PDB-2olp: Structure and ligand selection of hemoglobin II from Lucina pectinata

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2olp

タイトル

Structure and ligand selection of hemoglobin II from Lucina pectinata

要素

Hemoglobin II

キーワード

OXYGEN STORAGE/TRANSPORT / OXYGEN TRANSPORT / HEMOPROTEIN / GLOBINS / OXYGEN STORAGE-TRANSPORT COMPLEX

機能・相同性

機能・相同性情報

oxygen carrier activity / oxygen binding / heme binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Lucina pectinata (無脊椎動物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.932 Å

データ登録者

Gavira, J.A. / Camara-Artigas, A. / de Jesus, W. / Lopez-Garriga, J. / Garcia-Ruiz, J.M.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2008
タイトル: Structure and Ligand Selection of Hemoglobin II from Lucina pectinata
著者: Gavira, J.A. / Camara-Artigas, A. / De Jesus-Bonilla, W. / Lopez-Garriga, J. / Lewis, A. / Pietri, R. / Yeh, S.R. / Cadilla, C.L. / Garcia-Ruiz, J.M.

履歴

登録	2007年1月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年12月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2019年7月24日	Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Experimental preparation / Refinement description カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_struct_special_symmetry ...exptl_crystal_grow / pdbx_struct_special_symmetry / software / struct_conn Item: _exptl_crystal_grow.method / _software.classification ..._exptl_crystal_grow.method / _software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.3	2023年8月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

Remark 650

HELIX DETERMINATION METHOD: Author used stride method from iMoltalk.

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2olp.cif.gz	85.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2olp.ent.gz	65.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2olp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2olp_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2olp_full_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示
XML形式データ	2olp_validation.xml.gz	10.5 KB	表示
CIF形式データ	2olp_validation.cif.gz	15.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ol/2olp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ol/2olp	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1ebtS 1bob 1flp 1moh S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6oty-d 6otx-d 3pt8-d 3pi2-d 6otw-d 3pt7-d 3uhy-d 3pi1-d 3pi4-d 6xyz-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#41 - 2003年5月ヘモグロビン (Hemoglobin) 類似性 (2) #206 - 2017年2月グロビンの進化 (Globin Evolution) 類似性 (2) #159 - 2013年3月エリスロクルオリン (Erythrocruorin) 類似性 (3) #257 - 2021年5月胎児ヘモグロビン (Fetal Hemoglobin) 類似性 (2) #263 - 2021年11月アセトヒドロキシ酸合成酵素 (Acetohydroxyacid Synthase) 類似性 (1) #186 - 2015年6月終末糖化産物受容体 (Receptor for Advanced Glycation End Products) 類似性 (2) #233 - 2019年5月 S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#41 - 2003年5月
ヘモグロビン (Hemoglobin)
類似性 (2)
#206 - 2017年2月
グロビンの進化 (Globin Evolution)
類似性 (2)
#159 - 2013年3月
エリスロクルオリン (Erythrocruorin)
類似性 (3)
#257 - 2021年5月
胎児ヘモグロビン (Fetal Hemoglobin)
類似性 (2)
#263 - 2021年11月
アセトヒドロキシ酸合成酵素 (Acetohydroxyacid Synthase)
類似性 (1)
#186 - 2015年6月
終末糖化産物受容体 (Receptor for Advanced Glycation End Products)
類似性 (2)
#233 - 2019年5月
S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#142 - 2011年10月
PDBの先駆者たち (PDB Pioneers)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Hemoglobin II

B: Hemoglobin II

ヘテロ分子

35.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	73.918, 73.918, 152.355
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	94
Space group name H-M	P4₂2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-200- SO4
2	1	A-200- SO4
3	1	A-628- HOH
4	1	A-629- HOH
5	1	B-611- HOH

#1: タンパク質	Hemoglobin II 分子量: 17041.557 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Lucina pectinata (無脊椎動物) / 参照: UniProt: Q86G74, UniProt: P41261*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION 分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄
#4: 化合物	ChemComp-OXY / OXYGEN MOLECULE 分子量: 31.999 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 248 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.05 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.7 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: counter-diffusion / pH: 7 詳細: Reactor: 0.2 mm inner diameter capillary with a three layer configuration (6 microL/ 3 microL/ 30 microL). Protein chamber: 30 mg/ml in 50 mM BIS-TRIS propane pH 7.0, 0.5 mM EDTA, agarose 0. ...詳細: Reactor: 0.2 mm inner diameter capillary with a three layer configuration (6 microL/ 3 microL/ 30 microL). Protein chamber: 30 mg/ml in 50 mM BIS-TRIS propane pH 7.0, 0.5 mM EDTA, agarose 0.08% (w/v). Precipitant chamber: Ammonium sulphate 2.0 M., Counter-diffusion, temperature 298K

