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万見
- PDB-2okv: c-Myc DNA Unwinding Element Binding Protein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2okv
タイトルc-Myc DNA Unwinding Element Binding Protein
要素Probable D-tyrosyl-tRNA(Tyr) deacylase 1
キーワードHYDROLASE / DNA replication / DUE / ATPase / tRNA Deacylase
機能・相同性
機能・相同性情報


D-tyrosyl-tRNA(Tyr) deacylase activity / D-aminoacyl-tRNA deacylase / tRNA metabolic process / aminoacyl-tRNA editing activity / DNA replication / tRNA binding / DNA binding / nucleus / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
D-aminoacyl-tRNA deacylase DTD / D-Tyr-tRNA(Tyr) deacylase / D-tyrosyl-tRNA(Tyr) deacylase / D-aminoacyl-tRNA deacylase-like superfamily / D-tyrosyl-trna(Tyr) Deacylase; Chain: A; / 3-Layer(bba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
D-aminoacyl-tRNA deacylase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Bae, B. / Nair, S.K.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2007
タイトル: Structure and Function of the c-myc DNA-unwinding Element-binding Protein DUE-B.
著者: Kemp, M. / Bae, B. / Yu, J.P. / Ghosh, M. / Leffak, M. / Nair, S.K.
履歴
登録2007年1月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年1月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable D-tyrosyl-tRNA(Tyr) deacylase 1
B: Probable D-tyrosyl-tRNA(Tyr) deacylase 1
C: Probable D-tyrosyl-tRNA(Tyr) deacylase 1
D: Probable D-tyrosyl-tRNA(Tyr) deacylase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,9368
ポリマ－93,8384
非ポリマー974
水6,485360
1
A: Probable D-tyrosyl-tRNA(Tyr) deacylase 1
B: Probable D-tyrosyl-tRNA(Tyr) deacylase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,9684
ポリマ－46,9192
非ポリマー492
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3210 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area13650 Å2
手法PISA
2
C: Probable D-tyrosyl-tRNA(Tyr) deacylase 1
D: Probable D-tyrosyl-tRNA(Tyr) deacylase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,9684
ポリマ－46,9192
非ポリマー492
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3220 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area13600 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.813, 77.813, 106.423
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number144
Space group name H-MP31
詳細Biological unit is a dimer composed of chains A+B or C+D

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要素

#1: タンパク質
Probable D-tyrosyl-tRNA(Tyr) deacylase 1 / DNA Unwinding Element Binding Protein


分子量: 23459.596 Da / 分子数: 4 / 断片: N-terminal domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HARS2, C20orf88
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q8TEA8, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 360 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.92 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 10% PEG 8000, 200 mM KCl, 50 mM sodium cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K

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データ収集

回折平均測定温度: 135 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 50139 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 40
反射 シェル解像度: 2→2.05 Å / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.282 / Mean I/σ(I) obs: 6 / Num. unique all: 5037 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
ADSCQUANTUMデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 2→25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / SU B: 8.391 / SU ML: 0.12 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.186 / ESU R Free: 0.161 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23675 2446 5.1 %RANDOM
Rwork0.20477 ---
obs0.20641 45864 99.34 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 44.089 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.21 Å20.6 Å20 Å2
2--1.21 Å20 Å2
3----1.81 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4712 0 4 360 5076
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0224796
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4441.9646452
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.96936
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6195593
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg41.64224.661221
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.46315906
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.111529
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1140.2716
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.023570
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.023
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2180.22215
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1790.26
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3060.23221
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.2370.23
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1620.2355
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2060.257
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1250.226
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.71.53049
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.0281.53
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.19424769
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.98331947
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.0574.51683
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.278 188 -
Rwork0.223 3336 -
obs--99.66 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.7927-0.05880.54523.28140.63073.05760.1453-0.2368-0.22060.1142-0.11760.30320.0858-0.5448-0.0277-0.1527-0.0277-0.0304-0.1840.0417-0.1485-13.25526.4497-0.2222
21.71371.15880.36172.40131.065.01450.3111-0.27320.03970.2622-0.154-0.02010.0492-0.1929-0.1571-0.104-0.0757-0.076-0.2330.0311-0.14920.151226.716314.7133
33.0240.5673-0.22562.0503-0.71032.95420.02050.0546-0.3831-0.30780.02180.04780.52260.1969-0.0423-0.1512-0.0226-0.0515-0.18280.0115-0.146429.553646.68928.7316
41.21440.9623-0.75212.9685-0.90485.1054-0.0460.03190.0673-0.45840.1821-0.02260.20740.0684-0.1361-0.1473-0.0926-0.069-0.20450.0478-0.147223.040258.4751-6.0934
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA1 - 1491 - 149
2X-RAY DIFFRACTION2BB1 - 1501 - 150
3X-RAY DIFFRACTION3CC1 - 1491 - 149
4X-RAY DIFFRACTION4DD1 - 1491 - 149

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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