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- PDB-2onm: Human Mitochondrial Aldehyde Dehydrogenase Asian Variant, ALDH2*2... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2onm
タイトルHuman Mitochondrial Aldehyde Dehydrogenase Asian Variant, ALDH2*2, complexed with NAD+
要素Aldehyde dehydrogenase, mitochondrial precursor
キーワードOXIDOREDUCTASE / ALDH / NAD / Rossmann Fold
機能・相同性
機能・相同性情報


Metabolism of serotonin / regulation of dopamine biosynthetic process / regulation of serotonin biosynthetic process / phenylacetaldehyde dehydrogenase (NAD+) activity / nitroglycerin metabolic process / aldehyde catabolic process / alcohol metabolic process / aldehyde dehydrogenase [NAD(P)+] activity / ethanol catabolic process / Ethanol oxidation ...Metabolism of serotonin / regulation of dopamine biosynthetic process / regulation of serotonin biosynthetic process / phenylacetaldehyde dehydrogenase (NAD+) activity / nitroglycerin metabolic process / aldehyde catabolic process / alcohol metabolic process / aldehyde dehydrogenase [NAD(P)+] activity / ethanol catabolic process / Ethanol oxidation / aldehyde dehydrogenase (NAD+) / carboxylesterase activity / aldehyde dehydrogenase (NAD+) activity / Smooth Muscle Contraction / Mitochondrial protein degradation / NAD binding / carbohydrate metabolic process / electron transfer activity / mitochondrial matrix / mitochondrion / extracellular exosome
類似検索 - 分子機能
Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde dehydrogenase, glutamic acid active site / Aldehyde dehydrogenases glutamic acid active site. / Aldehyde dehydrogenase, cysteine active site / Aldehyde dehydrogenases cysteine active site. / Aldehyde dehydrogenase domain / Aldehyde dehydrogenase family ...Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde dehydrogenase, glutamic acid active site / Aldehyde dehydrogenases glutamic acid active site. / Aldehyde dehydrogenase, cysteine active site / Aldehyde dehydrogenases cysteine active site. / Aldehyde dehydrogenase domain / Aldehyde dehydrogenase family / Aldehyde dehydrogenase, C-terminal / Aldehyde dehydrogenase, N-terminal / Aldehyde/histidinol dehydrogenase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GUANIDINE / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / Aldehyde dehydrogenase, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Larson, H.N. / Hurley, T.D.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2007
タイトル: Structural and functional consequences of coenzyme binding to the inactive asian variant of mitochondrial aldehyde dehydrogenase: roles of residues 475 and 487.
著者: Larson, H.N. / Zhou, J. / Chen, Z. / Stamler, J.S. / Weiner, H. / Hurley, T.D.
履歴
登録2007年1月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年3月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32014年11月12日Group: Structure summary
改定 1.42021年10月20日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52023年8月30日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aldehyde dehydrogenase, mitochondrial precursor
B: Aldehyde dehydrogenase, mitochondrial precursor
C: Aldehyde dehydrogenase, mitochondrial precursor
D: Aldehyde dehydrogenase, mitochondrial precursor
E: Aldehyde dehydrogenase, mitochondrial precursor
F: Aldehyde dehydrogenase, mitochondrial precursor
G: Aldehyde dehydrogenase, mitochondrial precursor
H: Aldehyde dehydrogenase, mitochondrial precursor
I: Aldehyde dehydrogenase, mitochondrial precursor
J: Aldehyde dehydrogenase, mitochondrial precursor
K: Aldehyde dehydrogenase, mitochondrial precursor
L: Aldehyde dehydrogenase, mitochondrial precursor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)662,77875
ポリマ－653,99612
非ポリマー8,78263
水34,8051932
1
A: Aldehyde dehydrogenase, mitochondrial precursor
B: Aldehyde dehydrogenase, mitochondrial precursor
C: Aldehyde dehydrogenase, mitochondrial precursor
D: Aldehyde dehydrogenase, mitochondrial precursor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)220,93324
ポリマ－217,9994
非ポリマー2,93420
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area27470 Å2
ΔGint-137 kcal/mol
Surface area57550 Å2
手法PISA
2
E: Aldehyde dehydrogenase, mitochondrial precursor
F: Aldehyde dehydrogenase, mitochondrial precursor
G: Aldehyde dehydrogenase, mitochondrial precursor
H: Aldehyde dehydrogenase, mitochondrial precursor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)221,59431
ポリマ－217,9994
非ポリマー3,59627
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area28630 Å2
ΔGint-134 kcal/mol
Surface area57280 Å2
手法PISA
3
I: Aldehyde dehydrogenase, mitochondrial precursor
J: Aldehyde dehydrogenase, mitochondrial precursor
K: Aldehyde dehydrogenase, mitochondrial precursor
L: Aldehyde dehydrogenase, mitochondrial precursor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)220,25120
ポリマ－217,9994
非ポリマー2,25216
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area25560 Å2
ΔGint-132 kcal/mol
Surface area57970 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)96.201, 104.854, 162.359
Angle α, β, γ (deg.)78.99, 82.14, 88.55
Int Tables number1
Space group name H-MP1
詳細The biological unit is a tetramer. There are 3 biological untils in the assymmetric unit. The biological unit 1 consists of chain(s) A, B, C, D. The biological unit 2 consists of chain(s) E, F, G, H. The biological unit 3 consists of chain(s) I, J, K, L.