結晶

マシュー密度: 3.05 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.7 %

結晶化

温度: 298 K / 手法: counter-diffusion / pH: 7
詳細: Reactor: 0.2 mm inner diameter capillary with a three layer configuration (6 microL/ 3 microL/ 30 microL). Protein chamber: 30 mg/ml in 50 mM BIS-TRIS propane pH 7.0, 0.5 mM EDTA, agarose 0. ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM16 / 波長: 0.97749 Å
検出器	タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2004年7月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97749 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.93→20 Å / Num. obs: 32364 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 10.5 % / B_iso Wilson estimate: 27.64 Å² / R_merge(I) obs: 0.05 / Χ²: 0.933 / Net I/σ(I): 28.81
反射シェル	解像度: 1.93→1.96 Å / % possible obs: 94 % / 冗長度: 10.6 % / R_merge(I) obs: 0.336 / Mean I/σ(I) obs: 7 / Num. measured obs: 1704 / Num. unique all: 1587 / Χ²: 1.054 / % possible all: 100

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	refmac_5.2.0019	精密化
CNS		精密化
SCALEPACK		データスケーリング
PDB_EXTRACT	1.7	データ抽出
DENZO		データ削減
CNS		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1EBT

1ebt

解像度: 1.932→19.838 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.959 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.95 / WR_factor R_free: 0.194 / WR_factor R_work: 0.165 / SU B: 4.328 / SU ML: 0.071 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.122 / ESU R Free: 0.114 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1932	1643	5.084 %	RANDOM
R_work	0.165	-	-	-
all	0.166	-	-	-
obs	-	32318	99.593 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 30.42 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.038 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.038 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.076 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.932→19.838 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2381	0	100	248	2729

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.022	2595
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.841	2.051	3533
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.322	5	314
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.756	24.397	116
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.33	15	446
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.129	15	11
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.247	0.2	363
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	1959
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.222	0.2	1329
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.307	0.2	1789
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.194	0.2	195
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.276	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.264	0.2	43
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.226	0.2	30
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.149	2	1565
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.641	3	2440
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.343	2	1188
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.023	3	1082

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.932-1.982	0.225	137	0.175	2158	0.178	2323	98.795
1.982-2.036	0.231	118	0.16	2158	0.164	2276	100
2.036-2.094	0.243	130	0.159	2084	0.164	2214	100
2.094-2.158	0.187	96	0.15	2047	0.151	2143	100
2.158-2.228	0.148	128	0.148	1988	0.148	2116	100
2.228-2.305	0.2	82	0.146	1943	0.148	2025	100
2.305-2.391	0.242	100	0.155	1869	0.16	1969	100
2.391-2.487	0.178	89	0.153	1792	0.154	1882	99.947
2.487-2.596	0.19	94	0.159	1715	0.161	1809	100
2.596-2.72	0.191	82	0.162	1671	0.163	1753	100
2.72-2.864	0.218	87	0.161	1575	0.164	1662	100
2.864-3.034	0.222	83	0.165	1509	0.168	1592	100
3.034-3.238	0.169	74	0.168	1431	0.168	1505	100
3.238-3.49	0.164	75	0.151	1333	0.151	1408	100
3.49-3.811	0.153	54	0.156	1240	0.156	1294	100
3.811-4.241	0.165	63	0.146	1141	0.147	1205	99.917
4.241-4.861	0.122	64	0.156	995	0.154	1062	99.718
4.861-5.866	0.189	34	0.208	901	0.208	938	99.68
5.866-7.955	0.374	32	0.231	712	0.237	753	98.805
7.955-19.838	0.374	21	0.228	413	0.234	521	83.301

