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Yorodumi- PDB-4z14: Recombinantly expressed latent aurone synthase (polyphenol oxidase) -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4z14 | ||||||
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Title | Recombinantly expressed latent aurone synthase (polyphenol oxidase) | ||||||
Components | Aurone synthase | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / Polyphenol oxidase / Type III copper protein / Aurone synthase / Latent | ||||||
Function / homology | Function and homology information pigment biosynthetic process / catechol oxidase activity / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Coreopsis grandiflora (plant) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.53 Å | ||||||
Authors | Molitor, C. / Mauracher, S.G. / Rompel, A. | ||||||
Funding support | Austria, 1items
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Citation | Journal: To Be Published Title: Recombinantly expressed latent aurone synthase (polyphenol oxidase) Authors: Molitor, C. / Mauracher, S.G. / Rompel, A. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4z14.cif.gz | 2.2 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4z14.ent.gz | 1.8 MB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4z14.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4z14_validation.pdf.gz | 495.7 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 4z14_full_validation.pdf.gz | 515.5 KB | Display | |
Data in XML | 4z14_validation.xml.gz | 135.8 KB | Display | |
Data in CIF | 4z14_validation.cif.gz | 186.5 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z1/4z14 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z1/4z14 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 4z0yS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
-Components
#1: Protein | Mass: 59329.715 Da / Num. of mol.: 8 / Fragment: UNP RESIDUES 86-602 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Coreopsis grandiflora (plant) / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: A0A075DN54 #2: Chemical | ChemComp-CU / #3: Water | ChemComp-HOH / | Has protein modification | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.28 Å3/Da / Density % sol: 45.98 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 15 % PEG 4000, 100 mM magnesium chloride, 60 mM sodium citrate, pH 7.4 PH range: 7.4 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: PETRA III, DESY / Beamline: P11 / Wavelength: 1.0247 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M-F / Detector: PIXEL / Date: Apr 7, 2013 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.0247 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.53→47.91 Å / Num. obs: 136987 / % possible obs: 97.94 % / Redundancy: 1.97 % / Rmerge(I) obs: 0.134 / Net I/σ(I): 3.6 |
Reflection shell | Resolution: 2.53→2.62 Å / Redundancy: 2.02 % / Rmerge(I) obs: 0.965 / Mean I/σ(I) obs: 0.8 / % possible all: 96.71 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 4Z0Y Resolution: 2.53→47.543 Å / SU ML: 0.43 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.95 / Phase error: 28.63 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.53→47.543 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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