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万見
- PDB-2oom: NMR structure of a kissing complex formed between the TAR RNA ele... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2oom
タイトルNMR structure of a kissing complex formed between the TAR RNA element of HIV-1 and a LNA/RNA aptamer
要素
  • RNA 16-mer
  • TAR RNA element of HIV-1
キーワードRNA / LNA / Locked Nucleic Acid / NMR / Aptamer / TAR / HIV-1
機能・相同性RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
手法溶液NMR
データ登録者Lebars, I. / Richard, T. / Di Primo, C. / Toulme, J.J.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2007
タイトル: NMR structure of a kissing complex formed between the TAR RNA element of HIV-1 and a LNA-modified aptamer
著者: Lebars, I. / Richard, T. / Di Primo, C. / Toulme, J.J.
履歴
登録2007年1月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年1月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22022年3月16日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_spectrometer ...database_2 / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_ref_seq
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA 16-mer
B: TAR RNA element of HIV-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,3042
ポリマ－10,3042
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)12 / 100The submitted structures are the 12 structures with zero violation on NOE distance, dihedral and with the lowest energy.
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: RNA鎖 RNA 16-mer


分子量: 5168.134 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: prepared by in vitro transcription with T7 RNA polymerase
#2: RNA鎖 TAR RNA element of HIV-1


分子量: 5136.132 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: purchased from Eurogentec

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1142D NOESY
1242D TOCSY
134DQF-COSY
146HMQC
1563D HMQC-NOESY
1663D (H)CCH-TOCSY
1743D NOESY-NOESY
183NOESY
195HSQC
21032D NOESY
NMR実験の詳細Text: The structure was determined using standard homonuclear and heteronuclear methods

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11 mM unlabeled TAR; 10mM phosphate buffer pH 6.490% H2O/10% D2O
21 mM unlabeled aptamer; 10mM phosphate buffer pH 6.490% H2O/10% D2O
31 mM unlabeled TAR/aptamer complex; 10mM phosphate buffer pH 6.490% H2O/10% D2O
41 mM unlabeled TAR/aptamer complex; 10mM phosphate buffer pH 6.4100% D2O
51 mM 15N,13C TAR/unlabeled,aptamer complex; 10mM phosphate buffer pH 6.490% H2O/10% D2O
61 mM 15N,13C TAR/unlabeled,aptamer complex; 10mM phosphate100% D2O
試料状態
Conditions-IDpH圧 (kPa)温度 (K)
16.4ambient 288 K
26.4ambient 277 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 500 MHz

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解析

NMR software名称: CNS / バージョン: 1.1 / 開発者: Brunger A. T. etall / 分類: 精密化
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: The submitted structures are the 12 structures with zero violation on NOE distance, dihedral and with the lowest energy.
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 12

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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