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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2olp | ||||||
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タイトル | Structure and ligand selection of hemoglobin II from Lucina pectinata | ||||||
![]() | Hemoglobin II | ||||||
![]() | OXYGEN STORAGE/TRANSPORT / OXYGEN TRANSPORT / HEMOPROTEIN / GLOBINS / OXYGEN STORAGE-TRANSPORT COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Gavira, J.A. / Camara-Artigas, A. / de Jesus, W. / Lopez-Garriga, J. / Garcia-Ruiz, J.M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure and Ligand Selection of Hemoglobin II from Lucina pectinata 著者: Gavira, J.A. / Camara-Artigas, A. / De Jesus-Bonilla, W. / Lopez-Garriga, J. / Lewis, A. / Pietri, R. / Yeh, S.R. / Cadilla, C.L. / Garcia-Ruiz, J.M. #1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2006 タイトル: Capillary crystallization and molecular replacement solution of Hemoglobin II of the Clam Lucina pectinata 著者: Gavira, J.A. / de Jesus, W. / Camara-Artigas, A. / Lopez-Garriga, J. / Garcia-Ruiz, J.M. | ||||||
履歴 |
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Remark 650 | HELIX DETERMINATION METHOD: Author used stride method from iMoltalk. |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 86.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 65.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 10.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 15.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1ebtS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17041.557 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.7 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: counter-diffusion / pH: 7 詳細: Reactor: 0.2 mm inner diameter capillary with a three layer configuration (6 microL/ 3 microL/ 30 microL). Protein chamber: 30 mg/ml in 50 mM BIS-TRIS propane pH 7.0, 0.5 mM EDTA, agarose 0. ...詳細: Reactor: 0.2 mm inner diameter capillary with a three layer configuration (6 microL/ 3 microL/ 30 microL). Protein chamber: 30 mg/ml in 50 mM BIS-TRIS propane pH 7.0, 0.5 mM EDTA, agarose 0.08% (w/v). Precipitant chamber: Ammonium sulphate 2.0 M., Counter-diffusion, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2004年7月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97749 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.93→20 Å / Num. obs: 32364 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 10.5 % / Biso Wilson estimate: 27.64 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Χ2: 0.933 / Net I/σ(I): 28.81 |
反射 シェル | 解像度: 1.93→1.96 Å / % possible obs: 94 % / 冗長度: 10.6 % / Rmerge(I) obs: 0.336 / Mean I/σ(I) obs: 7 / Num. measured obs: 1704 / Num. unique all: 1587 / Χ2: 1.054 / % possible all: 100 |
-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1EBT 解像度: 1.932→19.838 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.95 / WRfactor Rfree: 0.194 / WRfactor Rwork: 0.165 / SU B: 4.328 / SU ML: 0.071 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.122 / ESU R Free: 0.114 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 30.42 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.932→19.838 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL
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