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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2ogp | ||||||
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タイトル | Solution structure of the second PDZ domain of Par-3 | ||||||
要素 | Partitioning-defective 3 homolog | ||||||
キーワード | SIGNALING PROTEIN / cell polarity / Par-3 / PDZ domain (PDZドメイン) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Tight junction interactions / regulation of actin filament-based process / TGF-beta receptor signaling in EMT (epithelial to mesenchymal transition) / internode region of axon / PAR polarity complex / regulation of cellular localization / apical constriction / establishment of centrosome localization / lateral loop / positive regulation of myelination ...Tight junction interactions / regulation of actin filament-based process / TGF-beta receptor signaling in EMT (epithelial to mesenchymal transition) / internode region of axon / PAR polarity complex / regulation of cellular localization / apical constriction / establishment of centrosome localization / lateral loop / positive regulation of myelination / establishment of epithelial cell polarity / Schmidt-Lanterman incisure / bicellular tight junction assembly / myelination in peripheral nervous system / phosphatidylinositol-3-phosphate binding / establishment or maintenance of epithelial cell apical/basal polarity / protein targeting to membrane / wound healing, spreading of cells / centrosome localization / apical junction complex / establishment of cell polarity / negative regulation of peptidyl-threonine phosphorylation / phosphatidylinositol-3,4,5-trisphosphate binding / positive regulation of receptor internalization / bicellular tight junction / 細胞内膜系 / axonal growth cone / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding / phosphatidylinositol binding / 接着結合 / protein localization / microtubule cytoskeleton organization / spindle / cell-cell junction / apical part of cell / 細胞結合 / 細胞皮質 / protein phosphatase binding / 細胞接着 / apical plasma membrane / 細胞周期 / 細胞分裂 / neuronal cell body / protein-containing complex / identical protein binding / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Rattus norvegicus (ドブネズミ) | ||||||
手法 | 溶液NMR / torsion angle dynamics | ||||||
Model type details | minimized average | ||||||
データ登録者 | Feng, W. / Wu, H. / Chen, J. / Chan, L.-N. / Zhang, M. | ||||||
引用 | ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2007 タイトル: PDZ domains of par-3 as potential phosphoinositide signaling integrators 著者: Wu, H. / Feng, W. / Chen, J. / Chan, L.-N. / Huang, S. / Zhang, M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2ogp.cif.gz | 584.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2ogp.ent.gz | 490.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2ogp.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/og/2ogp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/og/2ogp | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 10466.090 Da / 分子数: 1 / 断片: PDZ2 domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / プラスミド: pET32a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9Z340 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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-試料調製
詳細 |
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試料状態 | イオン強度: 100mM potassium phosphate / pH: 6.5 / 圧: 1 atm / 温度: 303 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター |
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-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1 | |||||||||
代表構造 | 選択基準: minimized average structure | |||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20 |