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- PDB-2ogf: Crystal structure of protein MJ0408 from Methanococcus jannaschii... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ogf
タイトルCrystal structure of protein MJ0408 from Methanococcus jannaschii, Pfam DUF372
要素Hypothetical protein MJ0408
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / NYSGXRC / PSI-2 / Protein Structure Initiative / New York SGX Research Center for Structural Genomics
機能・相同性
機能・相同性情報


tetrahydromethanopterin biosynthetic process / dihydroneopterin aldolase / dihydroneopterin aldolase activity
類似検索 - 分子機能
7,8-dihydroneopterin aldolase (MptD) / Dihydroneopterin aldolase MtpD, C-terminal domain / 7,8-dihydroneopterin aldolase, MptD / 7,8-dihydroneopterin aldolase (MptD) superfamily / Dihydroneopterin aldolase / Pantoate--beta-alanine Ligase; Chain: A,domain 2 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
8-OXOGUANINE / Dihydroneopterin aldolase
類似検索 - 構成要素
生物種Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.89 Å
データ登録者Ramagopal, U.A. / Toro, R. / Sauder, J.M. / Burley, S.K. / Almo, S.C. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of hypothetical protein MJ0408 from Methanococcus jannaschii
著者: Ramagopal, U.A. / Toro, R. / Sauder, J.M. / Burley, S.K. / Almo, S.C.
履歴
登録2007年1月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年1月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.42018年11月14日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.identifier_ORCID
改定 1.52021年2月3日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author ...audit_author / citation_author / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.62023年8月30日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.72023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hypothetical protein MJ0408
B: Hypothetical protein MJ0408
C: Hypothetical protein MJ0408
D: Hypothetical protein MJ0408
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,69412
ポリマ－57,6574
非ポリマー1,0378
水6,107339
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13660 Å2
ΔGint-83 kcal/mol
Surface area19210 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.693, 46.270, 79.276
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 118.54, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細The biological unit is a tetramer. There is one biological unit in the asymmetric unit (chains A, B,C & D).

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要素

#1: タンパク質
Hypothetical protein MJ0408


分子量: 14414.282 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
遺伝子: MJ0408 / プラスミド: BS-pSGX4 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q57851
#2: 化合物
ChemComp-OXG / 8-OXOGUANINE / 2-アミノ-8H-プリン-6,8(1H)-ジオン


分子量: 165.110 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H3N5O2
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 339 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.83 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 24% PEG-3350, Tris-HCL, 0.2 M Ammonium Sulfate, pH 4.6, Vapor diffusion, Sitting drop, temperature 298K, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: OTHER / 波長: 1.5403
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年12月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5403 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.89→50 Å / Num. all: 37996 / Num. obs: 37996 / % possible obs: 97.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.066 / Rsym value: 0.051 / Χ2: 1.029 / Net I/σ(I): 8.9
反射 シェル解像度: 1.89→1.96 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.337 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique all: 3018 / Rsym value: 0.328 / Χ2: 0.928 / % possible all: 77.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
HKL-2000データ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 2IEC

2iec


解像度: 1.89→27 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / SU B: 3.062 / SU ML: 0.093 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.167 / ESU R Free: 0.154 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: Unknown extra density found, which is modeled as 8-oxoguanine solely based on the observed density, without any other biochemical data. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.224 1913 5 %RANDOM
Rwork0.173 ---
all0.175 37966 --
obs0.175 37966 97.32 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 20.516 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.03 Å20 Å2-0.11 Å2
2---0.23 Å20 Å2
3---0.16 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.89→27 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3995 0 70 339 4404
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0224233
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4462.0065701
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7265506
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.51924.715193
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.76815849
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.8721521
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0980.2619
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.023105
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2010.21984
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3020.22893
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1350.2339
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1990.238
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0890.223
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7061.52582
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.08124032
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.07331952
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.0494.51662
LS精密化 シェル解像度: 1.89→1.939 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.305 101 -
Rwork0.234 2036 -
obs-2137 74.96 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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