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.1784	-1.0361	0.1701	5.8217	-3.6804	4.3482	0.209	0.215	-0.0399	0.0006	-0.2681	0.0594	0.0045	0.2253	0.0591	-0.0866	-0.0158	-0.0272	-0.2055	-0.026	-0.1621	-4.657	-5.883	42.535
2	13.648	2.7919	3.0552	2.6224	-0.948	2.9803	0.1864	0.3239	0.633	-0.3749	-0.3198	0.3026	-0.2778	0.0588	0.1334	0.0473	0.0605	-0.0224	-0.1985	0.0095	-0.049	-15.18	7.287	35.653
3	14.5586	1.92	1.8305	12.4445	4.843	2.4242	0.2236	0.9563	-0.0337	-0.2443	0.0247	0.1464	0.0358	0.3159	-0.2483	0.0237	0.0778	-0.1044	-0.1509	0.0107	-0.0317	-26.183	2.188	34.525
4	4.9835	1.4637	0.9269	11.3065	5.427	6.2588	-0.1586	0.0189	-0.0822	-0.0569	0.0687	0.8357	0.0158	-0.0695	0.0898	-0.0707	0.0098	-0.0418	-0.166	0.0501	-0.0046	-29.226	9.875	41.547
5	19.9554	1.2109	1.5313	11.3684	-4.4356	11.3625	0.5211	0.5042	-1.0909	-0.9364	-0.0815	0.2337	1.2391	-0.0471	-0.4397	0.0988	0.0082	-0.1357	-0.2585	0.0019	-0.0532	-26.283	15.501	32.895
6	5.0552	-6.6269	3.9048	11.6587	-6.2951	3.5435	0.1781	0.2542	-0.052	-0.2521	-0.1419	0.2347	-0.0094	0.1856	-0.0363	-0.0561	-0.0174	-0.006	-0.2246	-0.0218	-0.1312	-12.497	6.459	44.698
7	10.363	-4.3924	1.9133	3.5366	-1.9577	5.395	0.1801	-0.1972	-0.3793	0.0398	0.0089	0.1826	0.2266	-0.1087	-0.189	-0.0576	-0.0319	0.0028	-0.2274	0.0131	-0.1321	-12.119	-3.187	57.158
8	7.0691	0.8036	5.4671	4.6465	-0.8364	7.6052	-0.01	-0.148	-0.0067	0.0541	0.1669	0.5656	-0.0227	-0.2581	-0.1569	-0.0582	-0.012	0.0306	-0.1165	0.0283	-0.0521	-24.387	3.492	53.518
9	6.783	-1.0075	-6.2026	15.0926	4.7522	17.5401	-0.0881	0.3754	-0.3016	0.784	-0.0237	0.3459	0.6982	-1.0121	0.1118	0.012	-0.0442	-0.0707	-0.1516	0.0551	0.0248	-24.255	-4.913	44.822
10	11.9421	-1.7139	-4.525	6.0619	-0.5387	8.017	0.1914	0.6079	-0.3166	-0.5433	-0.1234	0.226	0.1215	0.2039	-0.068	0.0567	0.0551	-0.0986	-0.1394	-0.0451	-0.0852	-13.502	-3.288	32.906
11	7.0151	-0.7072	-6.0091	3.2913	1.4334	15.6501	0.2511	0.2021	0.0884	-0.3102	-0.0976	0.1176	0.003	-0.2646	-0.1535	-0.0751	0.0011	-0.0776	-0.2591	-0.0151	-0.0611	-11.857	-9.906	42.307
12	19.6397	-9.3102	-12.842	6.1454	6.9558	11.9858	-0.4311	-0.3188	-0.6016	0.3263	0.3246	0.8496	0.3385	-0.2812	0.1065	0.0416	-0.0693	0.0378	-0.0603	0.0571	0.0872	-23.166	-6.358	56.172
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21	16.2556	-3.1712	1.4219	4.6034	1.2562	3.4243	0.0087	-0.8162	0.8273	-0.0019	0.1569	0.0828	-0.7188	-0.371	-0.1656	0.1952	0.0142	0.0654	-0.1196	-0.0346	-0.0717	-10.562	23.26	63.773
22	20.3442	-4.1609	8.9297	24.2904	-8.0743	38.8912	0.1102	-0.5606	0.5513	0.8011	0.2516	-0.8394	-0.3417	0.3233	-0.3618	0.1766	-0.1043	-0.0126	-0.0173	-0.1597	0.1922	3.837	21.199	63.062
23	23.8769	1.013	1.5573	9.0068	0.6112	4.4545	-0.0191	-0.411	0.6473	0.0325	0.0049	-0.7448	-0.4473	0.025	0.0142	0.1177	-0.0011	0.0597	-0.2204	-0.0538	-0.0156	-5.894	28.342	55.372
24	26.4437	21.94	4.8509	20.8217	3.7751	9.2798	0.1325	0.0226	0.4781	-0.1933	-0.1303	0.983	-0.6048	-0.2105	-0.0022	0.0761	0.1069	0.0409	0.0132	-0.0179	0.0772	-24.317	25.051	54.516

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL

ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	A	A	1 - 20	2 - 21
2	2	A	A	21 - 31	22 - 32
3	3	A	A	32 - 38	33 - 39
4	4	A	A	39 - 49	40 - 50
5	5	A	A	50 - 56	51 - 57
6	6	A	A	57 - 82	58 - 83
7	7	A	A	83 - 91	84 - 92
8	8	A	A	92 - 102	93 - 103
9	9	A	A	103 - 111	104 - 112
10	10	A	A	112 - 124	113 - 125
11	11	A	A	125 - 139	126 - 140
12	12	A	A	140 - 149	141 - 150
13	13	B	B	1 - 11	2 - 12
14	14	B	B	12 - 31	13 - 32
15	15	B	B	32 - 47	33 - 48
16	16	B	B	48 - 60	49 - 61
17	17	B	B	61 - 64	62 - 65
18	18	B	B	65 - 80	66 - 81
19	19	B	B	81 - 93	82 - 94
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21	21	B	B	103 - 118	104 - 119
22	22	B	B	119 - 124	120 - 125
23	23	B	B	125 - 142	126 - 143
24	24	B	B	143 - 149	144 - 150

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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