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- PDB-2oog: Crystal structure of glycerophosphoryl diester phosphodiesterase ... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 2oog | ||||||
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Title | Crystal structure of glycerophosphoryl diester phosphodiesterase from Staphylococcus aureus | ||||||
![]() | Glycerophosphoryl diester phosphodiesterase | ||||||
![]() | HYDROLASE / PHOSPHATASE / GLYCEROPHOSPHORYL DIESTER PHOSPHODIESTERASE / STRUCTURAL GENOMICS / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / PSI / New York SGX Research Center for Structural Genomics / NYSGRC / NYSGXRC | ||||||
Function / homology | ![]() phosphoric diester hydrolase activity / lipid metabolic process / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Patskovsky, Y. / Fedorov, E. / Toro, R. / Sauder, J.M. / Smith, D. / Freeman, J. / Maletic, M. / Powell, A. / Gheyi, T. / Wasserman, S.R. ...Patskovsky, Y. / Fedorov, E. / Toro, R. / Sauder, J.M. / Smith, D. / Freeman, J. / Maletic, M. / Powell, A. / Gheyi, T. / Wasserman, S.R. / Burley, S.K. / Almo, S.C. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC) | ||||||
![]() | ![]() Title: Crystal Structure of Glycerophosphoryl Diester Phosphodiesterase from Staphylococcus Aureus Authors: Patskovsky, Y. / Sauder, J.M. / Smith, D. / Freeman, J. / Maletic, M. / Powell, A. / Gheyi, T. / Wasserman, S.R. / Burley, S.K. / Almo, S.C. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 367 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 300.7 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 1ydyS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | |
Other databases |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: 1 / Refine code: 1
NCS ensembles :
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Components
#1: Protein | Mass: 33308.273 Da / Num. of mol.: 6 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Species: Staphylococcus aureus / Strain: N315 / Gene: glpQ, SA0820 / Plasmid: BC-pSGX3(BC) / Species (production host): Escherichia coli / Production host: ![]() ![]() References: UniProt: Q7A6H7, UniProt: A0A0H3K7S1*PLUS, glycerophosphodiester phosphodiesterase #2: Chemical | ChemComp-ZN / #3: Chemical | ChemComp-SO4 / #4: Chemical | ChemComp-GOL / #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.19 Å3/Da / Density % sol: 61.3 % |
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Crystal grow | Temperature: 294 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 Details: O.1M HEPES PH 7.5, 25% PEG 3350, 0.2M AMMONIUM SULFATE, 10% GLYCEROL, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: MAR CCD 165 mm / Detector: CCD / Date: Nov 16, 2006 / Details: MIRRORS |
Radiation | Monochromator: MIRRORS / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9794 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.2→50 Å / Num. all: 124065 / Num. obs: 124065 / % possible obs: 97.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 5.7 % / Biso Wilson estimate: 47.63 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.058 / Rsym value: 0.054 / Net I/σ(I): 8 |
Reflection shell | Resolution: 2.2→2.28 Å / Redundancy: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.32 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique all: 12275 / Rsym value: 0.36 / % possible all: 97.1 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB ENTRY 1YDY Resolution: 2.2→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.914 / SU B: 6.714 / SU ML: 0.172 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.254 / ESU R Free: 0.219 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 56.26 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.2→20 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS refinement shell | Resolution: 2.2→2.26 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Total num. of bins used: 20
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