
11	X-RAY DIFFRACTION	4	A	A	107 - 124	107 - 124
12	X-RAY DIFFRACTION	4	A	A	166 - 203	166 - 203
13	X-RAY DIFFRACTION	5	B	B	1 - 21	1 - 21
14	X-RAY DIFFRACTION	5	B	B	45 - 54	45 - 54
15	X-RAY DIFFRACTION	6	B	B	22 - 44	22 - 44
16	X-RAY DIFFRACTION	6	B	B	55 - 67	55 - 67
17	X-RAY DIFFRACTION	6	B	B	87 - 97	87 - 97
18	X-RAY DIFFRACTION	6	B	B	125 - 132	125 - 132
19	X-RAY DIFFRACTION	6	B	B	159 - 165	159 - 165
20	X-RAY DIFFRACTION	7	B	B	68 - 86	68 - 86
21	X-RAY DIFFRACTION	7	B	B	98 - 106	98 - 106
22	X-RAY DIFFRACTION	7	B	B	133 - 149	133 - 149
23	X-RAY DIFFRACTION	8	B	B	107 - 124	107 - 124
24	X-RAY DIFFRACTION	8	B	B	166 - 203	166 - 203

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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