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- PDB-6j1s: Crystal structure of Candida Antarctica Lipase B mutant - SS -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6j1s
タイトルCrystal structure of Candida Antarctica Lipase B mutant - SS
要素Lipase B
キーワードHYDROLASE / Calb
機能・相同性
機能・相同性情報


triacylglycerol lipase / triacylglycerol lipase activity / lipid catabolic process
類似検索 - 分子機能
: / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Lipase B
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudozyma antarctica (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.83 Å
データ登録者Cen, Y.X. / Zhou, J.H. / Wu, Q.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2019
タイトル: Stereodivergent Protein Engineering of a Lipase To Access All Possible Stereoisomers of Chiral Esters with Two Stereocenters.
著者: Xu, J. / Cen, Y. / Singh, W. / Fan, J. / Wu, L. / Lin, X. / Zhou, J. / Huang, M. / Reetz, M.T. / Wu, Q.
履歴
登録2018年12月29日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年1月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lipase B
B: Lipase B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,0708
ポリマ－66,5512
非ポリマー5186
水4,846269
1
A: Lipase B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,5744
ポリマ－33,2761
非ポリマー2983
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area180 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area12080 Å2
手法PISA
2
B: Lipase B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,4964
ポリマ－33,2761
非ポリマー2203
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area300 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area12170 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.998, 80.417, 73.167
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 98.47, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Lipase B / CALB


分子量: 33275.629 Da / 分子数: 2 / 変異: T57A, A89T, W104V, D134L, I189M, V190C / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudozyma antarctica (菌類) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P41365, triacylglycerol lipase
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 269 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.61 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2 M ammonium sulfate 0.1 M sodium citrate pH 5.5 25% PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97775 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年6月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97775 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 50449 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.081 / Net I/σ(I): 17.682
反射 シェル解像度: 1.8→1.83 Å / Rmerge(I) obs: 0.289 / Mean I/σ(I) obs: 5.24 / Num. unique obs: 2274

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1TCA

1tca


解像度: 1.83→40.208 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.49
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2194 2321 5.1 %
Rwork0.188 --
obs0.1896 45510 95.72 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.83→40.208 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4638 0 30 269 4937
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.014822
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.146620
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.6372916
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.064770
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009868
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.83-1.86740.24961130.21482040X-RAY DIFFRACTION77
1.8674-1.9080.27261120.2152133X-RAY DIFFRACTION81
1.908-1.95240.29851220.21512249X-RAY DIFFRACTION86
1.9524-2.00120.23491210.21042433X-RAY DIFFRACTION92
2.0012-2.05530.24351380.20742514X-RAY DIFFRACTION95
2.0553-2.11580.24541540.21292638X-RAY DIFFRACTION99
2.1158-2.18410.25531260.21212615X-RAY DIFFRACTION100
2.1841-2.26210.26831250.20532679X-RAY DIFFRACTION100
2.2621-2.35270.22871280.20742680X-RAY DIFFRACTION100
2.3527-2.45970.26181410.21262629X-RAY DIFFRACTION100
2.4597-2.58940.2491450.21212643X-RAY DIFFRACTION100
2.5894-2.75160.21861590.21232612X-RAY DIFFRACTION100
2.7516-2.9640.24051490.212653X-RAY DIFFRACTION100
2.964-3.26210.22291590.21552634X-RAY DIFFRACTION100
3.2621-3.73390.21291290.17742671X-RAY DIFFRACTION100
3.7339-4.70310.16951610.13342670X-RAY DIFFRACTION100
4.7031-40.21820.15121390.13822696X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 24.5184 Å / Origin y: 1.7697 Å / Origin z: 75.6159 Å
111213212223313233
T0.1324 Å2-0.0139 Å20.0394 Å2-0.1435 Å2-0.0084 Å2--0.1219 Å2
L0.5394 °2-0.5824 °20.6919 °2-0.7944 °2-0.7915 °2--0.9982 °2
S0.1418 Å °0.073 Å °-0.0586 Å °-0.1427 Å °-0.0276 Å °0.0735 Å °0.1689 Å °0.0842 Å °-0.0858 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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