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- PDB-2oif: The crystal structure of ferric cyanide bound barley hexacoordina... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2oif
タイトルThe crystal structure of ferric cyanide bound barley hexacoordinate hemoglobin.
要素Non-legume hemoglobin
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / hexacoordinate hemoglobin / barley / ligand binding / non-symbiotic / symbiotic / evolution / conformational changes / oxygen transport
機能・相同性
機能・相同性情報


oxygen binding / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Leghaemoglobin, iron-binding site / Plant hemoglobins signature. / Leghaemoglobin / Globin/Protoglobin / Globins / Globin domain profile. / Globin-like / Globin / Globin / Globin-like superfamily ...Leghaemoglobin, iron-binding site / Plant hemoglobins signature. / Leghaemoglobin / Globin/Protoglobin / Globins / Globin domain profile. / Globin-like / Globin / Globin / Globin-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
CYANIDE ION / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / S-1,2-PROPANEDIOL / Non-symbiotic hemoglobin
類似検索 - 構成要素
生物種Hordeum vulgare (オオムギ)
手法X線回折 / 単波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Hoy, J.A.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: Plant hemoglobins: a molecular fossil record for the evolution of oxygen transport
著者: Hoy, J.A. / Robinson, H. / Trent III, J.T. / Kakar, S. / Smagghe, B.J. / Hargrove, M.S.
履歴
登録2007年1月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年7月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年7月19日Group: Advisory / Derived calculations
カテゴリ: database_PDB_caveat / pdbx_distant_solvent_atoms ...database_PDB_caveat / pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_close_contact / struct_conn
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Non-legume hemoglobin
B: Non-legume hemoglobin
C: Non-legume hemoglobin
D: Non-legume hemoglobin
E: Non-legume hemoglobin
F: Non-legume hemoglobin
G: Non-legume hemoglobin
H: Non-legume hemoglobin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)150,67337
ポリマ－144,5448
非ポリマー6,12929
水15,781876
1
A: Non-legume hemoglobin
F: Non-legume hemoglobin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,72510
ポリマ－36,1362
非ポリマー1,5898
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Non-legume hemoglobin
D: Non-legume hemoglobin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,6499
ポリマ－36,1362
非ポリマー1,5137
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
G: Non-legume hemoglobin
H: Non-legume hemoglobin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,6499
ポリマ－36,1362
非ポリマー1,5137
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
C: Non-legume hemoglobin
E: Non-legume hemoglobin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,6499
ポリマ－36,1362
非ポリマー1,5137
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)45.740, 60.557, 145.804
Angle α, β, γ (deg.)99.17, 96.97, 92.43
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
Non-legume hemoglobin / HORvu GLB1


分子量: 18068.020 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Hordeum vulgare (オオムギ) / 遺伝子: HB, GLB1 / プラスミド: pet29 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q42831
#2: 化合物
ChemComp-CYN / CYANIDE ION / シアニド


分子量: 26.017 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: CN
#3: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#4: 化合物
ChemComp-PGO / S-1,2-PROPANEDIOL / (S)-1,2-プロパンジオ-ル


分子量: 76.094 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 876 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.97 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.3
詳細: 20% PEG 3350, 0.2 M ammonium citrate, 4% polypropylene glycol, 0.1 M sodium cyanide, 0.01 M hepes, pH 5.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年4月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→30 Å / Num. all: 141630 / Num. obs: 123785 / % possible obs: 87.4 % / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.045
反射 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.378 / % possible all: 47.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
HKL-2000データ収集
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.8→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.936 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24958 6195 5 %RANDOM
Rwork0.19979 ---
all0.202 141630 --
obs0.20227 117587 87.43 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 35.119 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.48 Å20.9 Å21.82 Å2
2---0.08 Å20.85 Å2
3----1.61 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9648 0 425 876 10949
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.01810325
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.56414004
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.551211
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1171505
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0097860
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.235103
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.166635
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.25958
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.19416
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0216095
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.8619767
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.0494230
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.8664237
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.801→1.848 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.383 224
Rwork0.309 4256

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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