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- PDB-2oog: Crystal structure of glycerophosphoryl diester phosphodiesterase ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2oog
タイトルCrystal structure of glycerophosphoryl diester phosphodiesterase from Staphylococcus aureus
要素Glycerophosphoryl diester phosphodiesterase
キーワードHYDROLASE / PHOSPHATASE / GLYCEROPHOSPHORYL DIESTER PHOSPHODIESTERASE / STRUCTURAL GENOMICS / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / PSI / New York SGX Research Center for Structural Genomics / NYSGRC / NYSGXRC
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphoric diester hydrolase activity / lipid metabolic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Glycerophosphodiester phosphodiesterase domain / Glycerophosphoryl diester phosphodiesterase family / GP-PDE domain profile. / Phosphatidylinositol (PI) phosphodiesterase / PLC-like phosphodiesterase, TIM beta/alpha-barrel domain superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Glycerophosphoryl diester phosphodiesterase / Glycerophosphoryl diester phosphodiesterase
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus subsp. aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Patskovsky, Y. / Fedorov, E. / Toro, R. / Sauder, J.M. / Smith, D. / Freeman, J. / Maletic, M. / Powell, A. / Gheyi, T. / Wasserman, S.R. ...Patskovsky, Y. / Fedorov, E. / Toro, R. / Sauder, J.M. / Smith, D. / Freeman, J. / Maletic, M. / Powell, A. / Gheyi, T. / Wasserman, S.R. / Burley, S.K. / Almo, S.C. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Glycerophosphoryl Diester Phosphodiesterase from Staphylococcus Aureus
著者: Patskovsky, Y. / Sauder, J.M. / Smith, D. / Freeman, J. / Maletic, M. / Powell, A. / Gheyi, T. / Wasserman, S.R. / Burley, S.K. / Almo, S.C.
履歴
登録2007年1月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年2月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12007年11月14日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32018年11月14日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.identifier_ORCID
改定 1.42021年2月3日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author ...audit_author / citation_author / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52023年8月30日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glycerophosphoryl diester phosphodiesterase
B: Glycerophosphoryl diester phosphodiesterase
C: Glycerophosphoryl diester phosphodiesterase
D: Glycerophosphoryl diester phosphodiesterase
E: Glycerophosphoryl diester phosphodiesterase
F: Glycerophosphoryl diester phosphodiesterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)204,41057
ポリマ－199,8506
非ポリマー4,56051
水16,051891
1
A: Glycerophosphoryl diester phosphodiesterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,21411
ポリマ－33,3081
非ポリマー90610
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Glycerophosphoryl diester phosphodiesterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,39113
ポリマ－33,3081
非ポリマー1,08212
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Glycerophosphoryl diester phosphodiesterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,6545
ポリマ－33,3081
非ポリマー3464
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Glycerophosphoryl diester phosphodiesterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,29912
ポリマ－33,3081
非ポリマー99011
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: Glycerophosphoryl diester phosphodiesterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,8347
ポリマ－33,3081
非ポリマー5266
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: Glycerophosphoryl diester phosphodiesterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,0189
ポリマ－33,3081
非ポリマー7108
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)156.312, 183.546, 176.790
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D
51E
61F
12A
22B
32C
42D
52E
62F

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Refine code: 1

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLNGLNLEULEUAA44 - 22814 - 198
21GLNGLNLEULEUBB44 - 22814 - 198
31GLNGLNLEULEUCC44 - 22814 - 198
41GLNGLNLEULEUDD44 - 22814 - 198
51GLNGLNLEULEUEE44 - 22814 - 198
61GLNGLNLEULEUFF44 - 22814 - 198
12ILEILEILEILEAA245 - 308215 - 278
22ILEILEILEILEBB245 - 308215 - 278
32ILEILEILEILECC245 - 308215 - 278
42ILEILEILEILEDD245 - 308215 - 278
52ILEILEILEILEEE245 - 308215 - 278
62ILEILEILEILEFF245 - 308215 - 278

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: タンパク質
Glycerophosphoryl diester phosphodiesterase


分子量: 33308.273 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus subsp. aureus (黄色ブドウ球菌)
生物種: Staphylococcus aureus / 株: N315 / 遺伝子: glpQ, SA0820 / プラスミド: BC-pSGX3(BC) / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q7A6H7, UniProt: A0A0H3K7S1*PLUS, glycerophosphodiester phosphodiesterase
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物...
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 39 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 891 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.3 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: O.1M HEPES PH 7.5, 25% PEG 3350, 0.2M AMMONIUM SULFATE, 10% GLYCEROL, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.9794 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2006年11月16日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. all: 124065 / Num. obs: 124065 / % possible obs: 97.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.7 % / Biso Wilson estimate: 47.63 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.058 / Rsym value: 0.054 / Net I/σ(I): 8
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.32 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique all: 12275 / Rsym value: 0.36 / % possible all: 97.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER位相決定
MOLREP位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1YDY

1ydy


解像度: 2.2→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.914 / SU B: 6.714 / SU ML: 0.172 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.254 / ESU R Free: 0.219 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28044 3742 3 %RANDOM
Rwork0.23484 ---
obs0.2362 120201 97.16 %-
all-120201 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 56.26 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.89 Å20 Å20 Å2
2--1.05 Å20 Å2
3---0.84 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13120 0 270 891 14281
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.02113875
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1331.95718724
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg10.81451669
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg41.27224.89730
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.704152495
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.1051563
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1620.21957
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0210513
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1370.35960
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2920.59016
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1720.51534
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0140.51
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1320.348
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2170.521
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it7.13938270
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it9.072413074
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it11.08156221
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it14.21875614
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
11A1421tight positional0.130.2
12B1421tight positional0.140.2
13C1421tight positional0.120.2
14D1421tight positional0.120.2
15E1421tight positional0.160.2
16F1421tight positional0.140.2
21A515tight positional0.110.2
22B515tight positional0.10.2
23C515tight positional0.140.2
24D515tight positional0.090.2
25E515tight positional0.120.2
26F515tight positional0.110.2
11A1421tight thermal9.2220
12B1421tight thermal13.5920
13C1421tight thermal14.1920
14D1421tight thermal8.0420
15E1421tight thermal13.2920
16F1421tight thermal8.2220
21A515tight thermal9.7720
22B515tight thermal19.2720
23C515tight thermal17.9120
24D515tight thermal11.5220
25E515tight thermal17.5520
26F515tight thermal9.1420
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.26 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.348 265 -
Rwork0.267 8619 -
obs-8619 96.32 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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