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要素

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タンパク質 , 1種, 12分子 ABCDEFGHIJKL

#1: タンパク質
Aldehyde dehydrogenase, mitochondrial precursor / ALDH class 2 / ALDHI / ALDH-E2


分子量: 54499.695 Da / 分子数: 12 / 変異: E487K / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ALDH2, ALDM / プラスミド: pT-7-7 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P05091, aldehyde dehydrogenase (NAD+)

-
非ポリマー , 6種, 1995分子

#2: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物
ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物...
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 25 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物
ChemComp-GAI / GUANIDINE / グアニジン


分子量: 59.070 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH5N3
#6: 化合物
ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1932 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.53 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.8
詳細: 100 mM ACES (N-[2-Acetamido]-2-aminoethane sulfonic acid), 10mM MgCl2, 100 mM Guanidine HCl, 15% w/v PEG 6000, 8mM DTT, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1.072 Å
検出器タイプ: NOIR-1 / 検出器: CCD / 日付: 2005年3月29日
詳細: Rosenbaum-Rock monochromator 1: high-resolution double-crystal sagittal focusing, Rosenbaum-Rock monochromator 2: double crystal, Rosenbaum-Rock vertical focusing mirror
放射モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.072 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→48.95 Å / Num. all: 213379 / Num. obs: 208258 / % possible obs: 97.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 1.95 % / Biso Wilson estimate: 50.682 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.058 / Χ2: 1.01 / Net I/σ(I): 9.1 / Scaling rejects: 3067
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 1.95 % / Rmerge(I) obs: 0.325 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. measured all: 40530 / Num. unique all: 20681 / Χ2: 1.08 / % possible all: 97

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
d*TREK9.2LDzdata processing
CNS1.1精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
CrystalClear(MSC/RIGAKU)データ収集
CrystalClear(MSC/RIGAKU)データ削減
d*TREKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1O05

1o05


解像度: 2.5→44.01 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / FOM work R set: 0.791 / Data cutoff high absF: 2764167 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.271 10463 5.1 %RANDOM
Rwork0.23 ---
all0.233 213766 --
obs0.233 206285 96.5 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 30.95 Å2 / ksol: 0.307 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 58.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.01 Å20 Å2-2.83 Å2
2---5.48 Å20.78 Å2
3---9.49 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.42 Å0.34 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.48 Å0.41 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→44.01 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数45576 0 616 1932 48124
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.7
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.19
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.261.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.122
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.852
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.812.5
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 50

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection obs
2.5-2.520.3931700.34732243394
2.52-2.530.3492350.33538944129
2.53-2.550.3632110.31339264137
2.55-2.570.332090.29439144123
2.57-2.590.3431910.29839444135
2.59-2.610.3282200.29439334153
2.61-2.630.3421980.29739054103
2.63-2.650.3361970.29339554152
2.65-2.670.3482220.339564178
2.67-2.690.3562090.30939204129
2.69-2.720.3332280.29738964124
2.72-2.740.3472040.29539234127
2.74-2.760.3082200.27540024222
2.76-2.790.321940.27238824076
2.79-2.820.3342210.2739584179
2.82-2.840.3252190.26839174136
2.84-2.870.2932020.25539574159
2.87-2.90.3592240.26739414165
2.9-2.930.3062080.24439874195
2.93-2.960.3112100.25338914101
2.96-30.3272060.25140344240
3-3.030.2651780.21639074085
3.03-3.070.31930.24439994192
3.07-3.110.3051970.2439604157
3.11-3.150.3191940.24239184112
3.15-3.190.2872190.23539994218
3.19-3.240.2762250.23838824107
3.24-3.290.2832160.23539804196
3.29-3.340.3052050.24439544159
3.34-3.390.2971910.23539714162
3.39-3.450.252130.21739494162
3.45-3.510.2621960.22340154211
3.51-3.580.3491630.3236983861
3.58-3.650.3832000.33837893989
3.65-3.730.4041990.33438044003
3.73-3.820.2932210.24637553976
3.82-3.920.2672280.21339384166
3.92-4.020.2522370.21538954132
4.02-4.140.2552210.20139314152
4.14-4.270.2262270.18739414168
4.27-4.430.2262400.18739654205
4.43-4.60.222390.18439524191
4.6-4.810.1931840.16440204204
4.81-5.070.1922330.15639234156
5.07-5.380.2272130.18339844197
5.38-5.80.2611840.21140104194
5.8-6.380.2841940.23439834177
6.38-7.30.2212000.20339654165
7.3-9.180.1922470.16539034150
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1protein.param
X-RAY DIFFRACTION2water.param
X-RAY DIFFRACTION3parameter.nad
X-RAY DIFFRACTION4ion.param
X-RAY DIFFRACTION5cro-gnd-egy.par

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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