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万見
- PDB-2l41: Nab3 RRM - UCUU complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2l41
タイトルNab3 RRM - UCUU complex
要素
  • RNA (5'-R(P*UP*CP*UP*U)-3')
  • RRM domain from Nuclear polyadenylated RNA-binding protein 3
キーワードRNA BINDING PROTEIN/RNA / Nab3 RRM / UCUU oligonucleotide / RNA BINDING PROTEIN-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


transcription regulatory region RNA binding / antisense RNA transcript catabolic process / Nrd1 complex / sno(s)RNA 3'-end processing / termination of RNA polymerase II transcription, exosome-dependent / snRNA 3'-end processing / CUT catabolic process / tRNA 3'-end processing / nuclear mRNA surveillance / SUMOylation of RNA binding proteins ...transcription regulatory region RNA binding / antisense RNA transcript catabolic process / Nrd1 complex / sno(s)RNA 3'-end processing / termination of RNA polymerase II transcription, exosome-dependent / snRNA 3'-end processing / CUT catabolic process / tRNA 3'-end processing / nuclear mRNA surveillance / SUMOylation of RNA binding proteins / mRNA 3'-end processing / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / mRNA binding / RNA binding / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Nab3, RNA recognition motif / : / Anticodon-binding domain superfamily / RRM (RNA recognition motif) domain / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily ...Nab3, RNA recognition motif / : / Anticodon-binding domain superfamily / RRM (RNA recognition motif) domain / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / Nuclear polyadenylated RNA-binding protein 3
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法溶液NMR / molecular dynamics
Model detailslowest energy, model 1
データ登録者Stefl, R. / Pergoli, R. / Hobor, F. / Kubicek, K. / Zimmermann, M. / Pasulka, J. / Hofr, C.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011
タイトル: Recognition of transcription termination signal by the nuclear polyadenylated RNA-binding (NAB) 3 protein
著者: Hobor, F. / Pergoli, R. / Kubicek, K. / Hrossova, D. / Bacikova, V. / Zimmermann, M. / Pasulka, J. / Hofr, C. / Vanacova, S. / Stefl, R.
履歴
登録2010年9月28日登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年11月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22012年5月30日Group: Database references
改定 1.32024年5月1日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RRM domain from Nuclear polyadenylated RNA-binding protein 3
B: RNA (5'-R(P*UP*CP*UP*U)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,0082
ポリマ－10,0082
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 60structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 RRM domain from Nuclear polyadenylated RNA-binding protein 3 / RRM domain from Nab3


分子量: 8829.131 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: NAB3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P38996
#2: RNA鎖 RNA (5'-R(P*UP*CP*UP*U)-3')


分子量: 1178.722 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1212D 1H-1H TOCSY
1313D HNCA
1413D HN(CA)CB
1513D CBCA(CO)NH
1613D HNHA
1713D (H)CCH-TOCSY
1812D HB(CB)(CGCD)HD
1913D 1H-13C NOESY
11013D 1H-15N NOESY
11112D F1 filtered F2 filtered
11212D F1 filtered F2 edited

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試料調製

詳細内容: 2.5mM [U-99% 13C; U-99% 15N] Nab3 RRM-1, 2.5mM RNA-2, 50mM sodium phosphate buffer(pH 7.5)-3, 150mM sodium chloride-4, 10mM beta-mercaptoethanol-5, 90% H2O/10% D2O
溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
2.5 mMNab3 RRM-1[U-99% 13C; U-99% 15N]1
2.5 mMRNA-21
50 mMsodium phosphate buffer(pH 7.5)-31
150 mMsodium chloride-41
10 mMbeta-mercaptoethanol-51
試料状態pH: 7.5 / 圧: ambient / 温度: 303 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE6001
Bruker AvanceBrukerAVANCE9002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CYANA2.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
TopSpin2.1Bruker Biospin解析
TopSpin2.1Bruker Biospincollection
Sparky3Goddardchemical shift assignment
Sparky3Goddardデータ解析
Sparky3Goddardpeak picking
MOLMOLKoradi, Billeter and Wuthrichデータ解析
Amber10Case, Darden, Cheatham, III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, ... and Kollm精密化
Amber10Case, Darden, Cheatham, III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, ... and Kollmgeometry optimization
WHAT IFVriendデータ解析
精密化手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 1 / 詳細: Structures refined in explicit solvent
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 60 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / 代表コンフォーマー: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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